snakemake

sukurti sistemas, pavyzdžiui, markė dažnai naudojama siekiant sukurti sudėtingus darbo eigas, pvz bioinformatikos. & nbsp; snakemake siekiama sumažinti kuriančių darbo krūvius, pateikiant švarus ir modernus domeno konkretų specifikacijos kalbą (DSL) Python stiliaus kartu su greitas ir patogus vykdymo aplinka.
Diegimas
- Ubuntu 12.04, galite įdiegti Debian paketų python3-snakemake prieinama mūsų Launchpad saugykloje.
- Dėl kitų sistemų, jums reikia darbo diegimą Python> = 3.2. Priklausomai nuo jūsų sistemos, galite įdiegti snakemake išleidžiant arba easy_install snakemake arba easy_install3 snakemake į komandų eilutę. Jei jūs neturite administratoriaus privilegijas, turėti ne argumentas user iš easy_install išvaizdą.
- Galiausiai, snakemake gali būti rankiniu būdu įdiegtas atsisiųsti kodo archyvą iš pypi.
Naudojimas
Snakemake siūlo paprastą DSL apibūdinti darbo eigas, kad sukurti failus keleto vėlesnių etapų:
pavyzdžiai = ["01", "02"]
# Pasirinktinai apibrėžti katalogą, kur darbas turėtų būti padaryta.
WorkDir: "kelias / iki / WorkDir"
# Panašus padaryti, nustatyti manekeno taisykles, kurios veikia kaip statyti tikslus.
taisyklė Visi:
& Nbsp; įvestis: "diffexpr.tsv", ...
taisyklė apibendrinti:
& Nbsp; įvestis: "{pavyzdys} .mapped.bam" .format (imties = -ų) S mėginių
& Nbsp; išdava: "diffexpr.tsv"
& Nbsp; paleisti:
& Nbsp; # ... suteikti šiek tiek python kodo gaminti iš įvesties failai produkcija
& Nbsp; # e.g. prieiga įvesties failai indeksu
& Nbsp; įvedimo [1]
& nbsp; # prieiga pakaitos vertės
& Nbsp; wildcards.sample
& Nbsp; # lengvai paleisti lukštais komandas automatiškai naudojant numatytąjį lukštais, o turintys tiesioginę prieigą
& Nbsp; # visoms vietos ir globalių kintamųjų per formatu minilanguage
& Nbsp; temas = 6
& Nbsp; shell ("somecommand --threads {temas} {įvedimo [0]} {produkcija [0]})
taisyklė map_reads:
& Nbsp; # priskirti vardus įvesties ir išvesties failus
& Nbsp; įvestis: skaito = "{mėginio} .fastq" hg19 = "hg19.fasta"
& Nbsp; # ženklas išvesties failus, kad būtų apsaugotas nuo rašymo po sukūrimo
& Nbsp; išvesties: priskirti = apsaugotas ("{pavyzdys} .mapped.sai)
& Nbsp; # Pasirinktinai apibrėžti pranešimus, kurie rodomi vietoj bendrinio taisyklių aprašymui vykdymo taisyklę:
& Nbsp; žinutė: "Mapping perskaitysime {input.hg19}"
& nbsp; temas: 8
& Nbsp; apvalkalas:
& Nbsp; # tiesiogiai teikti apvalkalo komandas (multi arba vienos linijos eilutę), jei python sintaksė nėra būtinas.
& Nbsp; # kartą, pasauliniai ir vietos kintamieji gali būti atvertas naudojant formato minilanguage.
& Nbsp; # Be to, skaičius siūlų, naudojamų taisyklę gali būti nustatyta. Snakemake planavimo užtikrina, kad taisyklė paleisti su nurodytu numeriu siūlų, jei pakankamai šerdys yra prieinami per -J komandinės eilutės parinktį.
& Nbsp; "" "
& Nbsp; BWA Aln -t {temas} {} {input.hg19 input.reads} {output.mapped}
& Nbsp; kai --Kiti --command
& Nbsp; "" "
Atsižvelgiant į "Snakefile" su tokia sintakse, darbo eiga gali būti vykdomas (pvz naudojant iki 6 lygiagrečių procesų) iki issueing:
& Nbsp; snakemake -j6 -s Snakefile
Norėdami gauti daugiau informacijos apsilankykite Susipažinkite

Įranga :.

• Nustatyti darbo srautus žodinio būdu raštu taisykles, kaip sukurti išėjimo failus iš įvesties failai paprasta python pagrįstą sintaksę. Priešingai GNU make (kuri pirmiausia statyti sistema), snakemake leidžia taisyklė sukurti keletą išvesties failus.
• Snakemake automatiškai apskaičiuoja, kuri turi būti įvykdyta taisyklės sukurti pageidaujamą išvestį.
• Abu shell pagrįstos taisyklės, taip pat pilnas python sintaksė viduje paprastai palaikomas. Shell komandos turi tiesioginę prieigą prie visų vietos ir pasaulio python kintamųjų.
• Kaip GNU make, snakemake gali planuoti lygiagrečiai taisyklė egzekucijas, kur įmanoma. Be to, kita taisyklė Lygiagretinimas gali būti derinamas su taisyklėmis vidaus lygiagretinamas (pvz temas) ir snakemake užtikrina, kad naudotų ritinių skaičius neviršija suteikiama vertė.
• Failai gali būti pažymėtas kaip laikina (ty jie gali būti išbraukti kai nereikia, bet daugiau) ar apsaugoti (ty jie bus apsaugotas nuo įrašymo po sukūrimo).
• Įvesties ir išvesties failus gali būti daug pavadintas pakaitos simbolius.
• Įvesties ir išvesties failus galima pavadinti taip, kad juos spręsti taisyklė viduje tampa patogu.
• žemėlapių sumažinti kaip funkcionalumas yra pasiekiama naudojant lengva skaityti python sąrašas supratimo sintaksė.
• Kaip eksperimentinę funkciją, snakemake gali veikti klasteris nurodant pateikti komandą (pvz qsub Sun Grid sistema).

Reikalavimai :

• Python