CodonW

CodonW yra programa, sukurta siekiant supaprastinti Dispersinės analizės (korespondencija analizė) iš kodono ir aminorūgščių naudojimas. Ji taip pat apskaičiuoja standartinių indeksus kodonus. Ji turi tiek meniu ir komandų eilutės sąsajos.
CodonW projektas buvo parašyta John Peden Pauliaus Sharp, departamento genetikos, Notingemo universitetas laboratorijoje. Jonas dirba žmogaus genetikos ir šiuo metu naudojamas kaip ProCardis bazės valdytojui bent į Oksfordo universiteto WTCHG.
Štai keletas pagrindinių ypatybių "CodonW":
· ANSI reikalavimus atitinkantį C
· Meniu varoma
· Platus skaičius komandų eilutės parinktis
· Genetinis kodas nepriklausoma
· Nėra jokių ribų
1. sekų skaičių
2. seka ilgis
· Apskaičiuoja kodonus indeksai
1. KSI: kodonu pritaikymas puslapis
2. Fop: Dažnis optimalių kodonais
3. Nc: Efektyvus skaičius kodonais
4. CBI: kodonu Paklaida puslapis
· Apskaičiuoja aminorūgščių indeksai
1. Gravy rezultatas
2. aromatiškumas
· Apskaičiuoja korespondencija analizė
1. kodonus
2. RSCU (santykinis sinonimas kodonus)
3. amino rūgščių naudojimas
· Susirašinėjimas analizė
1. galima įtraukti / pašalinti kodonai / amino rūgštys
2. gali generuoti išsamias ataskaitas apie tendencijas
3. bandoma nustatyti optimalius kodonai automatiškai
4. gali leisti papildomų duomenų rinkinius būti pridėta
5. Įrašai jokios tendencijos skaičių
· Apskaičiuoja genų parametrus
1. Genų ilgis
2. GC GC3s ir kodono pozicija specifinis G + C
3. Kompozicija dinukleotidą (visų trijų kodono rėmų)
4. amino rūgščių naudojimas
5. Santykinis amino rūgščių naudojimas
6. kodonus
7. Santykinis sinonimas kodonus
· Ar konceptualiai verčia sekas su baltymais
· Reformatų sekos duomenis
· Žmogaus arba mašininiam nuskaitymui produkcija
· Ar Jungiant genus (tuo pat metu išsaugant skaitymo rėmelio) apskaičiuoti
1. Bendras kodonus
2. GC turinys
3. dinukleotidą sudėtis
· Generuoja lenteles kodono, amino rūgštimi, arba RSCU naudojimas
· Netgi gali padėti jums sužinoti, genetinio kodo.
· Ir daugiau