DendroPy

Tai suteikia klases ir funkcijas darbui su filogenetinio duomenų, pavyzdžiui, medžių ir charakterio matricų.
Ji taip pat palaiko skaitymą ir rašymą duomenų iš standartinių filogenetinio duomenų formatų, pavyzdžiui, NEXUS, NeXML, phylip, NEWICK, FASTA tt diapazone ..
Be to, scenarijus atlikti keletą naudingų Filogenetinis skaičiavimai yra platinami kaip bibliotekoje, pavyzdžiui, SumTrees, kuri apibendrinama įskilimų ar dangalus pateiktų pagal užpakalinės mėginio Filogenetinių medžių paramą.
Yra išplėstas dokumentus ir pamoka failus atsisiųsti paketą

Kas naujo , šioje laidoje.

• Nauja infrastruktūra metaduomenų komentarai:. AnnotationSet ir Anotacija
• Pilnas palaikymas NeXML 0,9 metaduomenų apdorojant ir raštu.
• get_from_url () ir read_from_url () metodai dabar leidžia skaityti Filogenetinių duomenimis URL.
• patalpintas GBIF sąveika modulis (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Kas naujo 3.12.2 versija:

• Nauja infrastruktūra metaduomenų komentarai: AnnotationSet ir Anotacija.
• Pilnas palaikymas NeXML 0,9 metaduomenų apdorojant ir raštu.
• get_from_url () ir read_from_url () metodai dabar leidžia skaityti Filogenetinių duomenimis URL.
• patalpintas GBIF sąveika modulis (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Kas naujo versijos 3.11.0:

• Nauja programa scenarijų sąryšis filialų etiketes iš visos daug įvesties medžiai. sumlabels.py
• Nauja sąveikos klasės dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. įvynioti už Eil generolas integruota į biblioteką
• Nauja sąveikos funkcija dendropy.interop.muscle.muscle_align (). įvynioti raumenų derinimą;
• Nauja sąveikos klasės dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner:. įvynioti už RAxML
• prune_taxa () metodas įtraukta į CharacterMatrix.
• Matematika moduliai persikėlė į savo subpackage:. dendropy.mathlib
• Nauja modulis matricos ir vektoriaus skaičiavimo. dendropy.mathlib.linearalg
• Nauja modulis statistinės nuotolinio skaičiavimo. dendropy.mathlib.distance
• Šeima Mahalanobio Atstumų skaičiuoklė funkcijų dendropy.mathlib.distance. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobio, mahalanobis_1d

Kas naujo versijos 3.9.0:

• Naujos funkcijos: "
• Filogenetiniai nepriklausomi kontrastai (IPS) analizė dabar gali būti atliekamas naudojant dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts klasę.
• Supaprastinta esančius coalescent (genų medis rūšies medis) modeliavimas.
• Pokyčiai: "
• Raktažodžių argumentai as_string (), write_to_path (), write_to_file ir tt metodai buvo nežymiai, norint tapti labiau nuoseklus NEXUS ir Newick formatus. Ankstesnės Raktažodžiai vis dar palaiko, bet bus pasmerkta. Naujas rinkinys remiamų vardinius argumentus gali būti vertinamas atsižvelgiant į: ref: NEXUS ir Newick raštu pritaikymas & # x3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; skyrius.
• NEXUS ir Newick formatus dabar pagal nutylėjimą didžiųjų ir mažųjų raidžių taksono etiketes; nurodyti case_insensitive_taxon_labels = false už teismų jautrumą.
• pataisymai: "
• Skaitymas darbo pasidalijimo pobūdžio matricos nebėra sukelia tokia blokas yra praleista (NEXUS).
• Caught OverflowError apskaičiuojant suvestinius statistinius duomenis.

Kas naujo versijos 3.8.0:

• Medžių objektus, dabar gali būti rerooted ne viduryje (žr Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Komentarai (ty, atributus medis, mazgas arba EDGE objektų, kurie turėjo & quot; komentuoti () & quot; paragino juos) dabar gali būti parašytas kaip metaduomenų komentarus (& quot; [diegimo srityje = vertė] & quot;) rašant NEXUS / NEWICK formatas Jei raktinis žodis argumentas annotations_as_comments naudojamas.
• Kai svarstymas NEXUS / NEWICK formato medžiai, nurodant extract_comment_metadata = true lems metaduomenų komentarus traukiamas į žodyną, su klavišai yra fieldnames ir vertybes yra lauko reikšmes.
• Skaitant Nexus formato duomenis, nustato blokai bus tvarkomi ir simbolių rinkinių apdoroti į atitinkamą CharacterDataMatrix.
• Simbolių rinkiniai (kaip, pavyzdžiui, apdoroti iš NEXUS rinkiniai blokai: žiūrėkite aukščiau) gali būti eksportuojami kaip nauji CharacterDataMatrix objektų ir būti išgelbėtas / manipuliuojama / etc. independentally.
• Kai raštu Nexus arba NEWICK formatais, write_item_comments raktažodis argumentas (Tiesa ar klaidinga) gali kontroliuoti, ar pratęstas komentarai, susiję su mazgais ant medžių bus parašyta, ar ne.
• TopologyCounter klasė įtraukta į dendropy.treesum:. leidžia sekti topologijos dažniai
• treesplits.tree_from_splits () leidžia Pastatyta (topologija-ONLY) medžių iš skyla rinkinys.
• Dažniausiai funkcija, kuri naudojama būti "dendropy.treemanip" jau migravo kaip gimtoji metodų dendropy.Tree klasėje. "Dendropy.treemanip" bus pasmerkta.
• Medžiai dabar gali būti genėti remiantis taksonų etikečių sąrašo pašalinti arba laikyti (anksčiau metodai būtų priimti tik sąrašus taksono objektų).

Kas naujo versijos 3.7.1:

• Naujos funkcijos: "
• įgyvendinimas "generalinis atrankos metodą" (Hartmanas et al 2010:... Mėginių ėmimo Medžiai iš evoliucinių modelių; Syst Biol 49, 465-476). metodas imituoti medžius iš gimimo mirties modelio
• Pokyčiai: "
• Teisingi / nuoseklūs pavadinimai kai kurių tikimybių funkcijų.
• pataisymai: "
• Bug tvirtinant perrašymui išėjimo failą naudojant SumTrees "-e" / "- Split-kraštai". parinkties
• Senovės ir pražilęs pusiau fosilija nuoroda į "taxa_block" pataisyti "taxon_set".

Kas naujo versijos 3.7.0.

• migravo į BSD stiliaus licencijos "

Kas naujo versijos 3.6.1:

• SumTrees dabar dirba (iš serijos) esant vyresnio amžiaus Python versijos (ty & # x3c; 2.6).
• Išspręsti suderinamumo su Python 2.4.x.

Kas naujo versijos 3.5.0:

• Pridėta ladderize () metodą, užsisakyti mazgai didėjančia tvarka (pagal nutylėjimą) arba mažėjančia tvarka (ladderize (dešinėje = ​​true)) tvarka.
• patalpintas & quot; žvėris-summary medis & quot; Schema specifikacija apdoroti Beast komentuojami konsensuso medžius.
• pridėjo naują modulį bendrauja su NCBI duomenų bazėse. dendropy.interop.ncbi

Kas naujo versijos 3.4:..

• Siejama ez_setup.py atnaujintas iki naujausios versijos

Reikalavimai :

• Python 2,4-3,0