NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ rinkinys suteikia nemokamai, nešiojamų, Public Domain, bibliotekas jokių apribojimų naudoti. Ji veikia Unix, MS Windows ir Mac OS platformas:
ย ท tinklai ir interprocess Bendravimas (IPC) biblioteka iostream adapteriai
ย ท interfeiso biblioteka
ย ท CGI Greitas CGI biblioteka
ย ท HTML kartos biblioteka
ย ท SQL Duomenų bazės prieigos biblioteka
ย ท C ++ įvynioti biblioteka BerkeleyDB
ย ท C ++ iostream adapteris / vyniotuvas biblioteka
ย ท GZIP ir BZ2 C ++ vyniotuvas biblioteka su iostream adapteriai
ย ท ASN.1 ir XML serijos numerį biblioteka su C ++ kodo generatorius įrankis (datatool)
ย ท data ir laikas biblioteka
ย ท Failų sistema Funkcija biblioteka
ย ท Komandų eilutės argumentas, konfigūravimas ir aplinkos apdorojimas biblioteka
ย ท seka Sureguliavimas algoritmai biblioteka
ย ท BLAST Variklio biblioteka
ย ท Biologinis sekos paieška ir apdorojimas biblioteka
ย ท Nešiojami FLTK ir OpenGL remiantis GUI ir grafikos bibliotekos
Be pirmiau, yra daug daugiau naudingų bibliotekos, tiek bendrosios paskirties ir biotechnologijų susijusių, kurie nuolat plėtojama, prižiūrimi ir naudojami realaus gyvenimo gamybos šimtai interneto ir standalone paraiškas ir jų programuotojų (taip pat skaičiuojami šimtais).
Jei esate C ++ programuotojas jūs rasite nešiojamą pobūdį bibliotekose labai naudinga kuriant cross-platform prašymus, net jei jūs neturite daug interesų bioinformatikos. Bibliotekos, kaip antai dėl CGI / Greitas persukimas CGI, HTML, tinklai, SQL duomenų bazės Access ASN.1 ir XML Publikacija jų yra gana bendro pobūdžio paskirtis ir gali būti naudojamas įvairių programų ribų Bioinformatikos probleminės srities įvairovė.
C ++ rinkinys patiria aktyvią plėtrą su bibliotekos statoma kiekvieną naktį. Kodas yra laisvai prieinami per FTP ir CVS. Už C ++ Toolkit dokumentus galima rasti internete per NCBI Bookshelf formatu, taip pat, kaip atsisiųsti knyga Acrobat anketa PDF formatu

Kas naujo , šioje laidoje:.

• ĮVYKIAI:
• Pridėta LDS2 (vietinis Duomenų saugojimas V.2), kuris remiasi sqlite3, turi naujų funkcijų ir geresnių rezultatų. Taip pat įgyvendinami LDS2 duomenys krautuvas naudoti LDS2 iš Object Manager.
• XmlWrapp-tai patogu XML tvarkymas API daugiausia buvo baigtas (ir net poliruoti).
• Įvykdyti tunelių ir leidimą HTTP jungtis ir tunelių saugios lizdai, per HTTP proxy.
• CFormatGuess dabar leidžia atskirti GTF, GFF3 ir GFF2. Tai galbūt pažeidžia kaita. Daugiau informacijos žr.
• Įgyvendinti pagrindiniai dalys CFeatTree, klasės organizuoti funkcijos apibrėžtos biologiniu seka į hierarchiją, kuri atspindi jų tėvų ir vaikų santykius (remiantis yra: potipių).
• CORELIB:
• Įvykdyti lokalės nepriklausomas konversija eilutę padvigubinti ir atgal; pasikeitusių pagrindinių bibliotekos jį naudoti.
• NStr :: Justify () - už formatavimą dalių teksto
.
• CNcbiApplication - padaryti FindProgramExecutablePath statinis, ir labiau patikimas; pridėti statinį aukštesnio lygio GetAppName metodą. Ieškokite pasaulinių konfigūracijos failus daugiau bylų.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Naujas metodas matytųsi logiką nustatyti, kuri failų (jei toks yra) įkelti
• CEnvironmentCleaner -. NAUJUOSE nepageidaujamas aplinkos kintamieji išmesti
• CFileIO - atgal į pradinę elgesį:. Neuždaryti failų rankena, jei tai priskirti per SetFileHandle ()
• SERIAL:
• serializavimas AnyContent duomenų objektus - fiksuoto pripažinti ir tinkamai proceso atributų jų vertės
.
• Ištaisyta XML duomenų skaitymo priskirti prie elemento numatytąją vertę, kai jis neturi turinio.
• Pridėta parama sekų elementus, kur elementas turi numatytąją reikšmę.
• DATATOOL:
• Ištaisyta kodas karta:
• CHOICE duomenų objektai;
• dvejetainiai duomenys tipai atributus. "
• Ištaisyta konversija dvigubo tipo vertybių išsaugoti daugiau reikšmingų skaitmenų.
• CONNECT:
• Pridėta keepalive lizdas variantas (fSOCK_KeepAlive).
• Pridėta NCBI ry bandymas (CConnTest).
• Utilites:
• g_FindDataFile -. Nauja funkcija ieškant duomenų failus (konfigūruojama) standartas vietose
• CChecksumStreamWriter -. NAUJUOSE apskaičiuoti kontrolinė duomenų įrašyti į srautą
• g_GZip_ScanForChunks () - naujas API užklausą suspausto srautas pozicijas. Pridėta įgyvendinimą gauti pozicijas atskirų gzip failus viduje sujungtųjų gzip failą.
• Pridėta suspaudimo / išskleidimo srautas manipuliatoriai (include / util / suspausti / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / C} pp) atnaujinti, su galbūt nesilaikantiems kaita. To tikslas yra leisti CFormatGuess atskirti GTF, GFF3 ir GFF2. Šiuo metu jis luitų visų šių formatų į vieną "eGtf" vertę. Senas '' eGtf vertė (3) yra pakeista "eGtf_POISONED" ir nebus vėl sugrįžo. Naujas vertė "eGtf" (21) reikš failą, reikia skaityti su CGtfReader (objtools / skaitymo / gtf_reader.hpp). Naujas vertė "eGff3" (22) yra failai reiškia būti skaityti CGff3Reader (objtools / skaitytojai / gff3_reader.hpp), ir "eGff2" (24) yra failų reiškia būti skaityti CGff2Reader (include / objtools / skaitytojams /gff2_reader.hpp)
• BIO-OBJEKTAI:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Naujas būdas padėti vietovardžių sekas iš Fasta failus su nuotolio specifikacijas Daugiau kontekste importuotų; suvynioti CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (taip pat naujas).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Įgyvendinti arba pagerinti pripažinimo už daugiau priešdėlių (GA, HH, HI, HO-HU, JA-JO, EAAA-EZZZ, ir IAA-IZZ, kai kurie iš jų atitinka naujos galimybės DDBJ TPA WGS duomenys) ir mišrūs-in TPA baltymų prisijungimą (daugiausia iš EMBL, tačiau kai kurie iš GenBank taip pat).
• Atskirti WGS meistriškumo prisijungimą nauju vėliavos bitų. Atsipalaiduokite per griežtą PBP atpažinimo logiką.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Nauja funkcija darbui su paprasto teksto sekos duomenis, apskaičiuotus iš CFastaReader ir apibendrino šiek tiek
• SSeqIdRange - Naujo tipo (su analizatorius ir on-the-fly & quot; iteratorius & quot;) dirbti su Seq-id svyruoja, nes kai kuriuose FASTA defline šaltinio modifikatorius
.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - Pasirinktinai priimti užsakymą pavadinimus vieną sekas. Tag neigiamas-strand svyruoja su pagrindiniais "C-aisiais.

.
• CFastaReader - Remti neigiamas-kryptis svyruoja ir žvyneliais kompaktiškas defline stiliaus atotrūkis sintaksę (? & Quot; & gt; N & quot; kur N yra skaičius; arba & quot; & gt; unk100 & quot;)
• COBALT:
• Pridėta komandų eilutės parinktis -num_domain_hits kad apriboja skaičių užkonservuotas srityse per seką naudojamą apskaičiuojant lygiavimo apribojimus.
• Filogenetiniai medžiai:
• Pridėta aukštesnio lygio sąsają skaičiavimo filogenetinė medį seka trasos (pavyzdžiui, aukštakrosnių ir kobalto rezultatus). CPhyTreeCalc klasė apskaičiuoja filogenetinė medį ir CPhyTreeFormater spausdina medį Newick ir Nexus formatu.
• BIO-object BIBLIOTEKOS:
• Įgyvendinti CheckNumRows () ir kiti metodai retais išplanavimai.
• Jei norite sumažinti atminties pėdsaką: įtraukta skaityti kabliukai sumažinti atminties naudojamas trasos po deserializacjia; Na-kryptis dabar naudoja vieną baitą atmintį, kurioje galima; Score.value pasirinkimas dabar integruotas į CScore.
• Pasinaudoti įstojimą CSeq_id :: GetLabel ().
• BIO-OBJEKTAS vadovas: "
• Pridėta Getter metodai loginės srityse CTableFieldHandle.
• Pridėta GetBestGeneForFeat (), remiantis CFeatTree.
• Įvykdyti GetBestOverlappingFeat () ant CFeatTree.
• Pridėta greitai cscope :: GetTaxid ().
• Įvykdyti urmu pakrovimo už ACC / red, GI, etiketėje, ir taxid.
• Pridėta nulinio ilgio spragų patikrinti CSeqMap ir CSeqVector.
• Įvykdyti GetLength () ir GetCoverage () obligacijų vietose.
• Patobulinimai:
• Pridėta pagalbininkas būdas užpildyti CFeatTree vietos.
• pagreitino žemėlapių paprastų CSeq_loc_mix vietų, CFeat_CI.
• Griežtesnės rūšiavimas funkcijų CFeat_CI išvengti dviprasmybių.
• CSeq_feat_Handle geterius dabar dirba su Eil stalo yra per daug.
• Seq stalo savybės dabar palaiko multi-lygio naudotojo laukus.
• Ne Seq-feat SEQ stalai dabar pripažįstama, net jei įsikūręs Split riekė.
• pagreitino CBioseq_Handle :: AddId ().
• Optimizuotas cscope :: AttachXxx ().
• Pagalba padalijimas pavadintas anotacija.
• CSeqVector ir CSeqVector_CI anketa CanGetRange () dabar return false vietoj mesti išimtį.
• Leisti nurodyti, kaip tvarkytis su esamais rankenėlės ResetHistory ().
• Optimizuotas naujo auklėjimas jei daugiau funkcijų pridėta į CFeatTree.
• Pridėta galimybė derinti cscope kūrimo / trynimą.
• Daugelis pakeitimų C ++ valymo funkcionalumo imituoti valymo funkciją, kuri jau C Yra dar reikia daug nuveikti su BasicCleanup, tačiau didelė pažanga buvo padaryta. Mažai nuveikta už ExtendedCleanup kol kas.
• CSeq_loc_Mapper dabar gali būti inicializuoti su GC-Asamblėja.
• Klaidų pataisymai: "
• Fiksuotas kartografavimas mix vietose minus gijas CFeat_CI.
• Daugelis pataisymai į Beje CFeatTree jungia funkcijų.
• Keletas sriegis saugos pataisymai.
• Fiksuotas klaidos išvengti pridedant išlygina ir diagramas CSeq_annot_EditHandle.
• Apsaugos nuo išimtis, kai rūšiavimas CFeat_CI funkcijų.
• GENBANK DUOMENŲ krautuvas:
• Registruoti HPRD išorės anotacijos.
• Pridėta neprivalomas exclude_wgs_master parametro į pubseqos / pubseqos2 skaitytojams.
• Įvykdyti urmu pakrovimo už ACC / red, GI, etiketėje, ir taxid.
• Pridėta CGBDataLoader :: CloseCache ().
• tobulinimas:
• Naudoti krovimo birių prašymai cscope :: GetBioseqHandles ().
• Atskiros skaitytuvas statistika pagal tipą pakrautų BLOB.
• Pridėta timestamp į GenBank debug žinutes.
• Naudoti IConnValidator atidarymo PubSeqOS jungtis.
• Pridėta split versija riekė prašymus ir riekė raktus į GenBank talpyklą būtų išvengta naudojant neteisingus gabaliukus, kai lašelis padalinti būsena pasikeitė ID.
• Pridėta vidurinės mažiau paini param pavadinimai atviros pauzės.
• nesidaugina bandykite skaičių skaičiaus ryšį.
• OBJEKTAS VADYBININKAS BANDYMŲ IR DEMO PARAIŠKOS:
• id2_fetch_simple - pridūrė. Vienaskaita galimybės savavališkai SEQ ID-ųjų
• test_bulkinfo -. Naujas testas taikymas
• FASTA:
• C ++ funkcija stalo funkcionalumas buvo padaryta daugiau funkcinis, tokių kaip dalis BankIt projektą.
• asn2flat naudingumo
• Didžiulis skaičius pokyčių flatfile formatavimo, kad jis daug arčiau release-READY būsenoje (galbūt išleisti pasirengęs šiuo metu, nors kai kurie gana nedideli klausimai lieka).
• XMLWRAPP:
• Fiksuotas segmentavimo kaltės atveju atsižvelgiant nuorodą į XPath išraiška veikia rezultatus.
• Pridėta pagalbininkai gauti visuomenės ID, sistemos vardą ir DTD pavadinimą išorės ir vidaus pogrupiuose.
• Pridėta metodai peržvalgos mazgas atributus. "
• Fiksuotas vykdymas XPath išraiškos:. Tai dabar prasideda nuo konkretaus mazgo
• Fiksuotas ieško atributus (įskaitant įsipareigojimų neįvykdymo), kai vardų yra numatyta.
• Pridėta galimybė paleisti XPath išraiška be būtinybės registruoti vardų aiškiai.
• Pridėta galimybė pateikti konteinerius rinkti klaidas ir įspėjimus, o analizuojant dokumentus.
• Pridėta galimybė keisti vertybes ir vardų mazgo numatytųjų atributus. "
• Pridėta galimybė išbandyti, jei atributas yra numatytoji.
• Pridėta galimybė įterpti arba pašalinti atributus, o atsižvelgiant į jų vardų.
• Pridėta galimybė apiplėšti XML deklaraciją, kai dokumentas yra išsaugotas.
• WindowMasker:
• Pridėta naują įvesties formatą, & quot; & quot ;; seqids su šiuo įvesties formatą, įvesties yra failas, kuriame yra sekos ID kiekvienoje eilutėje ir algoritmas naudoja Bio-Object Manager ieškoti sekas.
• Pridėta naują klasę CWinMaskConfig, saugoti visas WindowMasker konfigūracijos parametrus. Klasė gali būti naudojamas pridėti reikalingus komandų eilutės argumentus CArgDescriptions, tada gauti sąrankos parametrus iš komandų eilutės argumentus.
• statyti SISTEMA (UNIX):
• interpretavimas komandų eilutės specifikacijas APP_PROJ ar LIB_PROJ kaip lazda išsiaiškinti kitas * _PROJ nustatymus nėra taip pat yra numatytas. (Reikalingas GNU make;. Stato su Saulės markę ir toliau dirbti kaip ir anksčiau)
• Tiekimo daugiau tikslai pakatalogį:. * _f (Naudojant gaminami paklausos vietos plokščių Makefiles, ignoruodama priklausomybę nuo kitų dalių medžio), * _fd (vyniojimo aukščiausio lygio Makefile.flat), clean_sources ir purge_sources
• Konfigūruoti ir jos patogios scenarijus (kompiliatoriai / Unix / * sh.):
• Verti dėmesio nauja vėliava --without-3psw -. Nenaudoti su bet 3rd šalies programinę įrangą "
• Pridėta čekį glew.
• Geresnis tikrina Boost ir OpenGL.
• Pagalba nurodant paleisti takus Darwin ("Mac") sistemų su moderniais toolchains.
• BLAST:
• Dėl Darvinas (Mac OS X), statyti tik "Intel" procesoriais net kitaip universalus stato dėl "PowerPC toolchain apribojimų.
• Pridėta parama gaunant NCBI taksonomija ID už kuriuos WindowMasker parama yra teikiama.
• Leisti į užklausos sekos specifikacija kartu su keliais seka lygiavimo failą psiblast.
• Pridėta duomenų bazė sunkiai maskavimo paramą.
• Pridėta duomenų bazė minkšta izoliacine už išverstų paieškas.
• Pridėta parama btop (BLAST pėdsakų operacijų) ir užklausą ir dalyko ilgio lentelės ataskaitoje.
• Komandų eilutė paraiškas - leisti psiblast ieškoti kelis klausimus, pridūrė neprivalomas -input_type už makeblastdb
• Leisti naudoti geriausią hitu ir XML į blast2sequences režimu.
• Geresnis formatavimas spektaklis nuotolinio paieškas.
• makembindex dabar gali kurti užmaskuotas MegaBLAST indeksą tiesiai iš BLAST nukleotidų bazės, naudojant saugomą BLAST duomenų maskavimo informaciją. Tai pasiekiama nauja komandų eilutės pasirinkimo -db_mask į makembindex. Galimybė priima sveikasis ID filtravimo algoritmas remiamą BLAST duomenų bazę. Galimybė gali būti taikoma tik kartu su -iformat blastdb.
• Jei norite padėti išsiaiškinti skaičių adresus filtravimo algoritmų remiamų sprogimo bazėje vartotoją, vėliavos -show_filters yra įvesta. Taikant su -iformat blastdb ir sprogimo duomenų vėliava įvesties sukelia makembindex išvesties galimų filtravimo algoritmų ir išėjimo sąrašą.
• Programos NETCACHE:
• NetCache perdirba įtraukti šias funkcijas:
• geriau valdyti diske;
• užraktas mažiau dirbti su BLOB, versijų yra naudojamas vietoj;
• kelių uosto klausytis ir per-kliento nustatymai diferencijuojant.
• NetCache ir ICache API:
• Naudoti Uint8 visur blob dydį.
• Leisti dalinį BLOB surasti.
• Įvesta blob apsauga slaptažodžiu; tuščios slaptažodžiai laikomi be slaptažodžio.
• Darbuotojų mazgas API:
• Nauja parametras nutraukiama darbuotojui mazgas, jei jo atmintis suvartojimas viršija nurodytą ribą (parametras & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• Nauja parametras nutraukiama darbuotojui mazgas, jei jos vykdymo metu viršija nurodytą ribą (parametras & quot; total_time_limit & quot;)
.
• GRID PARAIŠKOS:
• netscheduled
• Ištaisyta klaida, dėl atsakymo į eilę išbraukta komandą.
• remote_app
• Nauja konfigūracija parametras (& quot; tmp_dir & quot;). Kontroliuoti, kaip laikinas katalogo pavadinimas generuojamas - sumažinti jo ilgį
• Prisijunkite BLOB rašymo klaida.
• netcache_control
• Leisti dalinį BLOB surasti.
• Nauja komanda -Nuimkite ištrinti BLOB jų ID.
• Nauja parametras -auth nurodyti autentiškumo eilutę naudoti.
• naujas komandas -reconf ir -reinit naudoti pagal NetCache administratoriams.
• netschedule_control
• Įjungta suderinamumo režimu, kad netschedule_control darbą su vyresniais darbuotojų mazgų.
• cgi2rcgi.cgi
• Nekurkite tuščią NetCache blob kaip pažangos pranešimą vietturi.
• Prisijungti Grid klaidų, kurie yra pateikiami vartotojui.
• Leisti erdves darbas ID parametrą.
• Pagalba išėjimas darbo būsenos informaciją JSON formatu.
• Leisti užsakymą HTML šablonai turi būti apibrėžti GRID klaidų ir kituose renginiuose.
• Pridėta no-cache HTTP antraštes, kad būtų išvengta spartinimo tarpinių rezultatų.
• ncfetch.cgi
• Nauja parametras prieiti slaptažodžiu apsaugotas BLOB.
• interpretavimas papildomą parametrą & quot; failo & quot; kaip failo pavadinimą atsisiųstą failą.

Kas naujo versija 31 Grd 2008:

• Ši laida papildyta metodą apskaičiuoti stulpelio konkrečių pseudocounts PSI-BLAST.
• Tai refactors tinklelį paslaugų biblioteką.
• Ji priduria vieneto testas sistemą ir klaidos medienos ruoša visiems Failo API klases.
• Tai nustato pthread paramą IRIX. Jis gerina paramą XML Publikacija.
• Tai nustato paramą Sybase.
• Ji priduria paramą mažesniems peržvalgos lentelės mažų užklausomis.
• Ji priduria API gauti GENBANK krautuvų statistiką.
• Ji asorti kitų patobulinimų, speedups ir bugfixes.