edittag

edittag yra taikymas kolekcija projektavimo rinkiniai redaguoti metrinių seka žymės, tikrinimo seka žymės raumeningumo redagavimo metrikos, ir integruoti seka žymes platformos konkrečios sekos adapteriai ir PGR pradmenis. edittag skiriasi nuo kitų metodų:
& Nbsp; * edittag generuoja savavališkai ilgio Edit-metrinė seka žymės tinkamą laiką naudojant multiprocesorių
& Nbsp; * edittag gamina redaguoti metrika seka tag rinkiniai atitinka redagavimo atstumu pasirinktos
& Nbsp; * edittag naudojamas primer3 integruoti seka žymes į PGR pradmenis
Mes pateikiame keletą didelių rinkinių redaguoti metrika seka žymės, skirtos naudoti edittag šiais formatais:
& Nbsp; * tekstas - šis failas yra tinkamu formatu check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * SQLite duomenų bazė
nurodomoji dalis
Faircloth BC, Glenn TC. Didelės rinkiniai redagavimo-metrinė sekos nustatymo
žymės palengvinti didelio masto sandarinami ir skaito iš masiškai
lygiagrečiai sekos. doi_
Įrengimas:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
wget package.tar.gz
deguto -xzf package.tar.gz
python setup.py įdiegti
saugykla
GIT klonas git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
neprivaloma paketas (PY-levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python setup.py įdiegti
neprivaloma paketas (primer3)
Jei norite sukurti pradmenis įtraukiant redaguoti metrika seka žymes, jums reikia pirmiausia įdiegti modifikuotą versiją primer3:
GIT klonas git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
CD mod-primer3 / src
padaryti
make install
Įsitikinkite, kad jums judėti iš mod-primer3 dvejetainius į savo kelią vietoje (perkelti bent primer3 ilgio ir primer3_config į tą pačią direktoriją jūsų kelyje). Tada galite paleisti

Reikalavimai :

• Python
• NumPy
• Levenshtein
• mod-primer3