Biopython

Programinė įranga Screenshot:
Biopython
Programinė detalės:
Versija: 1.65
Įkėlimo datą: 1 Mar 15
Licencija: Nemokamai
Populiarumas: 140

Rating: 5.0/5 (Total Votes: 1)

Sukurta tarptautinė komanda kūrėjams tai platinamas bendromis pastangomis kurti Python bibliotekų ir programas, kurios sprendžiamos dabartinės ir būsimų darbų poreikius bioinformatikos.

Kas naujo ši laida:.

  • Bio.Phylo dabar medis statybos ir sutarimo modulius, iš ant GSoC darbu Yanbo Ye
  • Bio.Entrez dabar automatiškai atsisiųsti ir talpyklos naujų NCBI DTD failus XML nagrinėjimas pagal naudotojo namų kataloge (naudojant ~ / .biopython Unix kaip sistemų ir $ APPDATA / biopython Windows).
  • Bio.Sequencing.Applications dabar apima už samtools komandų eilutės įrankis, įvynioti.
  • Bio.PopGen.SimCoal dabar taip pat palaiko fastsimcoal.
  • SearchIO hmmer3 teksto, hmmer3-skirtuką ir hmmer3-domtab dabar palaiko išėjimą iš hmmer3.1b1.
  • BioSQL dabar gali naudoti mysql-connector paketą (galima Python 2, 3 ir PyPy) kaip mysqldb alternatyva (Python tik 2) prisijungti prie MySQL duomenų bazės.

Kas naujo versija 1.63:

  • Dabar naudoja Python 3 stilių įmontuotą kitą funkciją į vieta Python 2 stiliaus iteratory ".next () metodas.
  • Dabartinė versija pašalintas iš 2to3 bibliotekoje reikalavimą.

Kas naujo versija 1.62:.

  • Pirmas paleidimas biopython kuris oficialiai palaiko Python 3

Kas naujo versija 1,60:

  • Nauja modulis Bio.bgzf palaiko skaitymo ir rašymo BGZF failus ( Užblokuoti GNU Pašto formatas), ir gzip variantas su veiksmingu laisvą prieigą, dažniausiai naudojamas kaip dalis PPM failo formatu bei tabix.
  • GenBank / EMBL analizatorius dabar duoti apie nepripažintų vaidybinių vietose įspėjimą ir toliau apdorojant (paliekant funkciją buvimo vietą, nes nė viena).
  • Bio.PDB.MMCIFParser dabar sudaromi pagal nutylėjimą (bet vis dar nėra pateikiamas pagal Jython, PyPy ar Python 3).

Kas naujo versija 1,59:

  • Naujas modulis Bio.TogoWS siūlo už TogoWS POILSIO įvynioti API.
  • NCBI Entrez Paduok funkcija Bio.Entrez.efetch buvo atnaujintas, kad galėtų tvarkyti ncbi anketa griežčiau tvarkyti kelis ID argumentų EFetch 2.0.

Kas naujo versija 1,58:

  • nauja sąsaja ir analizatoriai už PAML (Filogenetinė atlikta analizė
  • Didžiausia tikimybė) paketas programų, remiant codeml, baseml ir yn00 taip pat Python naujo įgyvendinimas chi2 buvo įtraukta kaip Bio.Phylo.PAML modulį.
  • Bio.SeqIO dabar apima skaityti paramą ABI failus (& quot; Sanger & quot; kapiliarų sekos pėdsakų failus, kurių sudėtyje yra vadinama seka su Phred savybių)
  • .
  • Bio.AlignIO & quot; FASTA-M10 & quot; analizatorius buvo atnaujinta susidoroti su žyminčias linijas, naudojama Bill Pirsono Fasta versija 3.36.

Kas naujo versija 1,57:.

  • biopython dabar gali būti įdiegtas su pip

Kas naujo versija 1,56:

  • Bio.SeqIO modulis buvo atnaujintas remti baltymų EMBL failus (naudojami patentų duomenų bazės), IMGT failai (iš EMBL failo formatu variantas, su pagalba iš Uri Laserson) ir UniProt XML failus.

Kas naujo versija 1,55:

  • daug darbo buvo į Python 3 paramos (per 2to3 scenarijų), bet jei mes sumušė kažką jums neturėtų pastebėjote bet kokius pakeitimus.
  • Kalbant apie naujų funkcijų, labiausiai pastebimas akcentas yra tai, kad komandinės eilutės įrankis taikymas įvynioti klases dabar vykdomąjį, kuris turėtų daug lengviau skambinti išorės priemones.

Reikalavimai :

  • Python 2.6 arba aukštesnė

Panaši programinė įranga

Komentarai Biopython

Komentarai nerastas
Pridėti komentarą
Pasukite ant paveikslėlio!