mpiBLAST yra MPI remiantis lygiagrečiai įgyvendinimas NCBI sprogimo. Projektas susideda iš programų, kurios pakeičia formatdb ir blastall versijas, vykdančių Blast darbo lygiagrečiai ant kompiuterius su MPI įdiegtų klasterio pora. Yra du pagrindiniai privalumai naudojant mpiBLAST palyginti tradicinės sprogimo.
Pirma, mpiBLAST skyla į duomenų bazę per kiekvieną mazgas klasterius. Kadangi kiekvienas mazgas segmentas duomenų bazėje yra mažesnis ji gali paprastai gyvena buferinėje-cache, duoda didelę Pagreitis dėl disko I / O panaikinimo. Antra, ji leidžia BLAST vartotojams pasinaudoti vartojimo ir mažai sąnaudų Beowulf grupių, nes interprocessor ryšių poreikiai yra mažas.
mpiBLAST pasiekia super linijinis Pagreitis tais atvejais, kai duomenų bazė yra per didelis, kad tilptų į RAM, ir šalia linijinio Pagreitis kitose situacijose. Ji nereikalauja specialų klasterius.
Reikalavimai:
Komentarai nerastas