tapir

"tapyras yra Python įrankis, kuris yra programos apskaičiuoti ir nubraižyti filogenetinė informatyvumą didelėms duomenų bazėms.
Cituodamas tapyras "
Naudodami tapyras, prašome pacituoti:
- Faircloth BC Chang J Alfaro mane: tapyras leidžia didelio našumo analizę filogenetycznej informatyvumo.
- Townsend "JP: Profiliavimo filogenetinė informatyvumą. Sisteminis Biol. 2007, 56: 222-231.
- Tvenkinys SLK, šalčio SDW, "Muse" SV: HYPHY: hipotezių tikrinimas, naudojant filogeneze. Bioinformatika 2005, 21: 676-679.
Diegimas
Šiuo metu, pats lengviausias būdas įdiegti programą yra:
Git Git klonas: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / kelias / iki / tapyras
Norėdami paleisti bandymus:
CD / kelias / iki / tapyras /
pitonas testas / test_townsend_code.py
Naudoti
Estimate_p_i.py kodas ragina partijos failą HYPHY kuri yra templates /. Šis failas turi būti toje pačioje padėtyje, palyginti su kur jūs įtraukėte estimate_p_i.py. Jei įdiegsite plonina, kaip nurodyta pirmiau, jums bus gerai, kol kas nėra.
Bėgti:
CD / kelias / iki / tapyras /
pitonas tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - produkcijos Output_Directory
& Nbsp; - epochos = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - kartų = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
--multiprocessing yra neprivalomas, be to, kiekvienas lokusas bus paleisti iš eilės.
Jei jau paleisti aukščiau ir išsaugotus rezultatus į savo išvesties aplanką (žiūrėti žemiau), galite naudoti jau esamus svetainė dydžio įrašus, o ne vertinant tie vėl su:
pitonas tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - produkcijos Output_Directory
& Nbsp; - epochos = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - kartų = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
& Nbsp; - svetainė-kursai
Rezultatai
tapyras rašo rezultatus SQLite duomenų išvesties katalogą jūsų nuožiūra. Šiame kataloge taip pat turi svetainę norma failus JSON formatu kiekvienam ėjo per tapir_compute.py lokuso.
Jūs galite patekti į rezultatus bazės taip. Daugiau pavyzdžių, įskaitant braižymo ieškokite dokumentacijoje
- Alkūninius SQLite:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / Filogenetinė-informativeness.sqlite
- Gauti sudėtinė duomenis, skirtus visoms epochų:
& Nbsp; pasirinkite lokusas, atkarpa, Pi iš lokusų, intervalas, kur loci.id = interval.id
- Gauti sudėtinė duomenis konkrečiam epochos:
& Nbsp; pasirinkite lokusas, atkarpa, Pi iš lokusų, intervalas
& Nbsp; kur intervalas = '95 -105 "ir loci.id = interval.id;
- Gauti loci turintys max (PI), esant skirtingoms epochoms skaičius:
& Nbsp; sukurti laikiną lentelę maks kaip pasirinkite id, daugiausiai (PI), kaip max iš intervalo grupės pagal ID;
& Nbsp; sukurti laikiną lentelę t, kaip pasirinkite interval.id, intervalas, maks iš intervalo, Max
& Nbsp; kur interval.pi = max.max;
& Nbsp; pasirinkti intervalą, skaičiuoti (*) nuo t grupės intervalu;
"Padėka"
Dėkojame Francesc López-Giraldez ir Jeffrey Townsend teikti mums savo interneto paraiškos kodo kopiją. . BCF dėka S Hubbell ir P Gowaty

Reikalavimai

• Python,
• scipy
• NumPy
• DendroPy
• hyphy2 (atsisiųskite ar statyti vieną sriegių hyphy2)