BioJava

Programinė įranga Screenshot:
BioJava
Programinė detalės:
Versija: 4.1.0 Atnaujintas
Įkėlimo datą: 10 Dec 15
Licencija: Nemokamai
Populiarumas: 172

Rating: 1.0/5 (Total Votes: 1)

Tai suteikia analizės ir statistinių kasdienybe, sintaksės analizatoriaus dėl bendro rinkmenų formatus ir leidžia sekų ir 3D struktūrų manipuliacijos.

BioJava yra tyrinėti Java galimybes bioinformatikos pasaulyje priemonė

Kas naujo , šioje laidoje.

  • Nuoseklus klaida medienos ruoša. SLF4J naudojamas medienos ruoša ir suteikia adapteriai visų pagrindinių kirtimų diegimas.
  • Geresnis tvarkymas išimtis.
  • Pašalinta pasenusios metodai.
  • išplėtė BioJava pamoka.
  • Atnaujinta priklausomybių kai taikoma.
  • Galima Maven Central.

Kas naujo 4.0.0 versija:

  • nuoseklus klaidos medienos ruoša. SLF4J naudojamas medienos ruoša ir suteikia adapteriai visų pagrindinių kirtimų diegimas.
  • Geresnis tvarkymas išimtis.
  • Pašalinta pasenusios metodai.
  • išplėtė BioJava pamoka.
  • Atnaujinta priklausomybių kai taikoma.
  • Galima Maven Central.

Kas naujo versijos 3.1.0:

  • Naujos funkcijos: "
  • CE CP versija 1.4, su papildomais parametrais,
  • Atnaujinti APIMTIS 2,04
  • Patobulinimai FASTQ apdorojant
  • ištaisyti klaidas PDB apdorojant
  • Nedideli pataisymai struktūra išplanavimai;

Kas naujo versijos 3.0.8:

  • Nauja:
  • GENBANK rašytojas
  • parser Kariotipas failą iš UCSC
  • parser genų vietose iš UCSC
  • parser genų pavadinimų failą iš genenames.org
  • modulis Cox regresijos kodą išgyvenamumo analizė
  • apskaičiavimas prieinamo paviršiaus ploto (ASR),
  • modulis apdorojant .OBO failus (ontologijos),
  • Patobulintas:
  • Atstovavimas SCOP ir Berkeley-SCOP klasifikacijų;

Kas naujo versijos 3.0.7:

  • Pridėta pagrindinę GENBANK analizatorius;
  • .
  • Ištaisyta problema, kai verčiant kodonai N.
  • Dabar galime numanyti obligacijas baltymų struktūras.
  • Pridėta paramą išanalizuoti mmcif įrašus organizmo ir ekspresijos sistemą.
  • Daug mažų pataisymai ir patobulinimai.

Kas naujo versijos 3.0.6:

  • Programavimo persikėlė į GitHub adresu: https: // github.com/biojava/biojava

Kas naujo versijos 3.0.5.

  • Nauja analizatorius už Cath klasifikavimo
  • Nauja analizatorius Stokholmo formatu.
  • Žymiai pagerėjo atstovavimas biologinių asamblėjose baltymų struktūras. Dabar galite iš naujo sukurti biologinį surinkimas iš asimetrinės vienetą.
  • Keletas pataisymai.

Kas naujo versijos 3.0.4:

  • Tai daugiausia ištaisytos klaidos sprendžiant klausimus baltymingi struktūra ir sutrikimas moduliai.
  • Viena nauja funkcija:. SCOP duomenys gali dabar būti arba prieinama iš originalaus SCOP svetainėje Jungtinėje Karalystėje arba Berkeley versija

Kas naujo versijos 3.0.3:

  • reikšmingi patobulinimai į interneto paslaugų modulio (ncbi sprogimo ir hmmer web services).
  • & quot; Naujas & quot; fastq analizatorius (perkeltas iš biojava 1 serijos versija 3).
  • Parama sifts-PBP UniProt žemėlapių.
  • Protmod modulis pervadinta į modfinder.

Kas naujo versijos 3.0.2:

  • baltymų struktūra: Geresnis tvarkymas baltymų domenų: Dabar palaiko SCOP. Nauja funkcija automatizuotam prognozavimas baltymų domenų, remiantis baltymų domenų parser.
  • Nedideli patobulinimai ir pataisymai keliose kitų modulių.
  • biojava3-AA-paspara: Šis naujas modulis leidžia fizikinių cheminių ir kitų savybių baltymų sekų skaičiavimą;
  • .
  • biojava3-baltymų sutrikimas: Naujas modulis netvarkingus regionuose prognozavimas baltymų. Ji remiasi Java įgyvendinimo RØNN prognozuoti.

Kas naujo versijos 3.0.1:

  • 3.0.1 versija yra daugiausia klaidų taisymas paleisčiau neseniai išleido 3,0 kurioje yra numatytos didelės perrašyti iš biojava kodas bazę.

Reikalavimai :

  • Java 1.6 arba aukštesnė;

Panaši programinė įranga

APLpy
APLpy

14 Apr 15

Planar
Planar

5 Jun 15

picamera
picamera

1 Mar 15

big.js
big.js

20 Jul 15

Komentarai BioJava

Komentarai nerastas
Pridėti komentarą
Pasukite ant paveikslėlio!