AREM

AREM yra pagrįsta ant Mac "(modelis, pagrįstas analizės dėl Chip-Eil duomenis).
Didelio našumo sekos sujungtas su chromatino immuno- kritulių (lusto Eil) yra plačiai naudojamas charakterizuoti pločio genomo privalomus modelius transkripcijos veiksnių, kofaktorių, Chromatinas modifikatoriai ir kiti DNR surišančių baltymų. Svarbus žingsnis Chip-Eil duomenų analizė yra į žemėlapį trumpas skaito iš didelio našumo sekos orientacinį genomo ir nustatyti piko regionus praturtintas trumpas skaito.
Nors buvo pasiūlyta keletas būdų lusto-Eil analizės, dauguma yra įkurta ir veikia metodai tik mano skaito, kad gali būti unikaliai dedamas į orientacinę genomo, todėl turi mažos galios nustatymo viršūnės įsikū- time per pakartotinius sekas. Čia mes pristatome tikimybinę ap- rį už Chip-Eil duomenų analizę, kuri naudoja visi rašoma, teikiant tikrai genomo aprėpiantį požiūrį į privalomus modelius.
Skaityta modeliuojami naudojant mišinyje modelį, atitinkantį K praturtintų vietų ir null genomo fone. Mes naudojame didžiausią tikimybę įvertinti praturtintas regionų vietas ir įgyvendinti tikimasi,-maksimizavimas (EM) saugo- gorithm, vadinamas AREM, atnaujinti lygiavimo tikimybės kiekvieno skaityti skirtingų genomo vietose.
Dėl papildomos informacijos, žiūrėkite mūsų popieriaus RECOMB 2011 arba apsilankykite mūsų svetainėje: http://cbcl.ics.uci.edu/AREM
AREM yra grindžiamas populiarus MACS piko skambintojui, kaip aprašyta žemiau:
Su sekos metodų tobulinimo, chromatino imunoprecipitacijos po didelio našumo sekos (lusto Eil) vis populiarėja studijuoti genomo baltymų DNR sąveiką. Siekdama spręsti galingas chip-Eil analizės metodo trūkumas, mes pristatome romaną algoritmą, pavadintas modelis pagrįstas analizė Chip-Eil ("Mac"), skirtą nustatyti stenogramą veiksnys jungimosi vietų.
MACS fiksuoja genomo sudėtingumo įtaką įvertinti prisodrinto Chip regionų reikšmę ir MACS pagerina erdvinę skiriamąją gebą jungimosi vietų per derinant tiek sekos reikšminiais žodžiais padėties ir krypties informaciją. . MACS gali būti lengvai naudojamas lustas Eil duomenų vieni, ar su kontroliniu bandiniu su specifiškumo didinimo

Reikalavimai

• Python,