Basic Local Alignment Search Tool

Pagrindinė Vietinis Sureguliavimas paieškos įrankis yra trumpą BLAST yra panašumo paieškos programas, skirtas ištirti visus turimus seka duomenų bazės nepriklausomai nuo to, ar užklausa baltymų ar DNR rinkinys.
Jis naudoja euristinis algoritmas, kuria siekiama vietos, o ne globalių trasos, todėl gali aptikti ryšius tarp sekų, kurios laikosi tik izoliuotais regionais panašumo.
Jis gali būti paleisti lokaliai kaip visą vykdomąjį, ir gali būti naudojamas paleisti BLAST paieškos prieš privačiuose, vietos duomenų bazių, arba atsisiųsti kopijas ncbi duomenų bazių. Jis veikia Mac OS Win32, Linux, Solaris, IBM AIX, VSP, Compaq ALF ir HP- UX sistemos

Kas naujo , šioje laidoje:.

• Patobulinimai:
• Glaudesnis dokumentus, numatoma supaprastinti diegimo instrukcijas, kurią galima rasti http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762
• Pridėta parama kietojo maskavimo Blast duomenų bazėse.
• Pagerinti našumą makeblastdb už Fasta įėjimo su daug sekų, pagerinti klaidų tikrinimas.
• Leisti Geriausi gyvybės galimybės ir XML formatavimą Blast2Sequences režimą
• Leisti kelis užklausos sekos psiblast.
• Leisti specifikaciją bet kelis seka lygiavimo seka, kaip kapitonas su -in_msa psiblast argumentas.
• Pridėti papildomą -input_type argumentas makeblastdb.
• Pridėta parama užklausą ir dalyko ilgio lentelės produkcija.
• atlikimas -seqidlist argumentas pagerėjo.
• iš aprašymų ir trasos numeriu minimali dabar naudojama lentelių ir XML produkcijos (nuosekliai su vyresnio amžiaus blastall programų elgesį).
• Klaidų pataisymai: "
• Makeblastdb ir blastdbcmd problemų nagrinėjimui, saugojimo, ir išrinkti sekos identifikatorius.
• Trūkstamos, kuriems identifikatoriai lentelės produkcija.
• Blast_formatter ignoruoja -num_alignments ir -num_descriptions
• Aukštakrosnės archyvas formatas gali būti išgelbėti neteisingai su keliais užklausomis.
• Blast_formatter įsteigė nereikalingus tinklo ryšį.
• Blast_formatter neišsaugojo tinkamai maskavimo informaciją.
• Rpstblastn gali strigti, jei ieškote daug sekas.
• indeksuojami megablast nebūtų paleisti wielowątkowych režimu.
• Užklausa antraštė PSSM sutaupyti psiblast nebuvo saugomi.
• Galima nesugebėjimas veikti wielowątkowych režimu su keliais klausimų ar didelių duomenų bazių sekų.
• Tblastn veikia su duomenų bazės maskavimo gali praleisti rungtynes.
• sutrumpintas išėjimas sekos įėjimo su papildomų tarpų į defline
• Problemos su macosx binaries apie MacOSX 10.5

Kas naujo versijos 2.2.24:

• Pristato BLAST Archyvas formatą leisti performatuoti PRASTOVOS Vien BLAST ieško su blast_formatter.
• Ji priduria paramą išversta dalyko minkštu maskavimo į blastų duomenų bazėse.
• Ji priduria paramą BLAST Trace "operacijos (btop) formatą.
• Ji priduria komandų eilutės parinktis blastdbcmd Įtraukimo laisvų Blast duomenų bazes.
• Geresnis veiksmingumas formatavimą nuotolinio Blast paieškas. Naudoja nuoseklų pasitraukimo kodą iš atminties sąlygas.
• už indeksuota megablast su keliais erdvės atskirtos Blast bazių klaidų taisymas.

Kas yra naujų versijos 2.2.19:

• BLASTDB aplinkos kintamąjį dabar palaiko kelis duomenų bazė Paieška keliai , Kai įmanoma, mažesnis baltymų peržvalgos lentelės naudojamos, siekiant pagerinti efektyvumą.
• formatrpsdb dabar palaiko sukurti duomenų bazės didesnis nei 2G.
• seedtop dabar palaiko paieškų su GN sąrašus.
• X3 vertė blastn / megablast buvo ištaisyta.