PathVisio

PathVisio yra atviro kodo ir visiškai nemokama grafinis taikymas įgyvendinamas Java programavimo kalba, sukurta iš žemės turi būti naudojamas rodant, analizuoti ir redaguoti biologinių kelius pagal GNU / Linux operacinė system.Can būti naudojamas atkreipti kelius , rodo biologinis entitiesThe programinė įranga leidžia vartotojams daryti kelius, susieti biologinių subjektų (baltymams ar genus) biologinių duomenų, naudojant duomenų bazių identifikatorius, redaguoti kelius, taip pat analizuoti kelius. Su PathVisio jūs taip pat galės žemėlapį eksperimentinius duomenis, pavyzdžiui, microarray duomenų ir vizualizuoti ant esamo rūšyse brėžinyje.
Be to, jums bus suteikta galimybė pasirinkti genų duomenų bazę, pasirinkite apykaitos duomenų bazę, peržiūrėti statistiką, importo išraiška duomenų, pasirinkite išraišką rinkinį, paieška kelius, vaizdas legenda, manipuliuoti objektus, importo projektus, taip pat įdiegti ir valdyti įskiepių, kuris gali pridėti papildomas funkcijas į app.Requires ne installationThe taikymas gali būti naudojami nediegiant jį į savo GNU / Linux operacinė sistema. Viskas, ką jums reikia padaryti, tai atsisiųsti dvejetainis paketą iš Softoware, išskyrus archyvą į jūsų pasirinktą vietą, išgauti ją naudojant archyvo vadybininkas įrankis, atidarykite išgauti katalogą ir dukart paspauskite ant file.Under į hoodWhile pathvisio.jar atsižvelgiant greitai pažvelgti pagal iš PathVisio programinės įrangos gaubtu, mes & rsquo; Pastebėjome, kad paraiška užpildyta visiškai Java programavimo kalba, ir kad jos grafinė vartotojo sąsaja yra sukurta su naujausiais "Java Swing technologijas. Mes & rsquo; ve sėkmingai išbandė kompiuteriuose remiančių vieną iš 32 arba 64 bitų procesoriaus architectures.Runs apie bet OS kur Java supportedBeing parašyta Java programavimo kalbai, PathVisio gali būti paskelbta nepriklausoma nuo platformos programą, palaikančią GNU / Linux Microsoft Windows "," Mac OS X ", BSD, Solaris, ir bet kuri kita operacinė sistema, kurioje naujausius Java technologijos remia

Kas naujo , šioje laidoje:.

• Sau 31, 2014: Klaidų taisymas spaudai
• GeneOntology terminai dabar pašalintas iš paieškos rezultatų anotacijos
• DataNodes reikia komentuojami su ID ir duomenų šaltinį arba nieko (taupyti duomenų mazgus tik su ID ar duomenų šaltinyje nėra leidžiama daugiau)

Kas naujo versijos 3.1.2:

• Pagrindinės klaidą į failą importo modulis fiksuoto http: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

Kas naujo versijos 2.0.11:

• Automatinis
• Padidinti naudojant ratuku
• Atrankos linijų yra lengviau: nebereikia paspauskite ant miesto pikselių
• Dabar su dviem metodais per atstovavimo analizę; vienas kelias orientuotą ir vienas duomenų orientuotas

Kas naujo versijos 2.0.10:

• Naujas būdas piešimo suapvalinti stačiakampius išvengti tempimo poveikis
• Įvairūs maži taisymo

Kas naujo versijos 2.0.9:

• Naujoji jungtis tipas jungties savavališkos ilgio ir savavališkas kampai
• Naujas & quot; korinio komponentas & quot; nuosavybė saugoti biologinę reikšmę iš skyriaus "
• Naujas & quot; dvigubas & quot; linijos tipas (ypač naudinga dvigubo membraned organoidus)
• Klikšķināmi hipersaitus kelius
• pamatyti etapas: & quot; milestone_27 & quot; už pilną sąrašą Bug pataisymai

Kas naujo versijos 2.0.8:

• Geresnis figūros, skirti koriniams komponentai
• Keletas praktiškumo patobulinimai, pavyzdžiui, kopijuoti / įklijuoti į iššokantį meniu
• pamatyti etapas: & quot; milestone_26 & quot; už pilną sąrašą Bug pataisymai

Kas naujo versijos 2.0.7:

• Toolbar piktogramos ir naują šoninis, kad būtų lengviau pasirinkti rodyklių tipų ir formų (dėka liubing)
• PATHWAY duomenų bazės yra įtraukiami kaip duomenų šaltinio, todėl, kad jūs galite įdėti nuorodas iš vieno kelio į kitą
• BioPAX keitiklis buvo pagerintas ir gamina daugiau galiojančius BioPAX dokumentus.
• Naujas jungties tipas, kai atskiri taškai gali būti manipuliuojama (dėka leonth)
• Taškų duomenų šaltinių buvo padidintas iki daugiau nei 180
• pamatyti etapas: & quot; milestone_25 & quot; už pilną sąrašą Bug pataisymai

Kas naujo versijos 2.0.6:

• inkarų skaičius formos gali būti padidinta iš numatytojo 12.
• Duomenų vizualizacija legenda, dabar gali būti rodomas pati Kelias vaizdą. Anksčiau jis buvo matomas iš šoniniame skydelyje tik.
• pamatyti etapas: & quot; milestone_24 & quot; už pilną sąrašą Bug pataisymai

Kas naujo versijos 2.0.4:

• patobulinti teksto formatavimą formų, etikečių ir datanodes
• daug daugiau figūrų datanodes
• paprasta pikselių koordinates
• Nustatyti fono spalva ant datanodes

Kas naujo versijos 2.0.3:

• Ryškiausias šioje versijoje yra nauja XML schema už GPML rūšyse formatu (versija 2010a). Šis naujas kelias formatas leis daug naujų grafinių Galimybės ateitį, galite laukiu kai kurie nebuvo įtraukti į kitą spaudai.
• Kitos naujos funkcijos: "
• Nematomas inkarai tikrai nematomas, bent jau kai kažkas yra prijungti prie jų (Ačiū Margot)
• Papildomas -v komandų eilutės parinktis (dėka Mark)
• Dabar pasirinkta duomenų bazė rodomas tinkamai, būsenos juostoje vėl
• Daug naujų priauginimas taškai įskiepiai kūrėjai
• pamatyti etapas: & quot; milestone_21 & quot; už pilną sąrašą Bug pataisymai

Kas naujo versijos 2.0.1:

• Patobulintas algoritmas automatinių jungčių, kurie nurodo, kad inkaras .
• Geresnis brėžinys rodyklių tipų, kurie trumpo & quot; atotrūkis & quot; pabaigoje.
• Kadangi Thawte freemail paslauga buvo atšauktas, mes atnaujinti mūsų saugumo sertifikatas "
• Kelias Istorija žiūrovas turėjo klaida, kai buvo laikoma kiekviena eilutė pakeista, net jei jis nebuvo. Tai buvo fiksuotas.

Reikalavimai :

• "Oracle" Java Standard Edition Runtime Environment "