STEME

STEME projektas pradėjo savo gyvavimą kaip į Laukimas-Didžiausios algoritmo modelio naudojami motyvas rodyklės, pavyzdžiui, meme, suderinimo.
STEME & rsquo; s EM derinimas eina eile greičiau nei tvarka, kad meme įgyvendinimą tipinių parametrų nustatymus. STEME dabar išaugo į visavertę motyvas ieškiklis savo teisę.
Kodėl verta naudotis STEME?
Įrodytas motyvas radimo būdai
STEME remiasi išbandyta ir patikrinta meme algoritmas. Même yra vienas brandžiausių ir populiariausių motyvas rodyklės. Tai buvo vienas iš geriausių atlikėjų Tompa et al & rsquo;. S etalonas palyginimas motyvas rodyklės.
Skirtas didelių duomenų rinkinių
STEME yra skirtas būti naudojamas ant didelių duomenų rinkinių paprastai generuoja modernias biologines eksperimentų tipo. STEME buvo išbandyta ant įėjimo į megabases dešimtis, tačiau nėra jokios priežasties, kodėl ji negali būti naudojama didesnių duomenų rinkinių.
Greitai
STEME greitai. Paprastai motyvas tolimačiai turi runtime, kad auga greitai su įėjimo dydžio. Atsižvelgdami į tai, STEME ir tiksliai apskaičiuoti naudojimo priesaga medžių jis neturi kentėti šią problemą. STEME suteikia galimybes kontroliuoti runtime, kad vartotojas kontroliuoja, kaip ilgai jie pasirengę laukti rezultatų.
Lankstūs motyvas modeliai
Daugelis motyvas rodyklės (ypač greitas išvardijamoji motyvas tolimačiai) naudoti konsensuso sekos kaip modelių jungimosi vietų. Tai nėra tokia lanksti kaip PWMs kad STEME naudojimo ir negali užfiksuoti tą patį spektrą motyvais kaip PWMs.
Lengva naudoti
STEME gamina išvestį meme aptarsime; s nusistovėjusi formatas todėl lengva naudoti tolesniems įrankiai. STEME & rsquo; s produkcija buvo išbandyta su įrankiais nuo meme, biopython ir bioperl.
Tikslus reikšmė skaičiavimai
STEME & rsquo; s reikšmė skaičiavimai yra skirtos didelių duomenų rinkinių galvoje. Motyvas tolimačiai, kad nebuvo parašyta didelių duomenų rinkinių dažnai gali blogai apsiskaičiuoti iš motyvų jie rasti reikšmę. Tai ypač klastingas problema ir sunkiai vartotojui identifikuoti.
Turimas kaip tinklo tarnybos funkcija
STEME galima montuoti vietoje jūsų kompiuteryje arba gali būti paleisti per mūsų serveriuose internete.
Pakuotės Dokumentacija

Reikalavimai :

• Python