DAWGPAWS

į DAWGPAWS komplektą scenarijai yra skirta palengvinti didelio našumo kartos skaičiavimo rezultatus tiek geneDAWGPAWS yra scenarijus parašytas Perl, kurie desinged padėti platinamas Anotacija darbo grupė (Dawg) sekos anotacija AKK dydžio komplektą contigs. Kadangi ši programinė įranga komplektą iš pradžių buvo parašyta, kad komentuoti atsitiktinai atrinktų kviečių AKK, tai paprastoji vamzdyno į Annoate Kviečiai Sequnces (Paws). Nors šios programos iš pradžių buvo skirtos kviečių, scenarijai gali būti taikomas beveik bet eukariotinių seka annoation vamzdyno.
Į DAWGPAWS komplektą scenarijai yra skirta palengvinti didelio našumo kartos skaičiavimo rezultatus tiek geno & nbsp; anotaciją ir perkeliami elementas anotaciją naudojantis esamų sekos anotation programų skaičių. Šie rezultatai perskaičiuojami iš gimtojo produkcijos atskirų komentarų programų standartinio GFF formatu. Nuo GFF failas yra paprastas tab delmited tekstinį failą, daug skaičiavimo rezultatai vienoje sekoje gali būti lengvai sujungiamos kartu naudojant standartines tekstas maninpulation įrankius, tokius kaip katė; įrodymas, kad katės ir Dawgs gali gerai žaisti kartu. DAWGPAWS teikia papildomas priemones siekiant palengvinti naudojant "Apollo genomo Anotacija saugojimui įrankis vizualizacijos ir iškelto skaičiavimo rezultatus.
Naudojimas DAWGPAWS yra per komandinės eilutės programų serijos. Komandų eilutės sąsaja buvo pasirinktas todėl, kad šios programos paprastai bus paleisti nuotoliniu aukštų preformance mašinos veikia šiek tiek Unix / Linux operacinės sistemos versiją. Nuo komandinės eilutės inteface buvo parašyta su visomis programomis, jokios specialios žinios Perl yra reikalaujama naudoti šią komplektą. Tačiau, kadangi kai kurie Perl scenarijus remtis išoriniais Perlo modulius, praktinių žinių apie Perl bus naudinga diegiant DAWGPAWS.
Kaip Cite DAWGPAWS
Rankraštis buvo pateiktas aprašant DAWGPAWS programą. Kol tai rankraštis skelbiamas, prašome kreiptis į DAWGPAWS SourceForge svetainėje aprašant jūsų naudojimąsi šia programa.
JC Estill ir JL Bennetzen. 2009 DAWGPAWS Vamzdynų už genų anotacija ir perkeliami elementai augalų genomų. http://dawgpaws.sourceforge.net/
Palaikomos Anotacija Programos "
DAWGPAWS apima scenarijus dirbti su kompiuterinės įrodymų iš šių standalone programų ir interneto svetainėse. Jūs galite gauti informaciją apie šias programas, paspaudę ant anotacija programos pavadinimas, ir jūs galite gauti už DAWGPAWS skriptu pateiktą dokumentaciją, paspaudę ant scenarijaus pavadinimu. Visą informaciją apie įrengimo ir naudojant šias programas, pamatyti DAWGPAWS vadovą.
Šie anotacija programos nėra įtrauktos į DAWGPAWS programą ir turi būti įdiegta atskirai

Įranga .

• FASTA failą manipuliavimo parengti sekų anotacijos vamzdyno
• Anotacija spragų seka mazgai;
• Vykdoma ab initio genų anotation ir perkeliama elementas anotacija programos aukšto našumo vamzdyno
• BLAST vamzdynas tinka naudoti klasteris skaičiavimo sistemoje;
• konvertavimas išėjimo iš anotacijos programinės įrangos bendros GFF failo formatu,
• konvertavimas gff failus į game.xml formatu;
• Pagalba visomis komandinės eilutės programų naudojant komandų eilutės vėliavas. Pagalba informacijos ir visiškai rankinis failai yra vis dar kuriama kai kurių programų. Norėdami gauti pagalbos, kur progname yra individualios programos pavadinimas: "
• progname --usage
• generuoti pagrindinio naudojimo žinutę su informacijos apie reikalingus argumentus,
• progname help
• generuoti Platesnį paaiškinimą pranešimą, kuris apima reikalingus argumentus ir visas galimybes,
• progname --man
• peržiūrėti pilną vadovą programai;
• Vadovavimas puslapiai atskirų programų galima rasti DAWGPAWS svetainėje ir įskaitant Išleidimo-1,0 atsisiųsti iš DAWGPAWS komplektą.

Reikalavimai

• Perlas "