goby

grundalas yra Python API skaityti dvejetainių duomenų failus sukurta naudojant Goby Next-Gen duomenų valdymo sistemą.
Paprastai šis katalogas yra dalis visiškai Goby paketą, galima iš:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
Pilnas paketas apima Java kodą. Jei atsisiuntėte šį paketą iš PyPI ar kitu Python konkrečių šaltinio, kad gavote tik Python dalį kodą.
kūrimas Įspėjimas
Į Goby Python bibliotekų nėra taip subrendęs kaip Java įgyvendinimo. Tai gali būti daugiau Buggy ir nėra skirtas pateikti pilną funkcijų, kurios yra rasti Java versiją.
Įrengimas:
& Nbsp; 1. Įsitikinkite, kad turite Python 2.5 arba naujesnė. Jeigu abejojate, paleisti:
python -V
& Nbsp; 2. Atsisiųsti ir įdiegti sąlyga python paketus:
& Nbsp; 1. Protokolas buferiai
& Nbsp; Turimas nuo http://code.google.com/p/protobuf/ arba PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - Python pakaitalas java.util.Properties
& Nbsp; Turimas nuo http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Įdiekite Goby paketą:
python setup.py įdiegti
& Nbsp; Šis žingsnis gali reikalauti administratoriaus privilegijų.
Naudojimas:
Pavyzdys scenarijai yra sąlyga, kad parodyti, kaip patekti į Goby failų turinį Python.
& Nbsp; * Štai kaip nuskaityti Goby lygiavimo failą:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py BaseName
(Failus basename.entries ir basename.header turi išeiti.)
& Nbsp; * šalia komanda išspausdinti lygiavimo failą kaip teksto turinys:
GobyAlignmentToText.py BaseName
& Nbsp; * šalia komanda bus konvertuoti kompaktiškas skaito failą Fasta formatu:
GobyCompactToFasta.py file.compact-skaito
& Nbsp; * šalia komanda spausdinti statistinius duomenis apie kompaktiškas turinį skaito failą:
GobyReadsStats.py file.compact-skaito

Reikalavimai :

• Python