Marvin

Marvinas projektas siūlo Java įrankių kolekciją piešimas, rodyti ir apibūdinantys chemines struktūras, pamatų ir reakcijas.
Marvinas gali būti lengvai įdiegtas jūsų kompiuteryje ir integruojama į tinklalapius ir trečiųjų šalių programas per savo taikomųjų programų programavimo sąsaja (API).
Marvinas šeima susideda iš šių įrankių:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Programėlės ar pupelės?
Marvin yra dviejų paketų, priklausomai nuo naudojimo:
* Marvin programėlės dėl kūrėjas
* Marvin pupelių chemikas darbalaukyje ir programinės įrangos kūrėjas.
Marvinas programėlės yra įrankiai, statybinės chemijos tinklalapius, kurie yra suderinami su dauguma naršyklių (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera ir tt) Jie siūlo galimybę iš / į JavaScript ir yra pritaikyti pagal įskiepio parametrus.
Marvin Pupelės yra lengvai Instaliuojamos paraiškas į darbalaukį ir įrankiai integruoti Marvin galimybes į bet Java

Kas naujo , šioje laidoje:.

• MarvinSketch:
• viešoje duomenų bazėje paiešką chemicalize.org.
• Galimybė keisti ligando tvarką MarvinSketch.
• Rūko-poveikis gali būti kontroliuojamas įvairiais būdais:
• Nėra Vaizdinės skirtuke Parinktys dialogo į Sketch / Smulkiau GUI nustatyti, kad rūko poveikio stiprumą ir langelį, jei norite išjungti automatinį rūko poveikį slankiklį.
• Numatyti ir pupelės parametrai pristatė: fogFactor, automaticFogEnabled. (Forumo tema).
• pritvirtinimas prie grupės tvirtinimo taško, nėra automatiškai išgrupuoti Sgroup daugiau.
• nustatymas S grupės turinį:. Daugialypiai ir bendriniai S grupės turi būti pateikta visa pografiui tarp obligacijų kertančių skliausteliuose
• Atnaujinti S-grupės turinį, jei laikiklis pozicijos keisti: arba skliausteliuose ar struktūra yra perkeltas
.
• S grupė indeliuose ir persidengimas yra tikrinami molekulių nuoseklumo patikrinimus.
• SMARTS importą palaiko alifatiniai anglimi su dviguba jungtimi (forumo temą).
• SMILES importo / eksporto palaiko allenes.
• Generate tradicinį pavadinimą fragmentai viduje didesnio junginio (pvz & quot; dekstrometorfano hidrobromido & quot;).
• Parama CAS numeris konversijos.
• Geresnis OCR klaidos korekcija DocumentExtractor (trūkstamų kableliais, misrecognized skliaustas tipo, tarpų, ...).
• Dokumentų Extractor apie PDF dokumentų dabar suteikia puslapio numerį hitai.
• Patobulintas parama bendrų pavadinimų struktūrą iki vardu ir pavardė iki struktūrą. Apskritai parama vardas importo padidėjo maždaug 5% bendro ir 10% sisteminių pavadinimų. Konversijos greitis yra padidinama iki maždaug 20%.
• JChem ir Marvin Pupelės montuotojai Windows taip pat išgauti shell scenarijų Cygwin.
• Išsaugoti exocycyclic grupes Bemis-Murcko sistemų.
• Halogeninės gali turėti daugiau nei vieną ryšį suskaičiuoti metu.
• Aromatiniai obligacijos yra laikomos metu apskaičiuojant dvigubų jungčių, skirtų homologiškumas turto tikrinimo skaičių.
• Lasso pasirinkimo režimą galima nustatyti, kad į MSketchPane (forumo tema) nutylėjimą.
• Nauja funkcija, isChiral buvo įtraukta į TopologyAnalyzer.
• Nauja Chmical sąlygos funkcijos: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Klaidų ištaisymas:
• Vardas dėžutė nebuvo atnaujinami po grupės sukūrimą, nes sukurti grupę nepadidino grafikas invariantinį kaitos skaičius (forumo temą).
• MarvinSketch taikymas nesuprato & quot; - {pavadinimas} & quot; . komandinės eilutės parametras
• Kai Struktūra & gt; Ieškoti struktūrizuoti internetu meniu buvo remiamasi pagal Linux, numatytoji naršyklė negali būti aptikta rodyti rezultatą (forumo temą).
• iš isotopes.data failą iš java cache pakrovimo nepavyko, jei jo nesuspaustų versija buvo patalpinami laikinojoje atmintyje (ty jei nesuspaudimo buvo padaryta automatiškai serverį, o ne Marvin). Forumas temą, dokumentai.
• Grafiniai objektai nebuvo rodoma geometrija Plugin rezultatų lange.
• Dėl elektronų srauto rodykle, mėlyna dėžutė pabrėžiant buvo praleista (forumo temą).
• ligandas nurodymas nebuvo rodoma pastolių jei apibrėžimai buvo ištrintas, net jei & quot; Visada & quot; ekranas variantas buvo nustatyti & quot; ligandas Užsakymai & quot; ant parinkčių lange.
• indeksas daugiacentrio atomo tapo sugadintas po eksporto į MDL Mol formatu, jei jis buvo prijungtas prie R-grupe.
• rodyklė įstrigo stačiakampių buvo sugadintos per MRV importo / eksporto (forume tema).
• Importas iš 1-raide peptido nepavyko bent vieną histidinas (forumo tema).
• numanomi vandeniliai trūko importuoti iš SKC.
• NULL nuosavybė vertė MolAtom nebuvo eksportuojami / importuojami MRV formatu.
• Iki importuoti tam tikrus protas, negerai obligacijų rūšis buvo nustatoma vietoj vieno arba aromatinių obligacijų.
• Kai kronšteinai iš CDX failus nupiešėte ChemDraw importuotų rodoma neteisinga kryptimi.
• SMARTS eksportui:. 1-atomas vienguba jungtis, kaimynė su aromatiniu žiedu buvo eksportuota kaip vieną obligaciją vietoj vieno / aromatinių
• eksportavimas užklausas su nuoroda mazgas ir R grupes protas formatu buvo neteisingas.
• H atomas tvarkymas buvo dviprasmiškas protas posakių.
• Mol failą laiškų importas nepavyko.
• importuoti tam tikrų smiles klydau (forumo tema).
• Jei šablonas yra grandinės dalį, kuri gali būti, esantį taikinio kaip žiedinio (arba žiedų sistema) dalis, mes turėtų ignoruoja, kad šablono dalį.
• Bauda su su vandenilio variantas Clean3D nebuvo rozgrupować S grupes automatiškai (forumo tema).
• Molecule.contractSgroups () messed up molekulės koordinates (forumo tema).

Nebuvo tinkamai atsižvelgta į NVS / Trans Stereochemija skaičiavimo
• Explicit vandeniliai.
• tautomerą generatorius išmetė ArrayIndexOutOfBoundsException kai kuriais atvejais.
• homologiškumo išvardijimas gaminamas nesuderinamų molekules tam tikrą VMN įėjimo.
• Neteisingas mokestis tikėtis tepdami CovalentCounterion meistras.
• žurnalas išvesties formatas StructureChecker komandinėje eilutėje skyrėsi nuo formatą vedlio.
• ChiralFlagErrorChecker nebuvo apdoroti chiralności teisingai. Vietoj skaičiavimo chiralności nuo pariteto duomenimis, naudojo įgyvendinimą remiantis isChiral metodu TopologyAnalyser.

Kas naujo versija 5.4.0.1:

• Highlighting elektronų srauto rodyklėmis buvo negerai, kai bazė arba galutinis taškas buvo obligacijų (forumo tema).
• išspausdintas meniu konfigūracija neveikia.
• iš daugiacentrio atomo indeksas neteisingai sukurta per MDL MOLFile eksporto atveju struktūrų, kuriose R grupė buvo prijungtas prie daugiacentrio atomo (pozicija kitimo obligacijų).
• numanomi vandeniliai buvo trūksta po importo arba pastos struktūrų ISIS / Symyx eskizas failo formatas (SKC failo formatu) atomų.
• CDX failai įskaitant pasukamų grafinių objektų eksportuojamų iš senų versijų ChemDraw negalėjo būti importuojami.
• tautomerą skaičiavimo
• Bendrasis tautomerą nebuvo unikalus pakankamai kai kuriais atvejais. Dėl fix, bendrinis tautomerą teikiama aromatingą formą.
• Canoncical tautomerą skaičiavimas buvo patobulinta dėl dearomatization nustatyti.
• Kai konstrukcijų aiškiai vandenilių, susijusių su pleišto obligacijų davė išimtį metu generinių tautomerization.
• tomas skaičiavimas buvo trūksta cxcalc.
• Struktūra tikrintuvas išmetė NullPointerException vietoj ignoruojant neteisingą konfigūracijos failą.

Kas naujo versija 5.1.03.2:

• IUPAC Vardas importo: konvertuoti IUPAC pavadinimus struktūras.
• OLE 2 palaikymas:. Patobulinta parama įklijuoti MarvinSketch daiktų į MS Office dokumentus
• Cheminiai sąlygos:. Laisvus nuo Marvin komandinėje eilutėje, API ir gali būti naudojamas Java skriptų (apletach)
• Pagreitintas iniciacijos MarvinSketch ir MarvinView paleidžiant, tiek atskira versija, ir kaip įgyvendinamos komponentas kitų programų.

Reikalavimai :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment "