BioJava

Tai suteikia analizės ir statistinių kasdienybe, sintaksės analizatoriaus dėl bendro rinkmenų formatus ir leidžia sekų ir 3D struktūrų manipuliacijos.

BioJava yra tyrinėti Java galimybes bioinformatikos pasaulyje priemonė

Kas naujo , šioje laidoje.

• Nuoseklus klaida medienos ruoša. SLF4J naudojamas medienos ruoša ir suteikia adapteriai visų pagrindinių kirtimų diegimas.
• Geresnis tvarkymas išimtis.
• Pašalinta pasenusios metodai.
• išplėtė BioJava pamoka.
• Atnaujinta priklausomybių kai taikoma.
• Galima Maven Central.

Kas naujo 4.0.0 versija:

• nuoseklus klaidos medienos ruoša. SLF4J naudojamas medienos ruoša ir suteikia adapteriai visų pagrindinių kirtimų diegimas.
• Geresnis tvarkymas išimtis.
• Pašalinta pasenusios metodai.
• išplėtė BioJava pamoka.
• Atnaujinta priklausomybių kai taikoma.
• Galima Maven Central.

Kas naujo versijos 3.1.0:

• Naujos funkcijos: "
• CE CP versija 1.4, su papildomais parametrais,
• Atnaujinti APIMTIS 2,04
• Patobulinimai FASTQ apdorojant
• ištaisyti klaidas PDB apdorojant
• Nedideli pataisymai struktūra išplanavimai;

Kas naujo versijos 3.0.8:

• Nauja:
• GENBANK rašytojas
• parser Kariotipas failą iš UCSC
• parser genų vietose iš UCSC
• parser genų pavadinimų failą iš genenames.org
• modulis Cox regresijos kodą išgyvenamumo analizė
• apskaičiavimas prieinamo paviršiaus ploto (ASR),
• modulis apdorojant .OBO failus (ontologijos),
• Patobulintas:
• Atstovavimas SCOP ir Berkeley-SCOP klasifikacijų;

Kas naujo versijos 3.0.7:

• Pridėta pagrindinę GENBANK analizatorius;
.
• Ištaisyta problema, kai verčiant kodonai N.
• Dabar galime numanyti obligacijas baltymų struktūras.
• Pridėta paramą išanalizuoti mmcif įrašus organizmo ir ekspresijos sistemą.
• Daug mažų pataisymai ir patobulinimai.

Kas naujo versijos 3.0.6:

• Programavimo persikėlė į GitHub adresu: https: // github.com/biojava/biojava

Kas naujo versijos 3.0.5.

• Nauja analizatorius už Cath klasifikavimo
• Nauja analizatorius Stokholmo formatu.
• Žymiai pagerėjo atstovavimas biologinių asamblėjose baltymų struktūras. Dabar galite iš naujo sukurti biologinį surinkimas iš asimetrinės vienetą.
• Keletas pataisymai.

Kas naujo versijos 3.0.4:

• Tai daugiausia ištaisytos klaidos sprendžiant klausimus baltymingi struktūra ir sutrikimas moduliai.
• Viena nauja funkcija:. SCOP duomenys gali dabar būti arba prieinama iš originalaus SCOP svetainėje Jungtinėje Karalystėje arba Berkeley versija

Kas naujo versijos 3.0.3:

• reikšmingi patobulinimai į interneto paslaugų modulio (ncbi sprogimo ir hmmer web services).
• & quot; Naujas & quot; fastq analizatorius (perkeltas iš biojava 1 serijos versija 3).
• Parama sifts-PBP UniProt žemėlapių.
• Protmod modulis pervadinta į modfinder.

Kas naujo versijos 3.0.2:

• baltymų struktūra: Geresnis tvarkymas baltymų domenų: Dabar palaiko SCOP. Nauja funkcija automatizuotam prognozavimas baltymų domenų, remiantis baltymų domenų parser.
• Nedideli patobulinimai ir pataisymai keliose kitų modulių.
• biojava3-AA-paspara: Šis naujas modulis leidžia fizikinių cheminių ir kitų savybių baltymų sekų skaičiavimą;
.
• biojava3-baltymų sutrikimas: Naujas modulis netvarkingus regionuose prognozavimas baltymų. Ji remiasi Java įgyvendinimo RØNN prognozuoti.

Kas naujo versijos 3.0.1:

• 3.0.1 versija yra daugiausia klaidų taisymas paleisčiau neseniai išleido 3,0 kurioje yra numatytos didelės perrašyti iš biojava kodas bazę.

Reikalavimai :

• Java 1.6 arba aukštesnė;