Programinė įranga Screenshot:
Programinė detalės:
Versija: 14.29.14 Atnaujintas
Įkėlimo datą: 22 Jun 18
Kūrėjas: Egon Willighagen and Michael Howard
Licencija: Nemokamai
Populiarumas: 211
Jmol yra atvirojo kodo, kryžminio platformos ir nemokama grafinė programinė įranga, kuri iš pradžių buvo sukurta veikti kaip molekulinė žiūrovas 3D cheminėms struktūroms. Jis veikia keturiais atskirais režimais: HTML5 žiniatinklio programa, "Java" programa, "Java" programėlė ir "be galvos" serverio komponentas.
Trumpa apžvalga
Pagrindinės funkcijos yra aukštos kokybės 3D vaizdavimo palaikymas, nereikalaujant aukščiausios klasės aparatūros, eksportuoja failus į JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ ir POV-Ray formatus, palaiko pagrindines vienetines ląsteles, palaiko "RasMol" ir "Chime" scenarijų kalbos, taip pat "JavaScript" biblioteka.
Be to, programinė įranga palaiko animacijas, paviršius, vibracijas, orbitalius, matavimus, simetrijos ir vienetinių elementų operacijas bei schemas.
Palaikomi failų formatai
Šiuo metu programa palaiko platų formatų rinkmenas, iš kurių mes galime paminėti MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMESS, Gausas, MM1GP, HIN HIN / ŽIV, MOLPRO ir MOPAC.
Taip pat palaikomi CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR ir JME. .
Palaiko visas pagrindines naršykles
Programinė įranga sėkmingai išbandyta visose pagrindinėse naršyklėse, įskaitant "Mozilla Firefox", "Google Chrome", "Internet Explorer", "Opera" ir "Safari". Pirmiau minėtos naršyklės programos buvo išbandytos visose pagrindinėse operacinėse sistemose (žr. Kitą skyrių, skirtą palaikymui OS).
Palaiko visas pagrindines operacines sistemas
"Java" programavimo kalba yra parašyta Jmol yra nepriklausoma platforma, skirta palaikyti visas GNU / Linux distribucijas, "Microsoft Windows" ir "Mac OS X" operacines sistemas bei bet kurią kitą operacinę sistemą, kurioje įdiegta "Java Runtime Environment".
Kas naujo šiame leidime:
- klaidų taisymas: Jmol SMILES neleidžia įterpti kodo paieškos - prideda & quot; ^ " už įterpimo kodą: [G # 129 ^ A. *]
- klaidų taisymas: Jmol SMILES neleidžia ieškoti įterpimo kodo
Kas naujo - priduria & quot; ^ & quot; už įterpimo kodą: [G # 129 ^ A. *]
- klaidų taisymas: Jmol SMILES neleidžia įterpti - kodo paieška - prideda & quot; ^ & quot; už įterpimo kodą: [G # 129 ^ A. *]
- klaidų taisymas: Jmol SMILES neleidžia įterpti kodo paieškos - prideda & quot; ^ & quot; už įterpimo kodą: [G # 129 ^ A. *]
- klaidų taisymas: Jmol SMILES neleidžia įterpti - kodo paieška - prideda & quot; ^ & quot; už įterpimo kodą: [G # 129 ^ A. *]
- klaidų taisymas: nepakeistas pridėtu vandeniliu
- klaidų taisymas: 14.3.3_2014.08.02 sulaužė mmCIF skaitytuvą
- klaidų taisymas: "BinaryDocument" ("Spartan" failas) skaitymas sulaužytas 14.1.12_2014.03.18.
- klaidų taisymas: nepakeistas pridėtu vandeniliu
- klaidų taisymas: 14.3.3_2014.08.02 sulaužė mmCIF skaitytuvą
- klaidų taisymas: "BinaryDocument" ("Spartan" failas) skaitymas sulaužytas 14.1.12_2014.03.18.
- klaidų taisymas: nepakeistas pridėtu vandeniliu
- klaidų taisymas: 14.3.3_2014.08.02 sulaužė mmCIF skaitytuvą
- klaidų taisymas: "BinaryDocument" ("Spartan" failas) skaitymas sulaužytas 14.1.12_2014.03.18.
- klaidų taisymas: anotacijos atomų rinkiniai nepakeisti dėl pridėtų vandenilio
- klaidų taisymas: 14.3.3_2014.08.02 sulaužė mmCIF skaitytuvą
- klaidų taisymas: "BinaryDocument" ("Spartan" failas) skaitymas sulaužytas 14.1.12_2014.03.18.
- klaidų taisymas: nepakeistas pridėtu vandeniliu
- klaidų taisymas: 14.3.3_2014.08.02 sulaužė mmCIF skaitytuvą
- klaidų taisymas: "BinaryDocument" ("Spartan" failas) skaitymas sulaužytas 14.1.12_2014.03.18.
- nepakeistas pridėtu vandeniliu
- klaidų taisymas: 14.3.3_2014.08.02 sulaužė mmCIF skaitytuvą
- klaidų taisymas: "BinaryDocument" ("Spartan" failas) skaitymas sulaužytas 14.1.12_2014.03.18.
- klaidų taisymas: nepakeistas pridėtu vandeniliu
- klaidų taisymas: 14.3.3_2014.08.02 sulaužė mmCIF skaitytuvą
- klaidų taisymas: "BinaryDocument" ("Spartan" failas) skaitymas sulaužytas 14.1.12_2014.03.18.
- klaidų taisymas: anotacijos atomų rinkiniai nėra pritaikyti prie pridėtų vandenilio
- klaidų taisymas: 14.3.3_2014.08.02 sulaužė mmCIF skaitytuvą
- klaidų taisymas: "BinaryDocument" ("Spartan" failas) skaitymas sulaužytas 14.1.12_2014.03.18.
- klaidų taisymas: vandeniliai
- klaidų taisymas: 14.3.3_2014.08.02 sulaužė mmCIF skaitytuvą
- klaidų taisymas: "BinaryDocument" ("Spartan" failas) skaitymas sulaužytas 14.1.12_2014.03.18.
- klaidų taisymas: vandeniliai
- klaidų taisymas: 14.3.3_2014.08.02 sulaužė mmCIF skaitytuvą
- klaidų taisymas: "BinaryDocument" ("Spartan" failas) skaitymas sulaužytas 14.1.12_2014.03.18.
- nauja funkcija - nustatyti "cartoonRibose":
- atkreipia dėmesį į ribose žiedus, kurių briaunos rodomos
- tiesiogiai prisijungia per C4'-C5'-O5'-P
- rodo C3'-O3 "nuoroda.
- išjungia "cartoonBaseEdges" ("Leontis-Westhof Edges")
- išjungtas naudojant SET cartoonBaseEdges ON
- pasiūlė Rikas Spinney, Ohio valstija
- nauja funkcija: anim rėmas [a, b, c, d] veikia su neigiamais skaičiais, kad būtų nurodyti intervalai:
- anim rėmas [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
- skaitoma kaip "nuo 1 iki 5 ir po to nuo 10 iki 6"
- nauja funkcija: "Tinker" failų skaitytuvas (ir "FoldingXYZ" skaitytuvo naujinimas):
- Galite naudoti Tinker ::, bet tai reikalinga tik tada, jei pirmoji eilutė yra JUST atomCount
- pritaikytas "Tinker" formatu su n-1 atomais atomCount
- leidžia trajektorijas ir pageidaujamą modelio numerį
- nauja funkcija: (iš tikrųjų 13,1, bet neaprašytas) animacinis rėmelis [51 50 49 48 47 46 45 ir kt.] 27 1 2 3 4 5 6 7 ir tt ...]
- nauja funkcija: x = palyginti ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot;))
- nauja funkcija: x = palyginti ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; visi & quot;).
- nauja funkcija: x = palyginti ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "geriausia")
- nauja funkcija: x = palyginti ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; H) & quot;)
- nauja funkcija: x = palyginti ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "allH")
- nauja funkcija - x = palyginti ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "bestH"):
- sukuria vieną ar daugiau koreliacijos sąrašų, pagrįstų ne aromatiniais SMILES
- pasirinktinai apima H atomius
- pasirinktinai generuoja visus galimus atomų pasiskirstymus
- grąžina int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
- kur a ir bn yra sveiki skaičiai, atomų indeksai arba sąrašas, kai "visi" parinktis.
- Toliau bus sukurtas vieno atomo koreliacijos žemėlapis dviem struktūroms, įskaitant vandenilio atomus: apkrovos failus "a.mol" "b.mol" x = palyginti ({1.1} {2.1} "MAP" "H")
- žemiau pateikiamas kofeino modelis iš NCI ir "PubChem" modelio:
- įkelkite $ kofeino; įkelkite pridėkite: kofeinas; rėmas
- pasirinkite 2.1; label% [atomIndex]
- palyginkite {1.1} {2.1} SMILES pasukti vertimą
- x = palyginti ({1.1}, {2.1}, & quot; MAP & quot ;, bestH »)
- (a į x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; pasirinkite atomindex = a1; etiketė @ a2)
- nauja funkcija: palyginkite {model1} {model2} SMILES:
- nereikia duoti SMILES; "Jmol" gali generuoti jį iš {model1}
- nauja funkcija: x = {*}. rasti (& quot; SMILES & quot ;, & quot; H) & quot ;:
- generuoja SMILES su aiškiais H atomais
- klaidų taisymas: substructure () funkcija naudojant SMILES vietoj SMARTS, taigi tik visos struktūros;
- klaidų taisymas: geresnis klaidų gaudymas ir pranešimai, susiję su SMILES metodais
- klaidų taisymas: atlikite "webexport" kelią į "Jmol.jar" ir "jsmol.zip". "
- klaida pataisyti: getProperty ekstraktasModelis nesilaiko pogrupio
- klaida pataisyti: nustatyti pdbGetHeader TRUE neįrašo REMARK3 REMARK290 REMARK350
- klaidų taisymas: getProperty (& quot; JSON & quot ;, ....) turėtų įterpti reikšmę {value: ...}
- klaidų taisymas: MO nuolatinis skaidrumas suskaidytas į 11.x
- klaidų taisymas: rodyti MENIU parašyti MENIU IŠKELTI MENIU viskas sugedo 12,2
- klaida pataisyti: {*} [n] turėtų būti tuščias, jei nAtoms
- klaidų taisymas: "unitcell" ir "echo rendering", getProperty
- Klaida pataisyti: LCAOCartoon skaidrumas perlaustas
- Klaidų taisymas: permatomas nugarkaulis sulaužytas
- Klaidų pataisa: pqr, p2n skaitytojai neveikia
- Klaidų taisymas: isosurface map property xxx gali žlugti, jei paviršius yra fragmentas, kuris (kažkaip) turi tašką, nesusijusią su pagrindiniu atomu.
- klaidų taisymas: LCAOCartoon skaidrus skaidrumas
- klaida pataisyta: permatomas nugarkaulis sulaužytas
- klaida pataisyta: "pqr", "p2n" skaitytojai neveikia
- klaidų taisymas: isosurface žemėlapio nuosavybė xxx gali nepavykti, jei paviršius yra fragmentas, kuris (kažkaip) turi tašką, nesusijusią su pagrindiniu atomu.
-
Kas naujo versijoje 14.0.4:
- Klaidų taisymas: PDB pagal Cheną, pagal simbolį nepalaikomas.
Kas naujo versijoje 14.0.2:
- klaidų taisymas: moduliavimas, neatsižvelgiant į q ir t;
- klaidų taisymas: moduliuojami matavimai neveikia
- klaidų taisymas: nepraleiskite nustatykite defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
- klaida pataisyti: isosurface žemėlapis atominės orbitos nepavyksta
- klaidų taisymas: vibracinis moduliacijos su distancijomis rodymas nėra atnaujinamas
- klaidų taisymas: vibracijos išjungimas sukelia nereikalingą įspėjimą konsolėje
- klaidų taisymas: atkreipkite simpo skaldytą
- klaidų taisymas: array.mul (matrix3f) avarijos Jmol
- klaidų taisymas: pasirinkite simbolį = 1555 sulaužytas
- klaidų taisymas: rinkinys "dragSelected" neveikia
- kodas: pakeistas CifReader, atskyręs MMCifReader ir MSCifReader kodą: nedidelis metodų pervadinimas / pertvarkymas SV
- kodas: prideda javajs.api.JSONEncodable sąsaja
- labai paprastas įdiegimas org.jmol.script.SV
- leidžia javajs diegti pasirinktinius JSON rezultatus
Kas naujo versijoje 14.1.2 Beta:
- nauja funkcija: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (apletas, išraiška):
- geriau nei Jmol.evaluate, nes rezultatas yra "JavaScript" kintamasis, o ne eilutė.
- NUORODOS JSmol api Jmol.evaluate (apletas, išraiška)
- nauja funkcija: getProperty (& quot; JSON & quot ;, ....):
- grąžina nuosavybės JSON kodą
- leidžia JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray (& quot; variableInfo & quot ;, & quot; kai išraiška & quot;)
- nauja funkcija: getProperty variableInfo:
- leidžia kintamuosius susigrąžinti Java arba JSON formatu
- vertina išraišką
- pagal numatytuosius nustatymus "visi"
- nauja funkcija: moduliavimas reguliuojamas q ir t, iki d = 3:
- moduliacijos įjungimas / išjungimas (visi atomai)
- modifikacija {atom set} įjungta / išjungta
- moduliavimas int q-offset
- moduliacijos x.x t-offset
- moduliavimas (t1 t2 t3)
- moduliavimas {q1 q2 q3} TRUE
- nauja funkcija: pasirinktas sąrašas:
- neseniai atrinktų atomų masyvas
- galima naudoti tą patį, kaip ir PIKĖTINTI kintamąjį, bet tai yra nuosekliai, o ne laikinai,
- Dukart spustelėjus struktūrą išvalo sąrašą
- @ {pickedList} [0] paskutinis pasirinktas atomas
- @ {pickedList} [- 1] šalia paskutinio pasirinkto atomo
- @ {pickedList} [- 1] [0] paskutiniai du atomai atrinkti
- nauja funkcija: array.pop (), array.push () - panaši į JavaScript
- nauja funkcija: moduliavimo skalė x.x
- nauja funkcija: antraštė "xxxxx" x.x - skaičių sekundžių paleisti
- nauja funkcija: moduliacija 0.2 // nustato t reikšmę
- nauja funkcija: array.pop (), array.push (x)
- a = []; a.push ("bandymai"); atspausdinti a.pop ()
- nauja funkcija: pasirinkite ON / OFF atomų rinkinį:
- įjungia arba išjungia pasirinkimo halos, taip pat atlieka pasirinkimą
- tik patogumui
- nauja funkcija: pt1.mul3 (pt2):
- sugrįžta (pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z)
- jei abu nėra taškai, grįžta prie paprasto dauginimo
- new reature: array.mul3 (pt2) - taiko mul3 visus elementus masyvo
- nauja funkcija: {atomset} .moduliacija (tipas, t):
- pateikia P3 (poslinkio moduliacija)
- įgyvendintas tik tipo = & quot; D & quot; (neprivaloma)
- neprivaloma t yra 0 pagal nutylėjimą
- klaidų taisymas: moduliavimas, neatsižvelgiant į q ir t;
- klaidų taisymas: moduliuojami matavimai neveikia
- klaidų taisymas: nepraleiskite nustatykite defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
- klaida pataisyti: isosurface žemėlapis atominės orbitos trūksta
- klaidų taisymas: vibracinis moduliacijos su atstumais atnaujinimas nėra
- klaidų taisymas: vibracijos išjungimas sukelia nereikalingą įspėjimą konsolėje
- klaidų taisymas: atkreipkite simpo skaldytą
- klaidų taisymas: array.mul (matrix3f) avarijos Jmol
- klaida pataisyti: pasirinkite symop = 1555 sugedusi klaida pataisyti: rinkinys dragSelected neveikia
- kodas: pertvarkytas "CifReader", atskiriantis "MMCifReader" ir "MSCifReader"
- kodas: nedidelis metodų pervadinimas / pertvarkymas SV
- kodas: prideda javajs.api.JSONEncodable sąsaja:
- labai paprastas įdiegimas org.jmol.script.SV
- leidžia javajs diegti pasirinktinius JSON rezultatus
Kas naujo versijoje 14.0.1:
- nauja funkcija: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (numatytasis 55)
- nauja funkcija: apkrova () funkcija, kaip ir spausdinimo apkrova ("xxx"), apribota lokalaus failo skaitymo programoje:
- nėra katalogų root
- nėra failų be pratęsimo
- nėra jokių failų su jokiu & quot; /. & quot; kelyje
- nauja funkcija: saugiai pasirašyti JAR failai
- nauja funkcija: programinės įrangos JAR bylos apima JNLP (Java tinklo paleidimo protokolus) vietinei failų įkėlimui
- nauja funkcija: JSmol URL parinktys _USE = _JAR = _J2S = informacijos duomenų viršijimas
- nauja funkcija: (buvo, bet be dokumento) spausdinti kvaternionas ([kvaternijų masyvas]) - grąžina sferinę reikšmę a la Buss ir Fillmore
- nauja funkcija: spausdinimo kvaternionas ([kvaternijų masyvas], tiesa):
- sugrąžina standartinį nuokrypį sferiniam vidurkiui a la Buss ir Fillmore
- vienetai yra kampiniai laipsniai
- naujos funkcijos pavadintos ketvirčio modulio vertės:
- spausdinti "quaternion (1,0,0,0)%" matrica "
- parinktys yra w x y z normalus eulerzxz eulerzyz vektorius theta axisx axisz axisangle matrix
- ew funkcija - nustatyti celShadingPower:
- nustato CEL atspalvio stiprumą
- sveikųjų skaičių reikšmės
- numatytasis 10 yra stora linija
- 5 yra smulkioji linija
- 0 išjungia cel atspalvį
- neigiama reikšmė pašalina vidinį atspalvį - tik kontūrai
- veikia pikseliu pagal įprastą šviesos šaltinį (maitinimas> 0) arba naudotoją (galia <0)
- nustato spalvą fono kontrastui (juodai arba baltos spalvos), kai normalus_z < 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
- nauja funkcija: mmCIF skaitymo ataskaitos _citation.title "Jmol" scenarijų konsolėje
- nauja funkcija: minimizuoti SELECT {atomset} TIK - TIK variantas neįtraukia visų kitų atomų
- nauja funkcija: minimizuoti {atomset} - numanoma SELECT ir TIK
- nauja funkcija - & quot; plėtiniai & quot; "JSmol" katalogai už JS ir SPT scenarijus:
- jsmol / js / ext
- jsmol / spt / ext
- nauja funkcija: apkrova ... filtras & quot; ADDHYDROGENS & quot; - vietos nustatymas pdbAddHydrogens tik vienai apkrovos komandai
- nauja funkcija: palyginkite {1.1} (2.1) BONDS SMILES
- nauja funkcija: list = compare ({atomset1} {atomset2} & quot; SMILES & quot ;; & quot; BONDS & quot;)
- nauja funkcija: parašykite JSON xxx.json
- nauja funkcija: [# 210] "JSON" ("mol": ...) skaitytuvas
- ew funkcija - nustatyti particleRadius:
- pasaulinis spindulys atomams virš maksimalios spinduliu vertės (16,0)
- Numatyta iki 20,0
- nauja funkcija - CIF ir PDB filtrai & quot; BYCHAIN & quot; ir "BYSYMOP" dėl viruso dalelių:
- sukuria tik vieną atomą per grandinę arba simpo
- dydis gali būti didesnis negu maksimalus 16 Angstromų, pvz .:
- nustatyti particleRadius 30;
- užpildyti 30; / / Bet kuris skaičius virš 16 metų naudoja ne particleRadius
- nauja funkcija: list = compare ((atomset1) (atomset2) SmartsString & quot; BONDS & quot;)
- nauja funkcija: symop () funkcija leidžia biometrinių filtrų simetriją PDB ir mmCIF
- nauja funkcija - isosurface SYMMETRY:
- taiko simetrijos operatorius į isosurface
- efektyvesnis atvaizdavimas ir kūrimas
- numatytasis pasirinkimas yra tik {symop = 1}
- numatytoji spalva turi spalvoti pagal simbolį, remiantis "PropertyColorScheme"
- pavyzdys:
- pakrautos 1stp filtro "biomolekulės 1"
- spalvų nuosavybės simpo
- isosurface sa rezoliucija 0,8 simetrija sasurface 0
- nauja funkcija - naujas atomo nuosavybė: grandinėNo:
- nuosekliai iš 1 kiekvieno modelio;
- grandinėNo == 0 reiškia "grandinę be grandinės" arba chain = ''
- nauja funkcija - nauja nuosavybė ColorScheme "draugiška":
- spalvinė aklumo spalvos schema
- naudojamas RCSD
- nauja funkcija: "JSpecView" visiškai "Java" nemokamas; apima spektrų spausdinimą 2D nmr ir PDF
- nauja funkcija - WRITE PDF "xxx.pdf" kokybė & gt; 1 prašo peizažo režimą:
- naudoja efektyvius pasirinktinius PDF kūrimo klases
- dydžių vaizdas, jei jis yra per didelis
- nauja funkcija: JSpecView prideda PDF ir 2D NMR JavaScript
- nauja funkcija: apkrova & quot; == xxx & quot; FILTRAS "NOIDEAL" - Cheminių komponentų apkrova iš PDB, naudojant "neidealinį" derinti rinkinį
- klaida pataisyti: parašyti CD pašalintas; "ChemDoodle" pakeitė formatus; vietoj to naudokite JSON
- klaidų taisymas: PDB ir CIF failai nurodyti mazgai, tokie kaip PAU, kaip didelis neigiamas skaičius
- klaida pataisyti: SUSIJĘS be rotacijos prasideda begalinė kilpa
- klaidų taisymas: kilimo problema su vėlavimu (-1)
- klaidų taisymas: "Chrome" "JavaScript" naudoja pelę "
- klaidų taisymas: "JavaScript" iššokantis meniu taisomas kalbos pakeitimas
- klaidų taisymas: "JavaScript" pagrindinių komponentų nėra apdorojamos; Jmol._debugCode neatpažintas
- klaidų taisymas: vienetinė kreivė netinkamai kompensuojama biomolekuliams; kilmė netinkama ašims.
- klaida pataisyti: isosurface / mo FRONTONLY skaldytų
- klaidų taisymas: kalbos lokalizacija sugadinta JavaScript
- klaidų taisymas: ADF skaitytuvas neperskaitęs MO išėjimo iš DIRAC Build 201304052106
- klaidų taisymas: Safari praneša apie geltoną "Jmol" informaciją, o ne prašo priimti apletą
- - reikalinga žyma
- klaida pataisyti: CIF skaitytuvas ne tvarko _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id tinkamai
- - neteisingas atomas nustatytas apkrovai = 3fsx.cif filtras & quot; ASSEMBLY 1 & quot;
- klaidų taisymas: [# 558 Suderinamumo problema su "ChemDoodle"] "JSmol" klaida nustatant "Number.toString" ()
- klaida pataisyti: pele ratai netinkamai veikia
- klaida pataisyti: "JavaScript J2S kompiliatoriaus klaida nesukuria int + = plūdės į sveiką skaičių
- klaida pataisyta: "JavaScript" WEBGL parinktis išjungta
- klaidų taisymas: "JavaScript" NMRcalculation neturi prieigos prie išteklių
- klaida pataisyti: "JavaScript" stereo negalima įdiegti
- klaidų taisymas: "MOL" skaitytuvas nustato kelių modelių failą (tik 13.3.9_dev)
- klaidų taisymas: MOL skaitytojo klaida naudojant apkrovą "APPEND" - neišsaugo atominių numerių
- klaidų taisymas: CIF moduliavimo skaitytuvas nelaikydamas ląstelės bangos vektorių linijinių derinių
- klaidų taisymas: CIF rodymas su filtru "BIOMOLECULE 1" neveikia, jei tik tapatybės operacija
- klaida pataisyti: mmCIF skaitytuvas neperskaičiuos visų _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression variantų
- klaidų taisymas: PDB CRYST įrašas 1.0 1.0 1.0 90 90 90 turėtų reikšti "ne vieneto langelį" nepriklausomai nuo biomolekulinio filtro
- klaidų taisymas: isosurface plokštė netinkamai pritaikoma plokščioms molekulėms, tokioms kaip HEM
- klaida pataisyti: spausdinti userfunc () gali nepavykti (userfunc () savaime gerai)
- klaidų taisymas: per (helix) neįdiegtas C-alfa tiki polimerai
- klaidų taisymas: _modelTitle nėra atnaujintas, kai naujas failas yra įkeltas ar užblokuotas
- klaidų taisymas: {*}. symop.all tinkamai neteikia simetrijos operatoriaus
- trikčių pataisa: trigubai susiejant SMILES URL adresus
- klaida pataisyti: build.xml trūksta PDF kūrimo klasių
- klaidų taisymas: atlikus "Java" naujinimą, pridedant tinkamą vietinio šifruotojo programų paleidimo patikrinimą
- klaida pataisyti: {xxx} .property_xx nėra išsaugota būsenoje (skiltyje 8/7/2013 rev 18518)
- klaidų taisymas: manifestai atnaujinami pasirašytoms ir nepasirašytoms applet JAR failams
- klaidų taisymas: rašyti nepavyksta
- klaidų taisymas: applet scriptWait () metodas sulaužytas
- klaidų taisymas: "PyMOL" seansas gali rodyti vienetines ląsteles po įrašymo iš išsaugotos būklės
- klaidų taisymas: MMCIF skaitytuvas nepavyksta atlikti kelių surinkimo tipų
- klaidų taisymas: CIF skaitytuvo "biomolekulė 1" išversti į "molekulinę" o ne "surinkimas"
- trikčių taisymas: apkrovos trajektorija, kai daugelis failų neveikia
- klaidų taisymas: JS programėlės iššokantis meniu netinkamai uždaromas po kalbos pakeitimo
- klaidų taisymas: HTML žymės langelio id atributas nepriskirtas
- kodas: applet / appletjs kodo pertvarkymas; org.jmol.util.GenericApplet
- kodas: pertvarkymas, buferinių skaitytuvų supaprastinimas ir buferio įvesties srautai.
- kodas: JavaScript refactoring, geriau sukurti _ ... xml
- kodas: "JavaScript" integralas, ilgas, trumpas, baitas, "float", "dvigubas" visas pakeistas
- kodas: GT._ neatitikimas
- kodas: visas nereikalingas vidines klases perkeltas į aukščiausią lygį
- kodas: izoliuota util / moduliacija nustatoma naudojant api / JmolModulationSet
- kodas - visa apleto kalbos lokalizacija skaityta iš paprastų .po failų:
- kaip ir jau JavaScript
- neprivaloma sudaryti klasių failų programinės kalbos
- nėra kalbos .jar failų
- naujame jsmol / idioma kataloge yra failų .po, tiek Java, tiek HTML5
- kodas: greitesnis "isosurface" atvaizdavimas, pridedant implicitinį "frontoninį" su pasirinkite {xxx} TIK "
- kodas: greitesnis "isosurface" pateikimas su implicitine "isosurfacepropertySmoothing FALSE" & quot; atitinkamais (sveikais) atvejais
- kodas: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - sujungia visas nuorodas į URL.getContent () ir Class.getResource ()
- kodas: "JavaScript" dirba aplink vidinės klasės problema su kintamojo pavadinimo peradaktavimu
- kodas: "eval" ("functionName") veikimas neveikia naudojant "JavaScript".
- kodas: eksperimentas su aplinkos okliuzija
- kodas: "Java Ju51" pridėta būtini manifesti (2014 m. sausio mėn.).
- kodas: JmolOutputChannel perkeltas į javajs.util.OutputChannel
- kodas: jsmol.php nustatytas leisti & quot; SaveFile metodas
- kodas: "Parser" pertvarkymas į javajs.util
- kodas: DSSP perkeltas į org.jmol.dssx, sumažinant JSmol biologinę apkrovą iki 20K
- kodas: "iText" paketas išsiskirtas, nebėra kitoks, nes aš parašiau savo PDF kūrėją
Reikalavimai :
- "Oracle Java Standard Edition"
Kas naujo versijoje 14.20.3:
Kas naujo versijoje 14.6.5:
Kas naujo versijoje 14.4.4 Build 2016.04.22:
Kas naujo , versija 14.4.4. Sukurkite 2016.04.14:
Kas naujo versijoje 14.4.4 Build 2016.03.31:
Kas naujo versijoje 14.4.3. Sukurkite 2016.03.02:
Kas naujo versijoje 14.4.3. Sukurkite 2016.02.28:
Kas naujo versijoje 14.4.2. Sukurkite 2016.02.05:
Kas naujo versijoje 14.4.0. Sukurta 2015.12.02:
Kas naujo versijoje 14.2.15:
Kas naujo versijoje 14.2.13:
Kas naujo versijoje 14.2.12:
Kas naujo versijoje 14.1.8 Beta:
Kas naujo versijoje 14.0.7:
Kas naujo versijoje 14.0.5:
Kas naujo versijoje 14.1.5 Beta:
Komentarai nerastas