MetagenomeDB

MetagenomeDB yra Python biblioteka skirta lengvai laikyti, gauti ir komentuoti metagenomic sekas & nbsp;. MetagenomeDB veikia kaip abstrakcija sluoksnio viršaus MongoDB duomenų bazę. Ji suteikia API kurti ir modifikuoti ir prijungti dviejų tipų objektų, ty sekų ir kolekcijų:
& Nbsp; * sekų (seka klasė) gali būti skaito, contigs, PGR klonai ir tt
& Nbsp; * kolekcijų (kolekcija klasė) atstovauja rinkiniai sekas; pvz, skaito todėl nuo mėginio sekos, contigs surinktas iš rinkinio rašoma, PGR biblioteka
Bet objektas gali būti komentuojami naudojant žodyno panašūs sintaksė:
# Pirma, mes importuojame biblioteka
importo MetagenomeDB kaip MDB
# Tada mes sukurti naują seka objektą su dviem
# (Privaloma) savybės, "vardas" ir "seka"
S = mdb.Sequence ({"vardas": "Mano seka", "seka": "ATGC"})
# Objektas, dabar gali būti komentuojami
Spausdinti s ["ilgis"]
S ["tipas"] = "skaityti"
# Kartą keistas, objektas turi būti padarytas
# Į tai, kad pakeitimai išliktų duomenų bazėje
s.commit ()
Tipo objektų seka ar rinkimas gali būti sujungti vienas su kitu, siekiant atstovauti įvairių metagenomic duomenų rinkinius. Pavyzdžiai apima, bet neapsiriboja:
& Nbsp; * kolekcija rašoma todėl iš sekos laikotarpiu (santykių tarp kelių seka objektai ir viena kolekcija)
& Nbsp; * rinkinys contigs gautoms iš rinkinio surinkimo skaito (santykiai tarp dviejų kolekcija objektų)
& Nbsp; * skaito, kad yra dalis contig (santykiai tarp kelių seka objektai ir viena seka)
& Nbsp; * seka, kuri yra panaši į kitą sekos (santykiai tarp dviejų Sequence objektai)
& Nbsp; * rinkinys yra dalis didesnio kolekcijos (santykiai tarp dviejų kolekcija objektų)
Rezultatas yra sekų ir surinkimo tinklas, kuris gali būti ištirta, naudojant specialius metodus; IEG, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). Kiekvienas iš šių metodų leidžia sudėtingus filtrus, naudojant MongoDB užklausų sintaksė:
# Sąrašą visų tipas "collection_of_reads" kolekcijos
# Seka "S" priklauso
Kolekcijos = s.list_collections ({"tipo": "collection_of_reads"})
# Sąrašą visų sekos, kuri taip pat priklauso šių kolekcijų
# Su ne mažiau kaip 50 bp ilgio
už C kolekcijų:
& Nbsp; spausdinimo c.list_sequences ({"ilgis": {"$ GT": 50}})
MetagenomeDB taip pat suteikia komandinės eilutės įrankius importuoti nukleotidų sekas, baltymų sekų, sprogimo ir FASTA lygiavimo algoritmai produkcijos ir AKF surinkimo failų rinkinys. . Kiti įrankiai teikiamos pridėti arba pašalinti kelis objektus, arba jas komentuoja

Reikalavimai

• Python,