tapir

Programinė įranga Screenshot:
tapir
Programinė detalės:
Versija: 1.0
Įkėlimo datą: 11 May 15
Licencija: Nemokamai
Populiarumas: 2

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

"tapyras yra Python įrankis, kuris yra programos apskaičiuoti ir nubraižyti filogenetinė informatyvumą didelėms duomenų bazėms.
Cituodamas tapyras "
Naudodami tapyras, prašome pacituoti:
- Faircloth BC Chang J Alfaro mane: tapyras leidžia didelio našumo analizę filogenetycznej informatyvumo.
- Townsend "JP: Profiliavimo filogenetinė informatyvumą. Sisteminis Biol. 2007, 56: 222-231.
- Tvenkinys SLK, šalčio SDW, "Muse" SV: HYPHY: hipotezių tikrinimas, naudojant filogeneze. Bioinformatika 2005, 21: 676-679.
Diegimas
Šiuo metu, pats lengviausias būdas įdiegti programą yra:
Git Git klonas: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / kelias / iki / tapyras
Norėdami paleisti bandymus:
CD / kelias / iki / tapyras /
pitonas testas / test_townsend_code.py
Naudoti
Estimate_p_i.py kodas ragina partijos failą HYPHY kuri yra templates /. Šis failas turi būti toje pačioje padėtyje, palyginti su kur jūs įtraukėte estimate_p_i.py. Jei įdiegsite plonina, kaip nurodyta pirmiau, jums bus gerai, kol kas nėra.
Bėgti:
CD / kelias / iki / tapyras /
pitonas tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - produkcijos Output_Directory
& Nbsp; - epochos = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - kartų = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
--multiprocessing yra neprivalomas, be to, kiekvienas lokusas bus paleisti iš eilės.
Jei jau paleisti aukščiau ir išsaugotus rezultatus į savo išvesties aplanką (žiūrėti žemiau), galite naudoti jau esamus svetainė dydžio įrašus, o ne vertinant tie vėl su:
pitonas tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - produkcijos Output_Directory
& Nbsp; - epochos = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - kartų = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
& Nbsp; - svetainė-kursai
Rezultatai
tapyras rašo rezultatus SQLite duomenų išvesties katalogą jūsų nuožiūra. Šiame kataloge taip pat turi svetainę norma failus JSON formatu kiekvienam ėjo per tapir_compute.py lokuso.
Jūs galite patekti į rezultatus bazės taip. Daugiau pavyzdžių, įskaitant braižymo ieškokite dokumentacijoje
- Alkūninius SQLite:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / Filogenetinė-informativeness.sqlite
- Gauti sudėtinė duomenis, skirtus visoms epochų:
& Nbsp; pasirinkite lokusas, atkarpa, Pi iš lokusų, intervalas, kur loci.id = interval.id
- Gauti sudėtinė duomenis konkrečiam epochos:
& Nbsp; pasirinkite lokusas, atkarpa, Pi iš lokusų, intervalas
& Nbsp; kur intervalas = '95 -105 "ir loci.id = interval.id;
- Gauti loci turintys max (PI), esant skirtingoms epochoms skaičius:
& Nbsp; sukurti laikiną lentelę maks kaip pasirinkite id, daugiausiai (PI), kaip max iš intervalo grupės pagal ID;
& Nbsp; sukurti laikiną lentelę t, kaip pasirinkite interval.id, intervalas, maks iš intervalo, Max
& Nbsp; kur interval.pi = max.max;
& Nbsp; pasirinkti intervalą, skaičiuoti (*) nuo t grupės intervalu;
"Padėka"
Dėkojame Francesc López-Giraldez ir Jeffrey Townsend teikti mums savo interneto paraiškos kodo kopiją. . BCF dėka S Hubbell ir P Gowaty

Reikalavimai

  • Python,
  • scipy
  • NumPy
  • DendroPy
  • hyphy2 (atsisiųskite ar statyti vieną sriegių hyphy2)

Panaši programinė įranga

bein
bein

12 May 15

pysam
pysam

14 Apr 15

AREM
AREM

11 May 15

Seal
Seal

14 Apr 15

Kita programinė įranga kūrėjas Brant Faircloth, Jonathan Chang and Mi...

picme
picme

11 May 15

Komentarai tapir

Komentarai nerastas
Pridėti komentarą
Pasukite ant paveikslėlio!