SSuMMo

SSuMMo yra funkcijų, kuriomis aplink keletą kartų naudojant hmmer priskirti sekas taksonų & nbsp biblioteka;. Rezultatai yra labai komentuojami medžiai, rodantys rūšis / platinimas genties toje bendruomenėje.
Programas, įtrauktas su kodo apima priemones, skirtas: -
- Sukurkite hierarchinę duomenų bazę paslėptų Markovo modelių - dictify.py;
- Skirti sekas pripažintoms taksonominiuose pavadinimų - SSUMMO.py;
- Analizuoti biologinę įvairovę, naudojant Simpson, Shannon ir kita methods- rankAbundance.py;
- Vizualizuoti rezultatus cladograms su atskira gebėjimas lengvai kryžminio palyginti duomenų rinkinius - comparative_results.py
- Konvertuoti rezultatus phyloxml formatu: dict_to_phyloxml.py;
- Statyti HTML atstovavimas - dict_to_html.py.
- Sklypas išretėjimą kreivės ir apskaičiuoti atitinkantis biologinės įvairovės indeksai
Python kodo teikiama čia "Google" kodo. Dvejetainiai hierarchinė duomenų bazė HMMs, taip pat optimizuoti SQL taksonomija duomenų bazė (naudojamas apčiuopti gretas kiekvieno taksono) galima atsisiųsti iš: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Dėl įdiegti informacijos, prašome kreiptis į README. Dėl naudojimo informaciją, yra wiki (aukščiau), ir preliminarus Vartotojo vadovas buvo įtraukta į SVN

Reikalavimai :.

• Python