relax

Jei atsipalaiduoti yra atviro kodo ir laisvai platinama programinė projektas, kuris buvo sukurtas studijuoja molekulinės dinamikos analizuojant eksperimentinius BMR duomenys, paremti organinių molekulių, RNR, baltymų, cukrų, DNR ir daug kitų biomolekulių.

Jei atsipalaiduoti palaiko keletą BMR teorijas, įgyvendina įvairius duomenų analizės įrankius, kaip modulinių komponentų, ir ji gali sąveikauti su kitomis programomis, pavyzdžiui, Dasha ir Modelfree. Be to, ji palaiko platų BMR teorijų, apima keletą duomenų analizės įrankius, leidžia vartotojams vizualizuoti duomenis, taip pat bendrauti su kitomis programomis.

"Nepaisant to, kad prašymas ateina su tiek CLI (komanda-Line Interface) ir GUI (grafinė vartotojo sąsaja) front-end, kelių trečiųjų šalių grafinės vartotojo sąsajos (VSS) egzistuoja atsipalaiduoti.

"Tarp palaikomų tipų analizę, atsipalaiduoti gali dirbti poilsio dispersija, nuoseklumas bandymai daugialypės lauko BMR (branduolinis magnetinis rezonansas) relaksacijos duomenis, N-valstybės modelį ir rėmo tvarką, modelis be analizės, R1 ir R2, Noè RSDM (sumažinta spektrinis tankis Mapping), taip pat stereochemija tyrimus.

tam, kad automatizuoti duomenų analizės procesą, ji yra įmanoma, kad sukurti labai sudėtingas raštas naudojant blokus. Už tai, kad kūrėjai teikia įvairias pavyzdžius scenarijus, kurie padės jums suprasti scenarijaus statybą ir lengviau sukurti savo.

Žvelgiant po gaubtu, mes galime pastebėti, kad programa parašyta visiškai Python programavimo kalba ir naudoja cross-platform "Qt GUI Toolkit savo grafinę vartotojo sąsają, o tai reiškia, ji veikia Linux, Microsoft Windows ir Mac OS X operacinės sistemos.

paraišką galima atsisiųsti kaip dvejetainiai archyvuose daugelį GNU / Linux operacinių sistemų, remti tiek 32-bit (x86) ir 64 bitų (x86_64) instrukcijų rinkinys architektūros, taip pat kaip šaltinį archyvas.

Kas naujo , šioje laidoje:

• Įranga:
• Daug patobulinimų į HTML versijos atsipalaiduoti vadove rengimo.
• Atnaujinta atsipalaiduoti pašalinti visus FutureWarnings iš numpy & ge; 1.9, kad ir ateityje atsipalaiduoti prieš artėjančius numpy elgesio pokyčių.
• Gebėjimas dirbti pakartoti R2, EŽF duomenų taškų kurį relax_disp.r2eff_read Viskas funkciją, bet pridedant 0,001 dažnio vertės replikowanej taško.
• naujas pavyzdys scenarijų pakrovimo modelis be rezultatų failą ir back-apskaičiuojant atsipalaidavimo duomenis.
• Patobulinimai už PBP struktūrinių duomenų tvarkymo.
• įgyvendinimas structure.pca Viskas funkciją atlikti principo dalis analizuoja (PBS), kurio struktūrų ansamblis.
• papildymas greito dislokavimo dėl "Google Cloud Computing infrastruktūros scenarijų.
• Pokyčiai: "
• Nustatyti ir standaus rėmo Kad modelis 2. laipsnių rėmas užsakymo matricos vadove. buvo naudojamas neteisingas simbolis.
• išimti newparagraph ir newsubparagraph apibrėžimus iš latekso vadove. Tai buvo konfliktuoja su latex2html, užkirsti kelią HTML versija vadove gražu surinkti. Šie apibrėžimai yra nereikalingi dėl dabartinės įsteigimui ir pjūviu vadove.
• Modifikuota trumpus antraštes į naują rėmo modelių skyriaus vadovo. Runų A> Ž charakteris buvo pakeistas tiesiog "Daeg". Taip yra dėl nesuderinamumo su latex2html kuris neleidžia HTML vadovą gražu surinkti.
• Išimti iš fiksuoto pločio lentelės stulpelyje iš latekso rankinio preambulėje apibrėžimą. Tai reikalinga, kadangi raiškos pertraukos latex2html suderinamumą, sukelia korupcija paveikslėlyje numeracija dėl kurio vaizdus į HTML būti iš esmės randomizuoti.
• Išimti akcentais paketą būtų galima HTML vadovą rengiami. Akcentai LaTeX paketas yra nesuderinamas su latex2html, todėl lengviausia nustatyti yra pašalinti paketą.
• Rankiniu būdu pasukti rėmas kad matrica elementas EPS rankinio duomenų matyti, latex2html suderinamumą. Į '90 keičiate komanda buvo ištrinta ir Aprėpties langelis išgrynintas kaip A B C D - & gt; b -c r -a. Tai leidžia kampas argumentas į includegraphics {} komanda turi būti numestas, kaip latex2html neatpažįsta tai. Tai leidžia skaičiai bus matomi HTML versijos vadove.
• reorganizavimo rėmo užsakymo parametras lizdus lentelę už latex2html suderinamumo vadove. Lentelėje naudoja tikz paketą, kuris yra mirtinas latex2html, net jei nenaudojamas. Todėl į docs / latekso / frame_order / parameter_nesting.tex failą lentelė buvo paverstas atskira LaTeX dokumente sukurti apkarpytą PostScript versijos tikz formatuoti lentelę. Kompiliacijos scenarijų buvo įtrauktas taip pat. Gautas * .ps failą dabar yra įtrauktas į PCS skaitmeninė integracijos skyriuje, o ne šiame skyriuje, įsteigiančio tikz lentelę. Visi tikz preambulėje tekstas buvo ištrintas leisti latex2html paleisti.
• PROBLEMOS latex2html negalės dirbti allrunes paketą arba susijusią šriftą. Preambulėje htmlonly aplinkoje, rėmas užsakymų simboliai naujo naudojant tekstą "Daeg" vietoj runų simbolį A> Ž.
• Ištaisyta sub ir viršutinio indekso visoje instrukcijoje. Šiuo daliniu {} aplink visus subsektorius ir viršutinis indeksas textrm {} atvejais. Tai nėra reikalinga PDF versija vadove taip būtų išvengta trūksta laikiklis problema, tačiau ji veikia HTML versija vadove sudarytoja latex2html, kuris reikalauja teisingą žymėjimą. Pataisymai yra tiek naujos rėmas užsakymo skyriuje, taip pat skyriuje atsipalaidavimas dispersijos.
• Redagavimas ir pataisymai už pailsėti 4.0.0 dalį PERMAINŲ failą.
• Atnaujinta ir patobulinta wiki instrukcijas atsipalaiduoti išleisti kontrolinis sąrašas dokumentą.
• Dar vienas Wiki instruktuoti apie tikrinant neveikiančias nuorodas į atleidimo kontroliniu sąrašu dokumentą.
• Daugiau nedideli pakeitimai "Skelbimas" skyriuje spaudai kontrolinis sąrašas dokumentą.
• Atnaujintas apvalkalo scenarijus rasti besidubliuojančių pavadinimų latekso failus vadove.
• perskaičiuojamas pasikartojančius titulą susirasti apvalkalo scenarijus į Python scenarijų. Python scenarijus yra labiau pažengęs ir naudoja kitokia logika gaminti iš pakartotas pavadinimus ir jų skaičių lentelę. Scenarijus taip pat grąžina nepavyko išeiti statusą, kai kartotinių egzistuoja.
• perskaičiuojamas pakartoti pavadinimą susirasti Python scenarijų naudoti klasės struktūrą. Tai leidžia scenarijus turi būti importuojami kaip modulį. Kartotiniai išvada buvo perkelta į FIND () klasės metodas.
• pervadintas atkartoti titulą rasti scenarijų.
• Pašalinta pasikartojančius LaTeX titulą susirasti apvalkalo scenarijus. Tai dabar tvarkomi kur kas daugiau pažangių Python scenarijų.
• scons kompiliacija iš PDF ir HTML vadovus dabar tikrina pakartotas pavadinimų. Naujas replicate_title_check tikslas buvo įtraukta į scons scenarijus. Tai reikalauja Rasti () metodas pakartoja LaTeX pavadinimas nustatymo scenarijų siekiant nustatyti, ar bet kokie pavadinimai pakartotas, ir jei taip scons nukreipti grąžina sys.exit (1) skambučio. Šis tikslas yra nustatyti vienu svarbiausių user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch scons tikslų pradžios. Rezultatas yra tai, kad vadovas negali būti rengiami, jeigu Kartotiniai pavadinimai egzistuoja, verčia pavadinimai turi būti pakeistas. Rezultatas bus, kad HTML puslapius visi bus unikalus, kaip skleisti pavadinimų rezultatus tik vienas puslapis HTML kuriama visiems skyriuose.
• eliminavimas pakartotas pavadinimų latekso šaltinių, kad naujas kadras užsakymų skyriai pristatė.
• pašalinimas sename pakartoti pavadinimo latekso šaltinių vadove. Tai yra pavadinimas "Modelis-nemokamai analizė", kuris naudojamas visame specifinis analizės skyriuje, taip pat modelio be analizės skyriuje vertybes, nuolydžiai, ir Hessians optimizavimo skyriuje.
• Išspręsti ir patobulinti spaudiniai už replicate_title_check scons tikslą.
• Atnaujinta visus atsipalaiduoti apsaugoti nuo būsimų pokyčių, vykstančių numpy Python paketą. Nuo numpy versija 1.9, The FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: palyginimas su "Netaikomas rezultatas bus elementwise objekto palyginti ateityje. yra vertinamas didelis procentas visų atsipalaiduoti Naudotojų funkcijas. Tai sugauti ir virto RelaxWarning su ta pačia žinia. Šis klausimas yra tai, kad iš palyginimo operatorių elgesį == ir! = Keisis ateityje numpy versijas. Tai buvo pakeisti yra ne visoje atsipalaiduoti kodą bazę. Pakeitimai taip pat buvo padaryta su minfx ir bmrblib paketus, kad atitiktų.
• Daugiau ateitis apsauga nuo numpy pokyčius. FutureWarning yra `rank` yra pasmerkta; naudoti `ndim` atributą ar funkciją vietoj. Norėdami rasti matricos rangas pamatyti "numpy.linalg.matrix_rank`. Todėl N-valstybės modelį tikslinė funkcija metodas paramag_info () buvo atnaujintas naudoti .ndim atributą ir nebenaudojamas numpy.rank () funkciją.
• Sukūrė Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids sistemos testą. Tai skirta sugauti klaidą # 23933, The "NameError: Global pavadinimas" ID "nėra apibrėžta" problemų įkeliant atsipalaidavimo duomenis. Sutrumpintas versija PBP failų ir atsipalaidavimo duomenimis, visas versijas, kurios yra pritvirtintas prie klaidos pranešimo, sudarytas tik iš likučių 329, 330 ir 331 buvo įtraukta į bandymo komplekto bendrų duomenų katalogai ir sistemos bandymas parašyta, kad sugauti NameError.
• Atnaujintas Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids sistemos bandymas sugauti RelaxMultiSpinIDError. Tai leidžia sistemos bandymas perduoti, kaip RelaxMultiSpinIDError tikimasi.
• atnaujino minfx ir bmrblib versijas į atleidimo kontroliniu sąrašu dokumento 1.0.12 ir 1.0.4. Tai yra pašalinti numpy FutureWarning pranešimus apie == Nėra ir! = Nieko palyginimai su numpy duomenų struktūrų, kurios ateityje keisis elgesį.
• Padidėjęs GNA! News Item ruožais gylį spaudai kontrolinis sąrašas dokumentą.
• išplėstas sequence.attach_protons Viskas funkcijos aprašymas. Tai išplaukia iš http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
• Pridėta pradinius duomenis bandymų duomenimis Paul Schanda. Tai rodo, kad yra keletas galimybių, siekiant pagerinti R2, EFF taško metodas.
• Pridėta Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 sistemos testą. Tai bus sugauti nan vertybių už juos.
• Pagamintas papildomą čekį iš eilės skaityti, kad nan vertės praleisti.
• Įsitikinkite, kad pakartotas 4000 Hz taškas 950 MHz eksperimento Netiksli perrašyti.
• Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 sistemos bandymas, pridėjo skaičiavimo R2, eff vertybes testą. Tai rodo, kad pakartotas R2 EŽF 950 MHz / 4000 Hz punkto perrašyti. Tirpalas gali būti pakeisti dispersijos dažnį labai mažai, kad būtų galima duomenų punkte pridėjimą.
• Pridėta papildomų bandymus Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Tai rodo, kad atkartoja iš R2, EFF vertės nėra tvarkomi gerai.
• Jei r2eff_read į duomenų modulio dispersijos funkcija, pridėti galimybių skaityti R2, eff vertybes, kurios pakartoti. Tai daroma pirmąjį testavimą jeigu dispersija raktas egzistuoja R2, eff žodyną. Jeigu jis yra, toliau pridėti 0,001 dažnumu, kol nauja galimybė egzistuoja. Tai turėtų padėti valdyti keletą R2, eff taškų, kaip atskiras vertybes, o ne priimant bet kokį sprendimą juos vidurkį.
• pridūrė iškeldamas atsipalaiduoti klaidą, jei bando sklypas ir jokios informacijos modelis yra saugomi lūkesčius.
• Geriau klaidą, jei braižymo dispersinių kreivių, ir ne modelis yra išsaugomas.
• Pasikeitė pavyzdys scenarijų analizuoti duomenis.
• pratęsė Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 sistemos testą įtraukti automatinį analizę ir sugrupuotos priepuoliai. Tai turėtų parodyti, kad analizė yra dabar įmanoma.
• Pridėta laikiną valstybės ir už GUI setup į duomenų Paulius Schanda scenarijų.
• Pridėta Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI testą. Tai rodo, kad pakrovimo būklę sukurs problemą. Traceback (naujausia skambutis paskutinis): Tipo klaida:. Int () argumentas turi būti eilutė arba skaičius, o ne "NoneType '
• Pridėta scenarijaus pavyzdys grįžtamajam skaičiavimo atsipalaidavimo duomenų iš modelio be rezultatų failą. Tai yra naudinga, kai rezultatai failas nėra galutinis modelis, nes jie rezultatai failas neturi būti grįžtamasis apskaičiuojamas duomenis. Tai yra atsakas į Christinos Moller anketa Paramos prašymas # 3303.
• Naudodami Gary anketa lib.float.isNaN () vietoj math.isnan () turėti atgalinio suderinamumo su python 2.5.
• Nustatyti rašybos klaidą ir dokumentavimo naują elgseną relax_disp.r2eff_read, skaitant R2, eff taškų su tuo pačiu dažniu. Jei Spin-konteineris jau yra R2, eff vertybes su "dažnio CPMG impulso" arba "Spin antiblokavimo lauko stiprumo", dažnis bus pakeistas pagal begalybės mažo vertės + 0,001 Hz. Tai leidžia dublikatų ar daugiau tos pačios dažniu.
• Modifikuota vidinė struktūrinė objektas turi būti mažiau įtakos PBP formatu. PBP Serijos numeris yra dabar protingai elgtis, kad ji yra atstatomas iki 1, kai naujas modelis yra sukurtas. Ši informacija dar laikomi remiant iš conect įrašų skaitymo logiką, ir bus pašalinta ateityje. Grandinė ID, informaciją, dabar nebėra saugomi vidaus struktūrinio objekto, kaip ši informacija yra atkurta pagal structure.write_pdb Viskas funkcija remiasi kaip vidaus struktūrinis objektas buvo sukurtas.
• Atnaujinimai į Noe ir struktūra sistemos bandymas klasių vidaus struktūrinių objekto pokyčius. Serijos numeris, dabar gali būti iš naujo, ir grandinė ID, informaciją nebėra saugoma.
• Pridėta failą į bandymo komplekto dalijamasi duomenimis, siekiant padėti įgyvendinti PBS struktūrinę analizę. Tai yra N-domenas CAM-IQ komplekso naudojami rėmo užsakymo analizės. Tai pirmas 5 statiniai iš pokalbio su frame_order.distribute Viskas funkcija, su skirtingų standžių telkinių susijungė atgal kartu į vieną molekulę.
• Sukūrė structure.pca vartotojo funkcija priekio. Tai šiuo metu modeliuojama ant structure.rmsd vartotojas funkcija sistemą.
• Pagrindinės įgyvendinimas structure.pca Viskas funkcija nugaros pabaigoje. Tai yra nauja PBS () funkcija pipe_control.structure.main modulio. Jis tiesiog atlieka tam tikras patikras, surenka atomines koordinates, ir perduoda valdymą į atsipalaiduoti biblioteka pca_analysis () funkcija šiuo metu neįgyvendintas lib.structure.pca modulį.
• Dalinis įgyvendinti PBS analizei atsipalaiduoti bibliotekoje. Šis skirtas naujai structure.pca vartotojo funkcija. Lib.structure.pca modulis buvo sukurtas, ir pca_analysis () funkciją, sukurtą apskaičiuoti struktūra kovariacijų matrica, per calc_covariance_matrix () funkcija, ir tada apskaičiuoti tikrinių verčių lygtis į kovariacijų matrica, rūšiavimą ir nutraukiant su norimą numerį PCA režimais.
• Pridėta algoritmo ir num_modes argumentus į structure.pca Viskas funkcija. Jie praėjo visą kelią į atsipalaiduoti bibliotekos posistemė.
• įgyvendino SVD algoritmą PCA analizė Relax bibliotekoje. Tai tiesiog ragina numpy.linalg.svd ().
• PBS analizė atsipalaiduoti bibliotekoje dabar skaičiuoja per struktūros prognozės palei kompiuterius.
• PBS analizė funkcija Relax bibliotekoje yra dabar grįžta duomenis. Tai apima PBS vertybes ir vektorius, o per struktūros prognozės.
• PCA vertybės ir vektoriai, ir per struktūrą prognozės dabar yra saugomi. Tai yra structure.pca Viskas funkcija posistemė į pipe_control.structure.main modulį.
• Pridėta formatą ir dir argumentus į structure.pca Viskas funkcija. Tai į priekį ir atgal baigiasi.
• modifikavo assemble_structural_coordinates () metodas grįžti daugiau informacijos. Tai iš pipe_control.structure.main modulį. Sąrašai Būlio argumentas dabar priimta, kurie bus sukelti funkciją papildomai grąžinti Objekto ID sąrašą molekulės, modelio numerį sąrašą molekulės, ir molekulės pavadinimas sąrašą molekulės.
• structure.pca vartotojas funkcija dabar sukuria grafikus PC projekcijomis. Tai apima PC1 vs PC2, PC2 vs PC3, ir tt.
• papildomas gromacs Partnerystės ir bendradarbiavimo susitarimo rezultatus už distribution.pdb failą. Tai apima skriptas, naudojamas vykdyti visus gromacs dalys ir visus išvesties failus.
• atnaujino gromacs PCA rezultatai naujausia 5.1.1 gromacs versija.
• Sukurta pradinį Structure.test_pca sistemos testą. Tai vykdo naują structure.pca vartotojo funkciją, ir patikrina, ar duomenys yra saugomi cdp.structure.
• pagerino nuo structure.pca Viskas funkcija posistemė grafikus. Grafikai dabar susitelkę taip, kad skirtingi modeliai tos pačios struktūros, toje pačioje duomenų vamzdžio yra per vieną grafų rinkinys. Grafikas antraštė taip pat buvo patobulintas.
• išplėtė Structure.test_pca sistemos bandymas patikrinimai palyginti su vertėmis nuo gromacs.
• svertinis vidurkis struktūra dabar gali būti apskaičiuojamas. Tai už calc_mean_structure () funkcija Relax bibliotekos modulio lib.structure.statistics. Svoriai, dabar gali būti pateikiami apie kiekvieną struktūrą, kad būtų galima svertinis vidurkis turi būti apskaičiuojama ir grąžinama.
• Pridėta parama stebėtojų struktūrų structure.pca Viskas funkcija. O tai leidžia iš struktūromis, naudojamomis PC analizės turėti nulinį koeficientą taip, kad šios struktūros gali būti naudojama palyginimo tikslais poaibį. Į obs_pipes, obs_models ir obs_molecules argumentai buvo įtraukta į vartotojo funkcija priekio. Backend naudoja tai sukurti svorių kiekvienos struktūros masyvo. Ir lib.structure.pca funkcijos naudoja ZERO svorius pašalinti stebėtojas struktūras nuo PC režime skaičiavimus.
• Sukūrė Structure.test_pca_observers sistemos testą. Tai išbandyti naują stebėtojų struktūras koncepciją structure.pca Viskas funkciją.
• pagerino spaudiniai iš atsipalaiduoti bibliotekos principo dalis analizei. Tai yra pca_analysis () funkcija lib.structure.pca modulį.
• pataisymai ir patobulinimai, skirti grafikai gaminamų structure.pca Viskas funkcija. Skirtingi rinkiniai dabar yra teisingai sukurta, ir dabar yra paženklinti sklypus.
• Įrašyta testavimo scenarijų deploy, greito dislokavimo apie "Google Cloud Computing. Tai numatytam įdiegti Ubuntu 14.04 LTS.
• Plėsti scenarijų montavimas.
• Eksploatacijos diegimą į funkcijų įdiegti scenarijų.
• Skaldymo dislokuoti scenarijų į keletą mažesnių funkcijų.
• Įrašyta tikrinimo ataskaitas įdiegti scenarijų.
• Kai apsirūpinimo scenarijus, kelios funkcijos gali būti atliekamos vietoj.
• Pridėta tarpų įdiegti scenarijų geriau spausdinti.
• Įrašyta pamoka scenarijų.
• Įrašyta 2 pamoka scenarijus.
• Nustatyti mažų nugara ID klaidų pamoka scenarijų.
• Sukurta sistema bandymo gaudyti klaidą # 24131, The BMRB eksportas sutrikimas, kai SpinContainer objektas neturi S2 atributas, kaip pranešė Martin Ballaschk.
• modifikavo Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition sistemos bandymas patikrinti, RelaxError. Bandymo rezultatas yra RelaxError, nes rezultatai faile yra ne pasirinktas nugaros.
• Pridėta Mf.test_bug_24131_missing_interaction sistemos bandymas sugauti kitą problemą. Tai yra dalis klaidų # 24131, The BMRB eksporto nesėkmės su SpinContainer objekto, turinčio ne S2 vertę. Tačiau praėjusiais nustatyti iš praleidžiant nepažymėtas nugaros pristatė naują problemą atsipalaiduoti vis ieškant Interatomic sąveikos tos nepasirinkdami žymimojo nugara.
• Klaidų ištaisymas:
• pakartotas pavadinimai HTML versijos atsipalaiduoti vadove, taigi ir pakartotas HTML failų vardus perrašymas ankstesniuose skyriuose, buvo eliminuoti.
• Fix bug # 23933, į "NameError: Global pavadinimas" ID "nėra apibrėžta" problema įkeliant atsipalaidavimo duomenis. Klaida buvo pristatyta atgal į 2014 m ir yra, nes kai nepilno klaida tvarkymo kodą. Problema yra ta, kad nugara tipo, kad atsipalaidavimas duomenys priklauso (@N vs @H) nebuvo nurodyta. Dabar teisingas RelaxMultiSpinIDError pakeliamas. IDS kintamasis neegzistuoja -. Tai buvo kodas, kuris buvo planuojama dėti, bet niekada nebuvo ir buvo pamiršta,
• Nustatyti, kad CSA nuolat lygtys skyriaus vadove modelio-nemokamai. Tai buvo pastebėtas Christina Moller ir pranešė apie Relax vartotojų sąrašą.
• Klaidų taisymas už XML struktūrinės objektą valstybės ir rezultatų failų saugojimui. Anksčiau visi įtraukti į cdp.structure objektus (ar bet kokios struktūros objektas) nebūtų išgelbėti struktūrinę objektas to_xml () metodą, nebent funkcija yra aiškiai keistas saugoti, kad objektą. Dabar visi dabartiniai objektai bus konvertuoti į XML.
• Nustatyti už atsipalaidavimas dispersinės analizės GUI, taip sužvejotą Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI testą. Dėdami iš scenarijų valstybės failą, nė vienas vertė gali būti. Tai dabar nustatyti standartinių reikšmių.
• Nustatyti bėgimo atsipalaiduoti serveryje be grafinis ekranas ir naudojant matplotlib. Klaida buvo rastas su Relax_disp.test_repeat_cpmg sistemos bandymas. Ir generuoja klaidos buvo: QXcbConnection: Nepavyko prisijungti prie rodomas. Nutrauktas (Core dempingo). Iš matplotlib posistemės turi būti keičiamas. Tai, pavyzdžiui, aprašytos: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display ir http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• kisti bmrb.write vartotojas funkcija posistemė dėl modelio be analizė (taisant klaidą # 24131) elgesys. Tai yra bmrb_write () metodo modelio be analizės API. Nepažymėtas sukiniai dabar praleisti ir patikrinimas buvo įtraukta į būti tikri, kad nugara duomenys buvo surinkti.
• Kitas fix bug # 24131, The BMRB eksporto sutrikimas, kai SpinContainer objektas neturi S2 atributas. Dabar duomenys nėra saugomi BMRB failą jeigu modelis be modelis nebuvo įsteigtas nugara. Tai leidžia bandymo komplekto praeiti.
• Klaidų taisymas leisti Mf.test_bug_24131_missing_interaction sistemos bandymas praeiti. Tai yra dalis klaidų # 24131, The BMRB eksporto nesėkmės su SpinContainer objekto, turinčio ne S2 vertę. Problema buvo, kai montuojant difuzijos tenoras duomenis. Spin_loop () funkcija buvo vadinamas, nes difuzijos tenoras pranešė visiems likučių. Todėl skip_desel = Tiesa buvo pridėta, kad atitiktų modelio be dalį.

Kas naujo versijos 4.0.0:

• Įranga:
• galutinis, išsami ir teisingai įgyvendinti rėmo užsakymo teorija studijuoja kieto kūno judesių. Tai šiuo metu analizuojant RDC ir kompiuteriai duomenis iš vidaus suderintų sistemų.
• Pokyčiai: "
• išbraukimas frame_order.average_position Viskas funkcija ir visi susijusios posistemės kodą. Šis vartotojas funkcija leidžiama vartotojui nurodyti penkių skirtingų tipų poslinkio vidutiniam juda domeno padėtį: grynas sukimąsi, be vertimo, apie, sistemos judėjimo ašies; rotacijos apie sistemos kartu su vertimo pasiūlymą ašies; grynas vertimas be sukimosi; rotacijos apie masės judančio srityje su be vertimo centro; rotacijos apie masės judančio domeno centro kartu su vertimu. Dabar paskutinis variantas bus numatytasis ir vienintelė išeitis. Ši parinktis yra lygus standartinio uždengia algoritmas (toliau Kabsch algoritmas) į hipotetinį struktūrą prie nekilnojamojo vidutinė pozicija. Keturi kitų dėl to, kad į teorijos vystymosi istorijos. Tai riboja teorijos naudingumas ir bus tik sukelti sumaištį.
• Išvalyti rėmo užsakymo tikslinės funkcijos kodas. Tai atitinka ankstesnę nuo frame_order.average_position Viskas funkcija ištrynimą kaita. Pakeitimai apima vertimo optimizavimo vėliava pašalinti, nes tai dabar visada atlieka, o vėliavos pašalinimą, kuris sukelia vidutiniškai domenas rotacija švytavimo taškas, kad atitiktų Judėjimo švytavimo taškas, nes jie dabar nuolat atsieta nuo gamybos.
• Abėcėlinis funkcijų dėl lib.frame_order.pseudo_ellipse modulį.
• panaikintos visos iš "linijos" rėmas užsakymo modelių, nes jie dar nėra įdiegtas. Tai tik front kodas -. Backend neegzistuoja;
• Atnaujintas izotropinis kūgio Vaizdo rėmelis kad testas modelis optimizavimo scenarijų. Dėl visų kadre užsakymo analizės pokyčius, senas scenarijus nebebuvo funkcionalus.
• Sukurta scenarijų CAM karkasinių kad bandymų modeliai rasti vidutinį domeno poziciją. Kadangi sukimosi apie fiksuotą ašies buvo likviduota, perėjimas nuo 1J7P_1st_NH_rot.pdb į 1J7P_1st_NH.pdb turi būti konvertuojami į vertimą raštu ir sukimosi apie Kom. Šis scenarijus bus naudojama pakeisti sukimosi sukimąsi Oilerio kampai su vertimo vektoriaus ir COM rotacijos Euler kampais. Tačiau structure.superimpose vartotojas funkcija reikės modifikuoti dirbti tiek standartinę Centroid užklojimas taip pat COM uždengia.
• Atnaujinta CAM rėmo Kad bandymo modelis uždengia scenarijų. Structure.superimpose vartotojas funkcija dabar teisingai vadinamas. Išėjimo žurnalo failas buvo įtraukta į kapinyną, nes jis yra teisingas vertimo raštu ir Euler sukimosi informaciją, reikalingą bandymų modeliuose.
• Parametras atnaujinimas už izotropinėje kūgio Vaizdo rėmelis kad testas modelis optimizavimo scenarijų. Oilerio kampai sukimosi apie judamojo ašies buvo pakeičiami vertimas vektoriniu ir Oilerio kampas MK sukimosi parametrus.
• Nustatyti už kadro eilės modelių, kurie neturi parametrų apribojimus numerį. Linear_constraint () funkcija buvo grąžinti A, B = [], [] šiems modeliams, tačiau šie tušti numpy matricas buvo sukelia minfx biblioteka žlugti. Šios vertybės yra dabar sugauti ir apribojimas algoritmas išjungtas į sumažinti () Konkretus API metodą.
• Padidėjęs visų į kamera rėmo Kad bandymo duomenų kartos bazinės scenarijų duomenų tikslumą. Jie visi buvo konvertuoti iš float16 į float64 numpy tipus.
• Nustatyti, kad KDR klaidų nustatymo CAM rėmo Kad bandymo duomenų kartos bazinės scenarijų. Rdc_err duomenų struktūra yra įsikūręs Interatomic duomenų talpyklas, nėra SPIN konteineriai.
• modifikavimas struktūra pakrovimo dalis kamera rėmo kad duomenys kartos bazinės scenarijų. Struktūros yra dabar tik pakrautas jei DIST_PDB vėliavėlė nustatyta, kaip jie yra naudojami tik generuoti 3D paskirstymą struktūrų. Tai taupo laiką ir kompiuterio atmintyje daug.
• Didelės Pagreitis CAM rėmo kad bandymų duomenys kartos bazinės scenarijų. Naudojant daugiamačius masyvus numpy saugoti atomines pozicijas ir "XH vienetinis vektorius visų nugaros ir atlikti sukimų dėl šių struktūrų naudojant numpy.tensordot (), skaičiavimai yra dabar yra 10 kartų greičiau veiksnys. Pažangos metrų turėjo būti pakeista parodyti kas 1000, o ne 100 iteracijų. Iš pozicijas ir vektorių apsukų dabar atliekami nuosekliai, netyčia nustatant klaidą su dvigubo judesio modelių (t.y. "dvigubas rotorius" modelis).
• Modifikuota CAM rėmo Kad bandymo duomenų generavimas bazinę scenarijų taupyti kompiuterio RAM. XH vektorius ir atominis pozicija duomenų struktūros visiems N apsisukimų dabar iš numpy.float32 o ne numpy.float64 tipo. Pagrindinis pakeitimas yra apskaičiuoti suvidurkintoms RSB ir vidutiniškai PCSS atskirai, išbraukiant N-dydžio duomenų struktūras, kai duomenų failai yra parašyta.
• Užbaigti perprojektavimo CAM rėmo kad duomenys kartos bazinės scenarijų greičio ir atminties santaupų. Nors Pasuktas XH obligacijų vektorius ir atominė pozicija kodas buvo labai greitas, atminties suma, kurios reikia saugoti juos į spin konteinerius ir Interatomic duomenų konteineriai buvo didžiulis kai n & gt; 1E6. Vėlesni rdc.back_calc ir pcs.back_calc vartotojo funkcija skambučiai taip pat būtų gerokai per ilgas. Todėl bazinis scenarijus buvo pertvarkyta. _create_distribution () Metodas buvo padalinti į keturias: _calculate_pcs () _calculate_rdc (), _create_distribution () ir _pipe_setup (). _pipe_setup () Metodas vadinamas pirmasis įsteigti duomenų vamzdis su visais reikalingais duomenimis. Tada _calculate_rdc () ir _calculate_pcs () metodai ir galiausiai _create_distribution (), jei DIST_PDB vėliavėlė nustatyta. Skambučius į rdc.back_calc ir pcs.back_calc Viskas funkcijų buvo eliminuoti. Vietoj _calculate_rdc () ir _calculate_pcs () metodai skaičiuoti pačios suvidurkintoms KDR ir kompiuteriai kaip numpy masyvo struktūros. Užuot saugoti didžiulis Pasuktos vektoriai ir atominis pozicijos duomenų struktūros, RSB ir PCSS yra sumuojamos. Tai yra tada, padalytą iš self.N pabaigoje vidutiniškai vertybes. Palyginti su seno kodo, kai n yra nustatytas 20 mln RAM naudojimo lašai nuo ~ 20 GB iki ~ 65 MB. Bendras veikimo laikas taip pat sumažėjo vienos sistemos nuo kelių dienų iki kelių valandų (nutarties ar du dydžio).
• Pasikeitė Progress Meter atnaujinimą CAM rėmo Kad bandymo duomenų kartos bazinės scenarijų. Vertino buvo pernelyg greitas, atnaujinti kas 5 didinimą, ir dabar atnaujinama kiekvieną 250. Ir iš viso dabar tik spausdintą kas 10.000 žingsniais.
• patobulinimai pažangos matuoklis CAM rėmo kad bandymų duomenys kartos bazinės scenarijų. Kablelius dabar spausdinami tarp tūkstančių, o dabar šie skaičiai yra teisinga pateisinamas.
• Didelis tikslumo padidėjimą dėl KDR ir kompiuteriai vidurkio. Tai yra CAM rėmo kad bandymų duomenys kartos bazinės scenarijų. Sudedant RSB ir PCSS į 1D numpy.float128 matricos (už tai, 64 bitų sistema required), tada padalinus tuo tikslu N, vidutinė vertė gali būti apskaičiuota su daug didesniu tikslumu. N tampa didesnis, skaitmeninė vidurkio pristato didesnes ir didesnes sumas, vietiniam artefaktus. Taigi šis pasikeitimas lengvina tai.
• Nustatyti, kad RDC ir PCS vidutiniškai per kamera rėmo Kad bandymo duomenų kartos bazinės scenarijų. Dėl dvigubo rotoriaus modelį, ar kelių judamojo režimu modelis, vidurkio buvo neteisingas. Vietoj dalijant N, vertybės turėtų būti padalytas n ^ M, kur m yra Judėjimo režimų skaičius.
• Didelės padidėjimas tiksliai, CAM rėmas Užsakyti nemokamas rotoriaus modelis bandymų duomenis. Kuo didesnis tikslumas yra, nes skaičius struktūros paskirstymo dabar dvidešimt milijonų, o ne vienas milijonas, ir buvo naudojamas daug didesnis tikslumas numpy.float128 vidurkio iš atnaujinama duomenų kartos bazinės scenarijų. Šie duomenys turėtų leisti daug geriau sąmatą beta ir gama vidutiniškai domenų pozicija parametrų vertes nemokamai rotoriaus modelių, kurie nukentėjo nuo alfa parametro žlugimo iki nulio.
• Didelės padidėjimas tiksliai, CAM rėmas užsakymo dvigubai rotoriaus modelis bandymų duomenis. Kuo didesnis tikslumas yra, nes skaičius struktūros paskirstymo dabar per dvidešimt milijonų (4500 ^ 2), o ne milijono (500 ^ 2) ketvirtį.
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  

• Pokyčiai: "



• Klaidų ištaisymas:

• Pokyčiai: "












































































































T.y.

Kas naujo versijos 3.3.4:

• Pokyčiai: "






































































• Klaidų ištaisymas:

• Pokyčiai: "





















































• Klaidų ištaisymas:

• Pokyčiai: "








































































































































• Klaidų ištaisymas:

• Pokyčiai: "












































































































































































































































• Klaidų ištaisymas:

Kas naujo versijos 3.3.0:

• Pokyčiai: "

Kas naujo versijos 3.1.5:

• Pokyčiai: "




• Klaidų ištaisymas:

• Pokyčiai: "
























• Klaidų ištaisymas:

Kas naujo versijos 3.1.3:

• Pokyčiai: "

Kas naujo versijos 3.1.2:

• Pokyčiai: "













• Klaidų ištaisymas:

Kas naujo versijos 3.1.1:

• Pokyčiai: "

Kas naujo versijos 3.1.0:

• Pokyčiai: "


































































- & Gt;

Kas naujo versijos 3.0.2:

• Pokyčiai: "























































• Klaidų ištaisymas:

Kas naujo versijos 3.0.1:

• Pokyčiai: "







































































































• Klaidų ištaisymas:

Kas naujo 3.0.0 versijos:

• Pokyčiai: "





























































































































































































































































































































• Klaidų ištaisymas:

• Pokyčiai: "










































• Klaidų ištaisymas:

• Pokyčiai: "

• Pokyčiai: "














































































































































• Klaidų ištaisymas:

• Pokyčiai: "


























• Klaidų ištaisymas:

Kas naujo versijos 2.2.1:

• Pokyčiai: "









• Klaidų ištaisymas:

• Pokyčiai: "




















































































































• Klaidų ištaisymas:

• Pokyčiai: "

Kas naujo versijos 2.1.1:

• Pokyčiai: "


















































































































































• Klaidų ištaisymas:

Kas naujo versijos 2.1.0:

• Pokyčiai: "




































































































































• Klaidų ištaisymas:

Kas naujo versijos 2.0.0:

• Pokyčiai: "

Kas naujo versiją 1.3.16:

Kas naujo versiją 1.3.15:

• Pokyčiai: "


• Klaidų ištaisymas:

Kas naujo versijos 1.3.9:

Kas naujo versijos 1.3.8:

Reikalavimai