GAMGI

"GAMGI" yra atvirojo kodo ir visiškai nemokama programinė įranga, sukurta iš žemės, skirta atominių struktūrų kūrimui ir analizavimui. Tai paprasta, švari, paprasta naudoti ir galinga grafinė vartotojo sąsaja.

Programa palaiko platų atominių struktūrų, tokių kaip kristalai, molekulės, skysčiai ir akiniai. Ji taip pat palaiko 230 kristalografinių erdvių grupes ir gali būti naudojama 3D Voronoi analizei ir taškų simetrijai atlikti.

"GAMGI" palaiko daugelį objektų tipų, įskaitant tekstą, orbitą, obligaciją, atomą, kryptį, plokštumą, grupę, molekulę, grupę, ląstelę, rodyklę, formą, diagramą, asamblėją, šviesą, sluoksnį ir langą. Be to, programa suteikia maksimalią žemo lygio objektų, kaip atomų, kontrolę.

Tarp kitų ypatybių galime paminėti ir sugebėjimą kurti RCP (Random Close Packing) struktūras, kristalai bet kuriai kosminės simetrijos grupei, taip pat koordinuoti daugiasluoksnes ir Voronoi atsitiktinėms struktūroms. Jis taip pat gali nustatyti bet kurią simetrijos taško grupę.

Pateikiami išsamūs dokumentai

Dar viena įdomi funkcija yra galimybė atlikti veiksmus objektų sąraše arba viename anksčiau pažymėtame objekte. Jame pateikiami išsamūs dokumentai ir atominiai duomenys, įskaitant izotopinius duomenis ir joninį spindulį. Be to, programinė įranga gali manipuliuoti dideliu kiekiu nepriklausomų langų, žiburių, įskaitant vietoje, krypties ir pozicijos, sluoksnius su įvairiomis matomybėmis, referenciniais vaizdais, peržiūros arba projekcijomis, taip pat 3D teksto šriftus, kuriuos galima suklijuoti arba ekstruzuoti.

"GAMGI" taikymas taip pat gali būti naudojamas mokyklose ir universitetuose, siekiant mokyti materijos atominę struktūrą. Tai yra puikus įrankis mokslininkams, dirbantiems atomizuoto modeliavimo srityje, taip pat tiems, kuriems reikia atviro kodo, norint studijuoti atomines struktūras ir paruošti vaizdus jų pristatymams.

Kas naujo? šiame leidime:

• Atnaujinta Pagalba & gt; Konfigūracijos failai objektams Light ir Atom.
• Sintezuotos gamgi-g ir gamgi-x medžiai.
• Atnaujinta gamgi_expat_import_object: importuojant ląstelės objektų duomenis į XML rinkmenas su naujomis konfigūravimo taisyklėmis turėtų būti gerai.
• Atnaujinta gamgi_expat_export_object: šiuo metu gerai veikia lustų objektų duomenų perdavimas XML rinkmenoms su naujomis konfigūracijos taisyklėmis.
• "Cell->"> "Create and Cell-"> "Modify", kai pakeičiami modeliai, "Kolekcijos vektoriai ir ašies" vektoriai automatiškai atnaujinami pagal nutylėjimą (įprastiniai arba primityvūs).
• Pakeistos ląstelės-> ribos = FALSE pagal ląstelių ribas = GAMGI_PHYS_NONE varikliu, gtk, expat ir mesa kodu.
• Atnaujinta gamgi_expat_export_config: dabar eksportuojamų "Cell config" duomenų į XML rinkmenas veikia gerai
• Atnaujinta gamgi_expat_import_config: šiuo metu gerai veikia "Cell" konfigūracijos duomenų importas iš XML failų
• Patobulintas dialogo langas Cell-> Config, kad būtų galima tvarkyti numatytasis modelio, sienų, veidų ir mazgų vertes.
• Redesigned Object-> konfigūravimo dialogai: dabar konfigūracijos duomenys yra atskirti numatytuosiuose duomenyse (puslapiuose su tais pačiais pavadinimais kaip ir Object-> kurti dialogus) ir globalius duomenis (taikomi visiems objektams, seniems ir naujas), "Global" (paskutinis) "notebook" puslapis. Susiję dialogai: Atom- & gt; Konfigūravimas, "Cell-" & gt; Konfigūravimas, "Light-" & gt; konfigūracija.
• Įdiegtas "Cell-> konfigūracijos dialogas ir infra-struktūra. Dabar ląstelių sienos linijų, mazgų taškų ir vektorių ašių dydis dabar gali būti nustatytas visoms visoms GAMGI ląstelėms, kurios yra labai reikalingos. Buvo nustatytos numatytosios ląstelių spalvų ir ašių naudojimo vertės.
• Ištaisyta problema gamgi_gtk_bond_create: spalva, nustatyta static_init, ignoravo ankstesnius konfigūracijos duomenis.
• Ištaisyta problema gamgi_mesa_draw_pick ir gamgi_mesa_draw_grab: ląstelių perdavimo taško plotis buvo nustatytas ties linijos pločiu, o ne taško pločiu.

Kas naujo versijoje:

• Ištaisyta tik pristatyta klaida: mes negalime pašalinti GDK vaizdo po pašalinimo konteksto GL. Tiesiog pašalinote šį kodą. Matyt, GTK tai daro, kai valdiklis yra sunaikintas.
• Pagerintas gamgi_gtk_area.c, naudojamas "GAMGI" X versijoje, kuri pakeičia GTKGLExt biblioteką pagal mūsų "GLX" pagrįstą kodą. Javieras Cabezas šį kodą perkėlė į GTK 3 ir dirba puikiai! Atgal įkelti pakeitimai, todėl skirtumai tarp GTK 2 ir GTK 3 kodo yra visiškai minimalūs.
• Negalime naudoti r, g, b spalvų dėl a, b, c elementų ašių.
• Pagerintas ašies išdėstymas Orbital-> Sukurti ir orbitalas-> Modifikuoti dialogus.
• Pakeistas etiketės modelis pagal taikymo sritį Orbital- & gt; Sukurti ir orbitalas & gt; atitinkamai keisti ir pakeisti žinyno sąsają.
• Patikrinę visus pagalbos formato dokumentų puslapius.
• Atnaujinta grupių formatų pagalbos dokumentacija.
• cluster-> dažų masyvai nebėra nutraukiami nuliui
• Synced gamgi ir gamgi_exp filialai.
• XML rinkmenose, grupės elementuose, atributo tipas pakeistas nuoroda.
• Atnaujinta lėktuvo ir krypties formato pagalbos dokumentacija.
• Atnaujinta grupės sąsajų ir formatų pagalbos dokumentacija.
• Atnaujintas ES prekės ženklas GAMGI iki 2024 m.
• GPL v3 atnaujino šaltinio kodą ir dokumentacijos licenciją.
• Pradėjus naudoti sha256sum kontrolinės sumos visus paskirstymo failus.
• Atnaujinta "gamgi.org" domeno vardo registracija iki 2020 m.

Kas naujo versijoje 0.17:

• Ištaisyta failo makefile (pristatytas gamg0.15.6) skyriuje GAMGI, kuriai nereikia bibliotekos GtkGlExt: "make_rules" turi "gtkglext" priklausomybes, kurios ten neturėtų būti.
• Lėktuvai, dabar gali būti išdėstytos kryptys projekcijos tinkle: Wulff ir Schmidt.
• Sinchronizuotas kodas, dokumentai ir duomenų failai tarp "gamgi" ir "gamgi_exp" platinimo medžių.
• Patikrinti duomenų / orbitos XML failai atnaujinti orbitinių ašių atributus.
• Patikrinti visi duomenų / XML failai, norėdami pakeisti atributo tipą etikete, atomo elementuose.
• Patikrinti visi duomenų / XML failai, norėdami pakeisti atributo tipą pagal modelį, plokštumoje, kryptimi, elementų elementus.
• Siekiant nuoseklumo visuotinai pakeisti pavadinimo projekcija tinkle kryptimi ir plokštumos kodu bei XML elementais.
• Siekiant nuoseklumo visame pasaulyje pakeičiamas pavadinimo tipas pagal modelį ląstelių, plokštumos, krypties kodo ir XML elementų.
• pakeistas etiketės tipas į modelį, esantis langelyje "Sukurti ir atrakinti".
• pakeista etiketė Bond- & gt; Sukurti
• Atnaujintas Help-> formato dokumentai, skirti "XML" plokštumos ir krypties objektams.
• Atnaujinta Pagalbos & gt; Sąsajų dokumentacija tipui ir projekcijai Plane-> Sukurti, Plane-> Modifikuoti, Kryptys- & gt; Sukurti, Kryptys- & gt; Modifikuoti.
• Debye-Wallerio atominė temperatūra dabar gali būti tik tarp 0,0 (mėlyna) ir 100,0 (raudona), kaip įprasta šioje analizėje.
• Atnaujinta Sąsajų ir formatų dokumentacija Bondo objektams.
• Ištaisyta numatytoji Debye-Wallerio atominė temperatūra: nauja reikšmė yra 0,0, atitinkanti atomai su gerai žinoma pozicija.
• "Atom" ir "Cell" objektų atnaujintų formatų dokumentai.
• Pagalba & gt; Dabartinė ir pagalba- & gt; Tema dabar gali skaityti Orbital-> modifikavimo dokumentaciją.
• Sukūrė Orbital-> modifikuoti dokumentaciją.
• "Orbital- & gt; Sukurti" atnaujintą dokumentaciją.
• Orbitalinės ašys dabar tvarkomos žymiai paprastesniu būdu Orbital-> Sukurti, Orbital-> Pakeisti ir XML vietinius failus.
• "Orbital" & gt; Pasirinkimas dabar puikiai tinka visoms parinktims, įskaitant daugybę savybių, kurias galima naudoti norint pasirinkti orbitialus.
• Šiek tiek supaprastintos funkcijos gamgi_gtk_select _ * .c.
• Ištaisytos dvi klaidos H orbitalinių kodų versijoje, pristatytos GAMGI 0.16.6: 1) terminai rho ** L (iš daugiažiedžių Laguerre) ir 1 / r ** L (iš funkcijų Legendre) atšaukia vienas kitą , be to, kad trūksta konstantos. 2) numatytojo spindulio skaičiavimui trūko "rho ** L" termino.
• Lėktuvų sąrašai dabar gali būti atrenkami pagal modelį: daugiakampis, polius, pėdsakas, vektorius.
• Vadovavimo sąrašai dabar gali būti atrenkami pagal modelį: eilutė, parašas, pėdsakas.

Kas naujo versijoje 0.16.8:

• Stereografinėse prognozėse šiek tiek padidėjo z-aukštis polių bitmape (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP), todėl jie visada rodomi virš pėdsakų. Tai pašalina regimąjį gedimą, o taip pat leidžia žymiai lengviau pasirinkti polius su pėdsakais, nes dabar spalvos yra aiškiai atskirtos.
• Sinchronizuotos gamgi ir gamgi_exp kodo šakos.
• Atnaujinta static_press skiltyje Plane-> Modify and Direcyion-> Modify, todėl objekto pavadinimas nebus perrašytas automatiniu vardų nustatymu.
• Automatinis pavadinimo pakeitimas Plane-> Modify and Direction-> Modify veikia dabar puikiai, kristalografinės plokštumos, dirección.
• Rada ir pašalino klaidą Plane-> Sukurti ir nukreipti-> Sukurti: kai kuriais atvejais vartotojo nurodytas objekto pavadinimas buvo ignoruojamas.
• Rasta ir pašalinta rimta klaida Plane- & gt; Sukurti ir nukreipti - & gt; Sukurti: sukūrus lėktuvus / kryptys naudojant anksčiau sukurtus sąrašus antrojo lygio dialogo sąraše, jie nebuvo tinkamai iš naujo nustatyti. Kai kuriais atvejais tai gali sugadinti "GAMGI".
• Rasta ir pašalinta klaida Plane- & gt; Sukurti ir nukreipti-> Sukurti: ašigalį ir pėdsaką nebuvo sukurta vienu metu, jei reikia, tik po vieną kiekvieną kartą.
• Orbital-> Pasirinkite dabar veikia. Orbitalų sąrašai gali būti nukopijuoti, susieti, pasirinkti, pakeisti, pašalinti, kaip ir kitiems objektams.
• Sinchronizuotos gamgi ir gamgi_exp kodo šakos.
• "Fiksuoto elemento" & gt; nuoroda: jis (vėl) veikia "Cells" sąraše, "Object" (virš ir žemiau), "Crystal" ir "Random" režimais.
• Nustatyta ir pašalinta paprasta, bet rimta klaida: kai buvo atidaryti keli langai ir objektų sąrašas buvo aktyvus ir pasirinktas kaip dabartinis objektas, "Reset" (bet ne "Exit") gali sugadinti "Gamgi".
• Cell-> Link Random (RCP) neveikia: pakeista senesniu kodu. "Cell-> Link" reikalauja daugiau darbo.
• Dar kartą sukomponuokite -O3 vėliavą.
• Ištaisyta rimta klaida visuose Objekto-> Pasirinkimo dialoguose metodo srityje. Kai mėginio ėmimo stačiakampis nebuvo visiškai grafinio ploto viduje, kai kurios atrinktos spalvos būtų neapibrėžtos ir GAMGI nutrūko, kai paspaudžiate "Gerai". Avarijos buvo aptikta jau seniai, tačiau priežastis iki šiol nebuvo aiški.

Kas naujo versijoje 0.16.7:

• Sinchronizuoti gamgi / dat ir gamgi_exp / dat duomenų medžiai.
• Sinchronizuoti gamgi / doc ir gamgi_exp / doc dokumentacijos medžiai.
• Sinchronizuoti gamgi / src ir gamgi_exp / src kodai.
• Ištaisyta daugiau "GUI" trikčių Orbital-> modifikuoti.
• Ištaisyta orbitinė-> Modify abrash: orbita-> taškai turi būti atstatyti iki 0.
• "www.gamgi.org" ir "ftp.gamgi.org" dabar teikiamos iš VM, įsikūrusio Lisboa universiteto IT centre. Tikimės, kad tai reiškia patikimesnius ryšius ir mažiau laiko.
• Automatinis pavadinimo keitimas Orbital-> modifikuojant veikia gerai.
• Automatinis pavadinimo pakeitimas "Atom" modelyje šiuo metu gerai veikia.
• Pakeistas automatinis pavadinimas keičiamas "Atom" modelyje.
• Įgyvendintas automatinis pavadinimo pakeitimas Orbital-> modifikuoti.
• Orbita-> Modifikacija dabar veikia vieniems orbitoliams. Orbitašų sąrašai turėtų būti atliekami kitame leidime.
• Vertimas, rotacija dabar puikiai veikia "Orbital" modifikavimui.
• static_apply for Orbital-> modifikuoti daugiausia.
• Užbaigiamas static_grab "Orbital-> modifikuoti.
• Pridėjo static_ok_global ir static_ok_local į Orbital-> modifikuoti.
• Pabaigė static_press Orbital-> modifikuoti.
• "Orbital-> modifikavimo GUI elgesys yra beveik baigtas.
• Pradėjo dirbti su Orbita-> Modifikuoti ir Orbita-> pasirinkite.
• Atnaujinta gamgi_mesa_pick.c ir gamgi_mesa_grab.c, kad būtų atsižvelgta į tvirtus orbitinių formų vaizdus.
• Ištaisyta truputį klaidų, esančių orbitalinėse ašyse mesos piešimo kodo.
• "Laguerre" polinomai turi faktorių r ** L (L = kampinis kvantinis skaičius), kuris tiksliai atšaukia funkciją 1 / r ** L iš Legendre funkcijų, todėl M orbitų matematiniai aprašymai tampa daug paprastesni! Dėkojame Jose Luis Martins už tai, kad atkreipė mane į tai! Dėl tokio mažo tikimybinio tankio (1E-6) skaitiniai klausimai yra tokie jautrūs, kad po šio supaprastinimo orbitos vaizdinės atvaizdavimai šiek tiek skiriasi net ir L = 1.

Kas naujo versijoje 0.16.6:

• Sinchronizuotos gamgi / dat ir gamgi_exp / dat šaltinio kodo medžiai.
• Sinchronizuotos "gamgi / src" ir "gamgi_exp / src" šaltinio kodo medžiai.
• Pridėjo ekrano kopijų, rodančių naujus orbitinių vaizdų vaizdus.
• Nedidelis teta, phi tikslumas, nustatant orbitos numatytąjį mėginių ėmimo spindulį: išbandytas prieš (6,5, -5) orbitą (6hy5).
• Debuginis kodas, skirtas signalų interpoliacijai atlikti kietose orbitacijose. Dabar gerai veikia! Tai tikrai buvo paskutinė kliūtis pasaulinio lygio orbitų atstovybei GAMGI! Ekrano kopijų laikas! Ateityje mes stengiamės sumažinti viršūnių, normalių ir trikampių skaičių, ir galėtume įdiegti "Gorauld" užuostį, tačiau nė vienas iš jų nepakeis mūsų dabartinio modelio mokslinės ir vizualinės galimybės. Uosto šventė!
• Įdiegtas metodas signalų interpoliacijai atlikti kietose orbitacijose, siekiant išspręsti ankstesnio signalo keitimo nepakankamumo problemą.
• Išvalytas kodas gamgi_chem_orbital.c ir gamgi_chem_orbital.h.
• Ištaisyta klaida: orbitos tikimybės tankis nebuvo tinkamai eksportuotas į XML failus.
• Orbitalinės ašys dabar yra paprasčiau naudoti ir turi daugiau galimybių.
• Dabar signalo kodas veikia: 3D orbitalai atrodo tikrai fantastiški, tačiau signalo kodas turi būti ištobulintas, nes dėl interpoliacijos trūksta per daug vaizdo garsų, kai signalas pasikeičia.
• Nustatytas kodas, norint pakeisti teigiamus ir neigiamus trikampius.
• Ištaisyta signalo interpoliacijos kodas "static_edge".
• Išspręsta interpoliacijos problema, susijusi su orbitaliniu isosurface svogūnų efektu: jėgos frakcija į [0,1] diapazoną.
• Fiksuota orbitinio kieto kūno krašto orientacija: tai reikalinga tiksliam interpoliavimui.
• Ištaisyta skaitmeninė netechninė vertė: tik klaida padalijant kubus (kaip 3D šachmatų lentoje). Dabar puikiai atrodo!
• Atspaudžiant kietąjį orbitinį 3D kodą, matyt, jis puikiai veikia, vis tiek su kai kuriais skaitmeniniais netikslumais.

Kas naujo versijoje 0.16.5:

• Orbitaliniai objektai dabar gali būti eksportuojami, importuojami į GAMGI vietiniai XML failai. Pakeitė rekursyvų static_outside įprastą pagal kilpą ir kamino versiją, tokiu būdu pašalindamas kritinį "butelio kakliuką" kietajame orbitiniame kode. Fiksuotos "GT" kodo nutekėjimai, sintaksės klaidos objektų pasirinkimu pagal spalvas, įspėjimai dėl netinkamų kintamųjų ir kt.

Kas naujo versijoje 0.16.4:

• Sinchronizuotos "gamgi" ir "gamgi_exp" šaltinių šakos.
• Atnaujinta make_local, kad būtų įtraukti keliai: -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / include, -I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / include, used Ubuntu.
• Ištaisyta klaida naujame kieto orbitinio kodo pavyzdyje: r testo ilgis yra prasmingas laidiniame pateikime, bet ne kietajame!
• Naujasis rekursinis kodas dirba bitų masyvams, kurie blogiausiu atveju yra 160x160x160.
• Grįžtamasis kodas, skirtas išoriniams paviršiams rasti, kyla, kai bitų masyvai didesni nei 50x50x50. Ieškote alternatyva kilpui.
• Orbitačio kodas: bangų funkcijos interpoliacija norint sukurti trikampiu pagrįstą vaizdą veikia tikrai gerai.
• Trijūgis pagrįstas 2D kietas plokščių paviršių padengimas H pagrindu sudarytose orbitacijose dabar yra gerai išbandytas ir gerai veikia! Tai yra labai svarbu, norint sukurti šių orbitų vaizdą pagal "oktantą", kuriame vartotojai gali pasirinkti, kokius "oktanus" parodyti.
• Pridėjo naujus veidrodžius, http://atom.ist.utl.pt ir ftp://atom.ist.utl.pt, kad ateityje priimtų gamgi.org.
• Pridėjo puikios struktūros ir informacijos failus aukštos temperatūros beta-kvarco, beta-kristobalito ir beta-tryidimito.
• Įdiegė naują veidrodį: http://gamgi.ist.utl.pt/ arba http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
• Supaprastinta H-orbitalo oktantų parinktis laidiniame režime.
• Kiekvienam H orbitos oktantui parašė topologinį kodą, kuriame yra visi trikampiai, reikalingi apibūdinti išorinį 3D izosurface (tetra-kubelių algoritmą) ir vidines 2D octant ribas.
• Kiekvienam H orbitos oktantui parašytas ir išbandytas bitų masyvo kodas, reikalingas vidaus izofrūvių pašalinimui ir tik išoriniam.
• Supaprastintas dvejetainis kodinis kodas gamgi_chem_orbital.c.

Kas naujo versijoje 0.16.3:

• Pagerintas skaitomumas visuose Object-> kopijavimo dialoguose.
• Pridėta Orbital- & gt; Sukurti, Orbital-> Kopijuoti, Orbital-> Link ir Orbital- & gt; pašalinti. documentation.
• Atnaujinta pagalba- & gt; Dabartinė ir pagalba- & gt; Tema skirta Orbital-> Sukurti, orbitalas-> Kopijuoti, Orbitalas & gt; Nuoroda, Orbitalas & gt; Pašalinti.
• Synced gamgi ir gamgi_exp medžiai.
• Orbital-> Link dabar veikia gerai (orbitinių orlaivių sąrašai dar neįgyvendinti).
• Visuose "link_object.html" failuose ištaisyta triktis, dėl to GAMGI klaidos pranešimas, kai pagalbinė posistemė bandė atidaryti vieną iš šių failų.
• "Orbital" kopija dabar veikia gerai (orbitinių orlaivių sąrašai dar neįgyvendinti).
• Orbita-> pašalinti dabar veikia gerai (orbitinių orlaivių sąrašai dar neįgyvendinti).
• Pradėjo kurti dialogus Orbital-> Kopijuoti, Orbital-> Link ir Orbital- & gt; Pašalinti.
• "Octants" išdėstymas dialogo "Orbital- & gt;" kūryba dabar yra daug intuityvesnis.

Kas naujo versijoje 0.16.2:

• Synced gamgi / (su GtkGLExt) ir gamgi_exp / (su GLX) versijomis.
• Talpyklų tūrio filtravimas dabar puikiai veikia H orbitalams.
• Pabaigta ieškoti geriausių numatytųjų verčių H pagrįstiems orbitalams. Numatytasis tankis yra 1E-6, kuris reikalingas norint parodyti visus 6-ojo orbitėlių regionus. Taškai yra 50000 x n, tai yra pagrįstas kompromisas. Numatytasis spindulys apskaičiuojamas nuskaitymas nuo paskutinio didžiausio f2r2 radialinio tankio plius 2,0 minimalaus ilgio, kol didžiausias tankis (paieška pagal theta, phi) tampa mažesnis nei numatytasis tankis.
• Pagerintas, pertvarkytas Orbital-> Sukurti dialogą.
• "H" orbitantai dabar gerai veikia "Gamgi". Dabar žiūrėkite geriausias numatytas vertes.
• Pridėjo visą kodą, reikalingą "H" orbitų kūrimui ir redagavimui.
• Optimizuotas H orbitinis kodas greičiui.
• Visiems vandeniliu pagrįstiems orbitalams nuo n = 1 iki 6 apskaičiuotas radialinės polinomijos maksimumų atstumas.
• Visiems vandeniliu pagrįstiems orbitalams nuo n = 1 iki 6 apskaičiuotas radialinių polinomijos nulių atstumas.
• Dabar galima sukurti orbitinius objektus, mastelį (aplink dabartinį centrą), perkelti, pasukti, kaip bet kurį kitą "Gamgi" objektą.
• Užbaigė dialogą Orbital-> Sukurkite vandenilio pagrindu sudarytus orbitalius.
• Sukūrė grafinio variklio kodą, kad padėtume vandeniliu pagrįstus orbitinius elementus išdėstytame režime.
• Pridėta ir išbandyta s, p, d, f, g, h vandeniliu pagrįsti orbitalai, kai n = 6, x, y ir d koordinačių Drezdese.

Reikalavimai :

• GTK +