Pathomx

Pathomx (anksčiau MetaPath) yra atviro kodo grafinė programinė įranga įdiegta IPython, Qt ir pyqt, skirta nuo žemės iki veikti kaip interaktyvus įrankis už vizualizacijos ir analizės apykaitos duomenimis pagal GNU / Linux ir kitose POSIX & nbsp; darbinis sistemos. Iš pradžių buvo suprojektuotas būti naudojama perdirbimui metabolomikos data.Features ne per glanceKey funkcijos apima paramą importuoti ir eksportuoti BMR (branduolinis magnetinis rezonansas) duomenų, spektrai apdorojimo, įskaitant normalizavimo, binning ir derinimą, taip pat metabolizuojami tuo pačiu būdu vizualizacijos ir kasyba. Jūs taip pat galės importuoti genomo ir metabolomiką duomenis per įvairius maršrutus vizualizavimo nurodomu būdu.
Įvairūs MetaCyc bazės anotacijos taip pat yra įtrauktos į Pathomx taikymo, tarp kurių galima paminėti duomenų bazės unifikavimo ryšius, sinonimus, taip pat susijusius kelius ir reakcijas. Atkreipkite dėmesį, kad MetaCyc duomenų bazė yra kilęs iš viešosios API.
Programa naudoja galingą MetaCyc duomenų bazę greitai tirti sudėtingų duomenų rinkinių, dėka Extensible ir konfigūruojama įskiepių. Be to, jis naudoja Numpy ir scipy bibliotekomis skaičius tvarkymas, Matplotlib už grafikų, nmrglue už BMR duomenų importo, d3.js interaktyvių grafikai ir scikit mokytis statistinės analizės methods.Under gobtuvu ir palaikė OSesLooking pagal gaubtu Pathomx, galime pastebėti, kad paraiška buvo pastatytas ant IPython komandų apvalkalas. Ji taip pat gerai veikia pagal "Microsoft" "Windows" ir "Mac OS X" operacines sistemas, už kurias ji yra prieinami atsisiųsti kaip iš anksto pastatytas binarinių paketų. GNU / Linux, programinė įranga, platinama tik kaip suglaudintos šaltinio archyvas suderinama su 32 bitų ir 64 bitų platformų.
Naudodami Pathomx, vartotojai turėtų nepamiršti, kad paraiška pasinaudoja duomenų iš MetaCyc rūšyse pačios duomenų bazės, kuri yra dalis BioCyc šeimai. MetaCyc API naudojamas generuoti pateiktą duomenų bazę, kuri yra saugoma vietos

Kas naujo , šioje laidoje:.

• Visiškai naujas "drag drop vaizdo redaktorius buvo pridėta.
• Jis leidžia jums sukurti analizės darbo eigos vilkdami įrankiai į darbo sritį, redagavimo jungtys vilkdami duomenų perdavimo linijų tarp įrankių ir naudojant inline nuomonę gauti dabartinės perdirbimo apžvalga.
• Duomenys gali būti atsisakyta į trumpąją importo darbo vietos.
• Tai taip pat pridūrė, gyventi už įrankio pažangą pranešimus, barai, ir būsenos rodiklius.
• Klaidos pažymimi paaiškinimai (patarimus apie įrankius, kai nurodyta raudona).

Reikalavimai :

• Graphviz