CLC Main Workbench

4 savaičių visiškai funkcinis demo CLC Kombinuotosios Workbench užpildai visos DNR sekos analizė CLC Gene Workbench ir visi baltymų sekos analizė CLC baltymų Workbench. Visi tyrimai yra visiškai integruotos į vieną, patogi ir intuityvi programinė įranga taikymo

Kas naujo , šioje laidoje.

Patobulinimai

• Atnaujinta apribojimas fermentų sąrašo perskaičiuoja & nbsp;.

• Ištaisyta problema su tekančiu BLAST ant MacOS Sierra
• Atnaujinta PFAM nuorodos. & nbsp; apie kuriuos Pfam Domeno Paieška priemonė
• Ištaisyta įvesta & nbsp klausimas;.. IEC Pagrindinė Workbench "7.7.2, kur buvo dingęs po RdeGBI išvardyti abėcėlės tvarka fermentai metilinimas informacija
• Įvairūs smulkūs pataisymai,

Kas naujo versijos 7.7.2:

darbo eigos

• Workflow išėjimai, dabar gali būti sukonfigūruotas taip, kad paaplankius joje turi būti išėjimai yra sukurta.
• Naujos pamainymai yra kai apibrėžiant eigos rezultatų pavadinimus: {user}, {host}, ir elementų išvesties objekto timestamp, {metų}, {mėnuo}, {dieną}, {valandą} {minutę}, {antrą}.
• Pamainymai per darbo eigos išėjimo pavadinimų, kurie anksčiau buvo prieinama tik skaitmenis, dabar gali būti detalizuojamos naudojant rašytines pavadinimus: {pavadinimas} yra už {1} ir {input} sinonimas yra sinonimų {2}
.
• 
  

  Kai naudojant {2} vietaženklį už užsakymą įvardijimo į darbo eigos išėjimo elementų, tik atrakinta įėjimai bus įtrauktas į gaunamų vardu.

  
  
• 
  

  Be sugeneruoto pdf, kuriame visas sukonfigūruoti parametrus darbo eigą, įrašai parametrų prijungtas prie įrankio arba įvesties elementas dabar sudaryti sąrašą struktūruojančių veiksnių pavadinimus. Anksčiau parametrų aukcionai tokius elementus buvo paliktas tuščias.

  
  
• 
  

  Jei įrankis pavadinimas buvo pakeistas į darbo eigos, originalus pavadinimas dabar įtraukta kartu su pasikeitusiu pavadinimu eksportuojant darbo eigos parametrus.

• 
  

  Istorija vaizdas duomenų elementų sukurtas naudojant eigos dabar apima informaciją apie darbo eigą, kad sukūrė juos.

  
  
• iš darbo eigos įrankiai tvarka "Pridėti Element" meniu dabar atitinka į darbastalį Įrankiai meniu tvarką.
• Geresnis eigos patvirtinimas pagalbos vartotoją įėjimai, kurie bus ignoruojami dėl darbo eigos elementų konfigūracijos identifikuoti.

& nbsp;

& nbsp;

• Greitosios paleisties įrankių dabar rasti pagal Įrankiai meniu, o ne meniu Rodymas ir mygtuko vadinamas Launch, kad pakelia šį įrankį buvo įtraukta į įrankių juostą.

• "analizė, dabar gali būti pradėta išvardytų rezultatų lentelės vietinę paiešką, pasirinkdami interesų elementus, paspauskite dešinį pelės klavišą su pele ir naršyti per kontekstinį meniu, kuris atsiranda duomenų elementų.

  
  

& nbsp;

& nbsp;

• & nbsp; & nbsp; ". Pašalinti asociacija (-ai)" parinktį pašalinti metaduomenų asociacijas iš pasirinktų duomenų elementų buvo pridėta nuodėmė metaduomenų elementai požiūrį į dešiniuoju pelės mygtuku spustelėkite kontekstinio meniu,

• metaduomenų Ieškoti susiję duomenys matytumėte tai dabar taip pat galima naudoti Ieškoti Naršymas erdvės, kai pasirinktas kelias eilutes.

  
  
• Įvežant metaduomenis iš skaičiuoklę su formulėmis jame, iš kurio formulė (kaip parodyta Excel) vertinimo rezultatas šiuo metu importuojama, o ne pati formulė.

& nbsp;

• Visos NCBI serverio ryšių dabar šifruojamas. (NCBI bus perkelti visas interneto paslaugas HTTPS protokolo rugsėjo 30, 2016). & Nbsp;

  
  

• Fermentų anksto įdiegta į darbastalį & nbsp sąrašas;. Buvo atnaujintas iš perskaičiuoja

  
  

• variantas "nėra sąraše" buvo pristatytas kaip nauja lentelė filtravimo funkciją.

  
  

• Plačiau grupės detalės dabar rodomas elementas Info Atsižvelgiant sekos sąrašus.

  
  

• GenBank importo dabar taip pat leidžia failų vardai su "GBFF" pratęsimo.

  
  

• "Rūšiuoti aplanką" įrankis dabar naudoja skaitmeninį pastūmimas varduose priešdėliu su numeriu.

• Naujos pamainymai yra apibrėžiant eksportuotojo rezultatų pavadinimus: & nbsp; {User}, & nbsp; {priimančiosios}, ir elementų išvesties objekto timestamp, {metais}, & nbsp; {mėnuo}, & nbsp; {dieną}, & nbsp; {valandą, & nbsp; {minutę}, & nbsp; . {antrą} & nbsp;
• Pamainymai per eksporto produkcijos pavadinimų, kurie buvo anksčiau prieinama tik skaitmenis, dabar gali būti detalizuojamos naudojant rašytines pavadinimus: {įvesties} yra sinonimas {1}, {pratęsimo} yra už {2} ir {counter} sinonimas yra sinonimas {3}.

Kas naujo versijos 7.7.1:

• Ištaisyta problema, kad atsirado vykdydamas darbo eigas su keliais žaliavų partijos, kur pakeitimai teminės, nebuvo taikomi paleidimo metu nurodyti fiksuoti įėjimai.
• Ištaisyta problema, kai motyvas Paieška įrankis neteisingai pateikti visi rungtynės tikslumas arba kaip 0% arba 100%.
• Ištaisyta problema, kai rūšiavimo aplanką taupydami į jį gali sukelti klaidų.
• Ištaisyta klaida į paketais dialogo lemtų kai buvo susidurta problemos, susijusios su pagrindine kartoteka arba duomenų vietoje klaida.

Kas naujo versijoje 7.7:

Importas Meta - bazinė ir lengvai metaduomenų importas. Šis įrankis papildo pasiekiamus įrankius metaduomenų redaktoriuje lentelėje.

Kas naujo versijos 7.6.4:

• Ištaisyta klaida, kai už sekas NCB priemonė Paieška žlugs atsisiųsti nukleotidų sekas su klaidos pranešimą "Šie sekas nebuvo atsisiųsti teisingai.
• Ištaisyta problema su tuo NCBI žingsnį Sukurti baltymų ataskaita priemonė sprogimo.
• Ištaisyta problema, vedantį į klaidos VCF eksportui, kur dalyvauja pradžių buvo importuota iš VCF failų duomenys ir vertybės IENODAS srityje buvo sveikieji metu. & Nbsp;
• Export slankiojo kablelio (dešimtųjų) numerius VCF & nbsp; formatas anksčiau buvo priklausomi nuo nurodyto locale. Tai buvo nustatyta, kad & nbsp; dešimtainis skirtukas, & nbsp;. Dabar visada yra punktas
• Kai darai automatinį asociaciją metaduomenų, žurnalo dabar rodo kurių metaduomenys eilutės nebuvo susijęs su jokiais duomenimis.
• Ištaisyta klaida, kuri neleido metaduomenų vadovas informacija bus atvertas nuo per Workbench.
• Ištaisyta klaida, kur daro automatinį asociaciją naudojant metaduomenų lentelę saugomą CLC Server žlugs.
• Automatinis asociacija metaduomenų dabar rankenos asociaciją remiantis duomenų pavadinimus, o ir Tikslus atitikimas visam duomenų vardo priešdėlis.
• metaduomenų lentelė nebereikia pagrindinį skiltyje jos eilutės turi būti rankiniu būdu susijęs su duomenų elementų.
• Galimybė nepaisyti metaduomenų vaidmenis anksčiau matomų į darbo eigos išėjimo konfigūracijos buvo pašalintas.
• Fiksuotas vyksta, kai darbastalis Duomenų kur buvo nukreipta ne faile, o ne aplanke sistemos klaidos. Tai dabar bus rodomi kaip nepasiekiamas darbastalį navigacijos srityje.
• Įjungta paaiškinimus dėl visų parametrų, konfigūruojant ir vykdančiosios darbo eigas.
• Vartotojas procesas iš Workbench į CLC Server dabar turi užpildyti prieš atidarant CLC URL bus pradėti.
• Fix problemą Mac kur Workbench "nebuvo pripažintas pagal užsakymą protokolo prižiūrėtojas CLC:. // URL
• Išspręsta retą pasireiškiantis išimtį, kuri galėtų būti pradėta pereiti redaktorius vaizdą su dvigubu spragtelėjimu.

Kas naujo versijos 7.6.3:

Naujos funkcijos ir patobulinimai

• grupavimas į pasirinktų elementų dabar galima: ji naudojama būti apribota pasirinktuose aplankuose;
.
• Vienas dabar galite pasirinkti "EST", kaip duomenų bazės naudojant už sekas NCBI įrankis paieška.
• Hierarchinis Klasteriai mėginių priemonė, dabar gali būti vykdomas kaip dalis darbo krūvius ir serveryje.
• Patobulinta atminties valdymas dirbant su dideliais ataskaitų elementų.
• Patartyse ant lapų Filogenetinių medžių dabar rodomas prisegto sekos aprašymas.
• Skaičiai nebėra pridedami prie darbo eigos elementų pavadinimų, kai kuriant darbo eiga naudojant "Open Kopijuoti Workflow" kopiją.
• metaduomenų valdymas. Sekite įvesties failai ir importuoti meta informaciją savo pavyzdžius.

Klaidų pataisymai

• Fiksuotas retas pasireiškia problema, kur darbastalis būtų rodomas klaidos pranešimas, kai diegiate 3rd party licencijuotą įskiepio.
• Ištaisyta problema, kai pasirenkant A Blast rezultatų lentelėje įrašas gali pabrėžti klaidingą derinimą sprogimo redaktorius jei stalo buvo filtruotas ar rūšiuojamos.
• Ištaisyta problema, kur paspaudę ant projektavimo pradmenis redaktorius anotacija gali sukelti klaidos pranešimą.
• Ištaisyta problema, kai komentarus, kurie truko su sukamaisiais eilės galus būtų neteisingai dedamas į apskrito Sequence View.
• Ištaisyta klaida, dėl darbastalį įšaldyti jei tam tikros sekos buvo rodomas apskrito nuomone su radialinėmis suteikimo etikečių.
• Fiksuoti eksportuojami ataskaitos turintys klaidingą autorius tam tikrose situacijose.
• Ištaisyta problema, kuria Sukurti Box sklypo ir pagrindinis komponentas analizė gali kartais būti paleisti su nelegaliais argumentų, todėl klaidos pranešimą.
• atvirkštinio komplemento Sequence įrankio išėjimo dabar gauna priesagą -Rc pridedamas prie įėjimo vardo vietoj -1 anksčiau.
• Ištaisyta klaida į Spėkite antrinės struktūros įrankio, kai įjungta galimybė apskaičiuoti pasiskirstymo funkcija buvo pasirinktas ilgą molekulių (& gt; 1000 nukleotidai).
• Ištaisyta problema, kai viena negali priartinti po patolinti visiškai labai didelius darbo eigas.
• Ištaisyta problema, kad užkirto kelią aplanke Windows diskai gražu naudojamas kaip failo vietą.
• Ištaisyta problema, kai atnaujinant esamas įrenginys ant langų būtų į .vmoptions failo ištrynimo, kuri leidžia darbastalį paleisti numatytąją Java konfigūracijos.

Kas naujo versijos 7.6.2:

• Pridėta darbą aplink Java klausimas, kuris kartais buvo priimtas Workbench rodydami neinformatyvūs klaidą ir reikia perkrauti tęsti darbą.
• Ištaisyta problema su tekančiu BLAST ne NCBI kai NCBI sukurtas klaida apie savo CPU naudojimas ribos bus viršytos nebuvo, apie kuriuos pranešama skaidriai ir iš "ne hitai" rezultatas buvo buvo pranešta vietoj.
• buvo taikomas nustatyti siekiant išvengti tokiomis aplinkybėmis išimtis, kai atsisiųsti failus iš BLAST valymas nepavyko.
• Grįžtamieji Versti įrankis ignoravo bet kokį genetinį kodą, nurodytą kodono dažnių lentelės. taigi visi atvirkštinio vertimas būtų nutylėjimą standartinio genetinio kodo.
• Montuojant darbo eigą su sugrupuoti duomenis, tai nebėra galima pasirinkti tik skaityti aplanką duomenų saugojimo.
• Fiksuotas negerai ekranas "palaikomą formatą", kai eksportuojančios elementai iš bet kurio aplanko Editor arba vietos Search redaktorius.
• Nustatyti galimo neteisingo bylos buvo išgelbėtas, kai redaguojate failą rasti per Vietos Search redaktorius.
• Sklypai viduje ataskaitų dabar parodė savo išsaugotų šoninio skydo parametrai.
• Fiksuotas taupymo skirtingų linijų spalvas sklypų per šoninio skydelio.
• Šoninis skydas galimybė parodyti legendas už sklypas su daugiau nei 10 mėginių dabar įjungta.
• Ištaisyta problema, kad įvyko kita klaida, kai teikiant sklypai tuščių duomenų rinkinius.
• Ištaisyta problema, kur "Išvalyti šiukšlinę" variantas buvo kartais neteisingai nepasiekiama.

Kas naujo versijos 7.6.1:

• GTF eksportuotojas dabar galima Main Workbench.
• transkriptomika eksperimentuoti ir pavyzdžių lentelės dabar gali būti rūšiuojami net su dideliais skaičiais eilučių.
• Patobulintas "Excel, HTML ir Tabuliacija eksportas variantų (Pasirinkite tik komentarai / stulpelius, kuriuos reikia).

• Fiksuotas įtakos padarytos klaidos "Cut seka prieš / po atrankos" įrankis klonavimo redaktorius.
• Ištaisyta klaida kai kairės pelės klavišu greitai po dešiniuoju pelės mygtuku spustelėkite buvo aiškinama kaip dukart spustelėkite OS X (į atkaklumas paieškos rezultatų sąrašą iš įrankinės medžio ir eigos redaktorius).

Kas naujo versijoje 7.6:

• Vikšrai:
  • Nuoseklus produkcija, kai praturtinti variantas takelius ir komentarų takelius su papildomų lentelės stulpelių. Išvesties takelius iš šių priemonių, dabar turi tą patį skaičių pridėtinės lentelės stulpelių ir stulpelių visada bus ta pačia tvarka. Anksčiau, jei papildoma skiltis turėjo tuščių vertes visoms variantas eilučių, jis būtų pašalintas iš finalinio stalo, todėl įvairaus skaičius ir papildomų stulpelių santykinį tvarką, kai keli mėginiai buvo tvarkomi su tais pačiais Įrankiai / darbo krūvius. Visi stulpeliai išlaikė dabar lengviau perdirbimui eksportuojamų lenteles, ir suteikti neatidėliotiną matyti vizualųjį orientyrą, kokios buvo taikomos sodrinimo / anotacija įrankiai, net jei jie nedavė jokių rezultatų konkretaus pavyzdžio.
  • Stalai variantas takelius ir anotacija takelius dabar gali rūšiuoti ir filtruoti kolonos su ląstelių, turinčių kelis numerius.
  • Geresnis kelio žiūrovas variantas seka parodyti sekos pakitimų apie suteiktą variantas.
  • Graph takelius dabar rodo neigiamas reikšmes užpildyti aukštyn, Y = 0 (kaip tikimasi).
  • Padidėjęs kablelio skaičiams, kai eksportuojančių lentelę CSV, Tabuliacija teksto, ir "Excel".
  • Geresnis ataskaitų klaidų, susijusių su mažo diske.
  
  

Kas naujo versijos 7.5.1:

"

• Tai dabar galima paleisti eigą be papildomu įėjimo.
• AAC priemonė nebuvo komentuoti variantus 3 "UTR su savo DNR lygio pokyčius naudojant sunkiasvorių c.xxx formatą. Tai turi įtakos analizių, atliekamų GX 7,5 arba anksčiau remiantis ENSEMBL CDS takelius iš senesnių versons. AAC analizė turėtų būti perdarytas naudojant GX 7.5.1 teisingai anotacija.
• Pfam filtravimas Ištaisyta klaida. Anksčiau Pfam pranešė tik pirmąjį domeną kiekvieno tipo užklausą ir kaip pasekmė daug domenai buvo praleista. Mes rekomenduojame, kad vartotojai, kurių tyrimai priklauso Pfam anotacijos naujo paleiskite įrankį savo duomenis.
• Ištaisyta klaida į "maksimalaus tikėtinumo filogenija" priemonę kad nepavyko generuojant savirankos vertes tam tikroms įvesties išplanavimai.
• Fiksuotas problema su pereidami prie atitinkamų bylų renkantis objektus kaip parametrų įrankių burtininkai.
• Aukštakrosnės teksto rezultatai buvo pagerinta, kad jie rodo teisingą užklausą ir kuriems pozicijas nepriklausomai nuo krypties.
• Ištaisyta problema, kad neleido Blast operacijas renkantis paleisti juos ant CLC Server.
• Tai dabar galima paleisti eigą be papildomu įėjimo.