tigreBrowser

tigreBrowser yra genų ekspresijos modelis naršyklė rezultatus Tigre R paketo (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Įrengimas:
tigreBrowser reikalingas Python versija> = 2.5. tigreBrowser galima montuoti su šią komandą:
pitonas setup.py įdiegti
Daugiau informacijos, kaip įdiegti modulių python (pavyzdžiui, diegiant be root teisėmis tik dabartiniam vartotojui) žr http://docs.python.org/install/
Nuo serveris "
Žiniatinklio serveris įtraukti į tigreBrowser turi veikti, kad galėtumėte naudotis faktinį rezultatas naršyklę.
Jums reikės duomenų bazės failą generuoja Tigre R paketo (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Šis paketas yra bandymo duomenų bazės failą "database.sqlite", kuri gali būti naudojama patikrinti tigreBrowser. Bandymo duomenų buvo sukurtas naudojant instrukcijas ir pavyzdžiu įtrauktus duomenis Tigre paketą.
Vykdyti tigreServer.py pradėti grafinę vartotojo sąsają serveryje. Norint pradėti rezultato naršyklę, vienas pirmiausia turi pasirinkti duomenų bazės failą, kurio rezultatai bus rodomas. Tai gali būti pasiekiama pasirinkus "Open duomenų bazės failą" ir pasirenkant duomenų bazės failą. Duomenų bazės failas neturi rašymo teises. Serveris tada galima pradėti paspaudę 'Pradėti serverį ". Kai paspaudėte, etiketė atrodo žemiau mygtukų parodyti rezultatų naršyklėje URL.
Rezultatas naršyklė dabar prieinama toje URL naudojant įprastą interneto naršyklę. Instrukcijas, kaip naudotis naršykle yra kitame šio vadovo skyriuje. Naršyklė yra, kol serveris sustojo su "Stop serverį" mygtuką.
tigreServer.py taip pat gali būti naudojama su komandų eilutės sąsaja. Pradėti scenarijų su "help" galimybe gauti daugiau informacijos.
Naudojant naršyklę "
Rinkinio pasirinkimas
Rinkinys pasirinkimas lemia kurio rezultatai bus matoma rezultatų sąrašą ir kokia tvarka. Eksperimento pasirinkimas yra naudojamas pasirinkti eksperimentų rinkinį. Tik rezultatai iš šių eksperimentų bus parodyta sąrašą.
Kitas rinkinio parinkimas yra transkripcijos faktorius (TF) arba nustatyto tikslo pasirinkimas, priklausomai nuo to, ar rezultatas naršyklė yra nustatytas Target reitingavimo režimo arba reguliatorius rango režimą (žr montavimą). Tikslinėse rango režimu, TF galima pasirinkti ir rezultatai įraše rezultatų skirtingų tikslų su tikru TF. Be reguliatoriaus rango režimu nustatyto tikslo pasirinkta ir reklama bus rodoma rezultatus skirtingoms reguliavimo.
Kaip rezultatų skaičius gali būti didelis, rezultatai gali būti suskirstyti į keletą puslapiuose. "Skaičius genų skaičius puslapyje" atrankos gali būti naudojamas reguliuoti parodė rezultatus, skaičių. Tai gali būti naudinga sumažinti rezultatų jei puslapis krovinį lėtai dėl didžiulio skaičiaus vaizdų skaičių.
Galiausiai, siekiant, kurioje rezultatai parodė, gali būti pakeista su "Rūšiuoti pagal" atrankai. Rezultatai bus rūšiuojami mažėjančia iki nurodyto kriterijaus.
Filtravimas
Rezultatai gali būti filtruojamas pagal įvairius kriterijus. Vienas gali, pavyzdžiui, rodo tik rezultatus genų, kurie turi z balas aukštesnis nei tam tikrą nustatytą ribą.
Tai yra įmanoma, siekiant sujungti kriterijus, kai filtravimą. "[+]" Ryšys gali būti naudojamas pridėti kitą kriterijų. Kriterijus gali būti taip pat pašalinti naudojant "[-]" nuorodą (ne tada, kai parodė, kad yra tik vienas kriterijus). Kai keli kriterijai yra naudojami, genų rezultatas turi atitikti visus kriterijus, parodė į sąrašą.
Filtravimas yra suaktyvinta naudojant "Taikyti filtrus" langelį.
Paryškinimas
Jei genai duomenų bazėje yra papildomų duomenų, rezultatai gali būti pabrėžta, naudojant tuos duomenis. Galimos pabrėžiant variantai parodė su spalvų, susijusių su šių variantų.
Paryškinimas darbai rodo spalvotus langelius žemiau zondo vardų rezultatų sąrašą genų, kurie turi papildomą informaciją, kuri atitinka pasirinkimą.
Paieška
Tai yra įmanoma, prie paieškos rezultatų duotam genų. Paieškos darbai įvesdami atskirtų kableliais sąrašą genų ar zondas pavadinimus į paieškos laukelį. Genų vardai taip pat gali būti naudojami kaip paieškos įrašą.
Parodyta rezultatai
Už tikrą pasirinkimo rinkinį, filtrai, renginiai ir paieškos rezultatai bus nustatyta, kai "Siųsti" mygtuku. Duomenų bazė bus užklausti rezultatų, atitinkančių duotą pasirinkimą. "Reset" mygtukas gali būti naudojamas išvalyti visus pasirinkimus ir TextFields.
Rezultatai sąrašas yra keli stulpeliai. Pirmoje skiltyje zondas pavadinimas rodomas su GENENAME, susijusio su zondu. Šalia genų pavadinimu, yra genų ekspresijos skaičius, jei vienas yra apibrėžta duomenų bazėje. Žemiau stulpelyje yra faktinius rezultatus genuose. Papildomus duomenis taip pat rodomas čia. Eksperimentas skaičiai bus rodomas kartu su rezultatų vertybes.
. Galiausiai eksperimento parametrai, jei įdėta į duomenų bazę, bus rodomas kaip stalo šalia skaičiai

Reikalavimai

• Python,