Burrows-Wheeler Aligner (BWA) yra efektyvus programa, kuri išlygina santykinai trumpus nukleotidų sekas: prieš ilgą kontroline seka, kaip antai žmogaus genomo.
Programinė įranga įgyvendina du algoritmus, BWA-trumpas ir BWA-SW. Buvę darbai užklausai sekas trumpesnis nei 200bp ir pastarasis ilgesnį sekų iki maždaug 100kbp.
Abu algoritmai padaryti gapped derinimą. Jie paprastai yra tikslesni ir greičiau užklausų su mažai klaidų. Žiūrėkite BWA vadovo puslapį norėdami gauti daugiau informacijos.
Ar BWA suderinti 454 skaito?
& Nbsp; Taip ir ne. BWA-SW komponentas BWA veikia gerai 454 skaito apie 200bp ar ilgiau. Jis pasiekia panašų lygiavimo tikslumą SSAHA2 o daug greičiau. BWA-SW taip pat veikia trumpiau skaito, bet jautrumas yra mažesnis. Be to, BWA-SW nepalaiko suporuotas-end derinimą.
Kas yra maksimalus užklausos sekos ilgis derinti?
& Nbsp; Rekomenduojama naudoti tik BWA-trumpas skaito trumpesnis nei 200bp. Nors BWA-trumpas darbų iki kelių KBP užklausos principu, jos veikimas yra skaidomas. Dėl ilgai skaito, BWA-SW yra geriau.
& Nbsp; BWA-SW komponentas gali suderinti su AKK seka (apie 150kbp) prieš žmogaus genomo. Kalbant apie suderintus bazių per laiko vienetą greitis yra panašus į 1kbp skaityti derinimą greičiu. Iš esmės, BWA-SW turėtų galėti suderinti keletą MBP užklausų seką panašiu greičiu, bet aš ne bandė.
Kas yra sekos klaidų tolerancija?
& Nbsp; Bwa-trumpas daugiausia skirtas sekos klaidų lygis mažesnis negu 2%. Nors vartotojai gali paprašyti jį toleruoti daugiau klaidų tuningas komandų eilutės parinktis, jos veikimas greitai degradavo. Atkreipkite dėmesį, kad Illumina skaito, BWA-trumpas, gali pasirinktinai apdaila žemos kokybės bazes iš 3 'gale prieš derinimą ir taip sugeba suderinti daugiau skaito su dideliu klaidų lygis uodegos, kuri yra būdinga Illumina duomenis.
& Nbsp; BWA-SW toleruoja daugiau klaidų ilgesni suderinimas. Modeliavimas rodo, kad BWA-SW gali gerai dirbti atsižvelgiant 2% paklaida yra 100bp derinimą, 3% paklaida yra 200bp, 5% 500bp ir 10% 1000bp ar ilgiau derinimą.
Ar BWA susirasti Chimerinio skaito?
& Nbsp; Taip, BWA-SW komponentas gali rasti Chimera. BWA paprastai atsiskaito vieną derinimą kiekvienam skaityti, bet girdėsis du ar daugiau suderinimai, jei skaitymo / contig yra chimera.
Ar BWA skambučių SNP kaip MAQ?
& Nbsp; Ne, BWA daro tik derinimą. Nepaisant to, jis išveda suderinimai SAM formatą, kuris palaiko keletas bendrųjų SNP skambint pvz samtools ir GATK.
matau viena Skaityti poroje turi didelį žemėlapių kokybę, bet kita Skaityti turi nulį. Ar tai tiesa?
& Nbsp; Tai yra teisinga. Žemėlapio kokybės skiriamas individualiam skaityti, o ne nuskaitymui pora. Tai yra įmanoma, kad vienas skaityti gali būti priskirti vienareikšmiškai, tačiau jo draugas patenka į tandom pakartoti, ir todėl jos tiksli vieta negali būti nustatyta.
matau Skaityti išsiskiria iš chromosomos pabaigą ir pažymėtas kaip padarytą žemėlapyje (flag 0x4). Kas čia vyksta? "
& Nbsp; Viduje BWA concatenates visos nuorodos sekas į vieną ilgą seką. Skaityti gali būti susietas su dviejų gretimų etaloninių sekų mazge. Šiuo atveju, BWA bus vėliava skaityti kaip padarytą žemėlapyje, tačiau matysite poziciją, cigarų ir visus žymes. Geresnis sprendimas būtų pasirinkti alternatyvų poziciją arba diferento derinimą iš galo, bet tai gana sudėtinga programavimo ir nebus įgyvendinta šiuo metu.
Ar BWA darbą atskaitos sekų ilgiau nei 4GB iš viso? "
& Nbsp; Ne, tai neįmanoma ir nebus palaikoma, kad artimiausioje ateityje dėl techninio sudėtingumo.
Pataisų
Priesaga masyvo intervalas tuščią eilutę turėtų [0, n-1], kur n yra duomenų bazių eilutės ilgis, o ne [1, n-1 metai] kaip nurodyta Li ir Durbin (2009 ir 2010 m). Atitinkamai, reikia apibrėžti O (-1) = 0 ir peržiūrėti Pseudocode 3 paveiksle nuo Li ir Durbin (2009). BWA įgyvendinimas yra iš tikrųjų teisinga. Klaida atsiranda tik ant popieriaus. Atsiprašome už painiavą ir padėkoti Nils Homeras ir Abel Antonio CARRION COLLADO už pažymėdamas tai atlikti
Kas naujo , šioje laidoje:.
- Ištaisyta:. dubliuoti alternatyvius hitai į XA žymę
- Ištaisyta: kirpti įjungta, BWA-Aln apdaila 1bp mažiau .
- Išjungta spalvų erdvės suderinimas. 0.6.x neveikia kietuoju skaito metu.
- Ištaisyta:. Segfault dėl pernelyg dviprasmiškus bazių
- Ištaisyta:. Neteisingas draugas pozicija SE režimas
- Ištaisyta: retas segfault į PE režimą
- Kai makro _NO_SSE2 yra naudojamas, patenka atgal į standartinį Smith-Waterman
- vietoj SSE2-SW.
- Pasirinktinai ženklas padalinti hitai su mažesnėmis lygiavimo balai kaip vidurinis.
- Ištaisyta:. Begalinis ciklas, kurį sukelia dviprasmiškas bazių
- Pasirinktinai išvesties užklausos sekos.
Komentarai nerastas