SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter yra grafinis Python priemonė interaktyviai segmento vaizdo kaminai ląstelių audinio su krašto etiketės & nbsp (dar žinomas kaip baltos planai.);. Dėl sąveikos visiškai pagrįstos sėklų redagavimo, kurie savo ruožtu, padidėjo baseine algoritmas. Pagrindinis skirtumas tarp SWS ir kitas priemones, kad jūs galite įdėti daugiau nei vieną sėklą per ląstelių, kurios gali padėti jums koreguoti sudėtingų ląstelių ribas.
SWS yra pastatytas ant wxPython, matplotlib, numpy, scipy ir mahotas.
Savo esme ji naudoja Žaibiškos baseino algoritmas (dėka mahotas projektas) ir leidžia realaus laiko atnaujinimus. Ji yra paprasta (jei netvarkinga) UI ir yra visiškai interaktyvus, net įskaitant 1 lygio anuliuoti.
Leidinys apie SWS, kuri suteikia visas šias detales ir daugiau citometrijos A dalis:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
Šaltinis kodas atsispindi keturių saugyklų ir PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- "Google" Kodas: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
"Google Kodas puslapyje taip pat turi tam tikrų dviejų komponentų spaudai (http://code.google.com/p/seedwater/), kurie turėtų dirbti 32 bitų" Windows "arba 64-bitų Linux, bet dabar jie yra senas. Prašome naudoti "easy_install" metodą dabar.
Norėdami gauti daugiau informacijos, žr Python Įdiegimo instrukcijos 20XX.txt Taip pat galite skaityti vadovą: SeedWater Segmenter V xx Manual.txt
Diegimas ir veikia "
Diegimas pagaliau lengva!
Iš tiesų, dabar galite "easy_install SeedWaterSegmenter"
Greita instrukcijos:
"Windows" / "Mac":
& Nbsp; Įdiekite Enthought Python pasiskirstymas http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp; sudo apt-get install python-setuptools python-wxtools python-numpy python-scipy python-matplotlib python-vaizdo python-xlrd python-xlwt
Be cmd lange (reikia paleisti kaip administratorius pagal "Windows Vista / 7) ar terminalo (" Mac / Linux), paleisti:
& nbsp; easy_install mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Išsamios instrukcijos:
Naujausia versija yra vadinama:
"Python" Install instrukcijos rugpjūtis 2012.txt "
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python Įdiekite instrukcijos rugpjūtis 2012.txt

Reikalavimai :

< li> Python